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万見
- PDB-8hpb: NMR Structure of OsCIE1-Ubox S237D mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hpb
タイトルNMR Structure of OsCIE1-Ubox S237D mutant
要素U-box domain-containing protein 12
キーワードPLANT PROTEIN / ubiquitination / Ubox / S237D / ligase
機能・相同性
機能・相同性情報


RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / protein ubiquitination / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PUB protein, U-box domain, plant / U-box domain / U-box domain profile. / Modified RING finger domain / U-box domain / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Armadillo-like helical ...PUB protein, U-box domain, plant / U-box domain / U-box domain profile. / Modified RING finger domain / U-box domain / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
U-box domain-containing protein 12
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa Japonica Group (イネ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Zhang, Y. / Yu, C.Z. / Lan, W.X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Chinese Academy of SciencesYSBR-011 中国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: Release of a ubiquitin brake activates OsCERK1-triggered immunity in rice.
著者: Wang, G. / Chen, X. / Yu, C. / Shi, X. / Lan, W. / Gao, C. / Yang, J. / Dai, H. / Zhang, X. / Zhang, H. / Zhao, B. / Xie, Q. / Yu, N. / He, Z. / Zhang, Y. / Wang, E.
履歴
登録2022年12月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_related
Item: _database_2.pdbx_DOI / _pdbx_database_related.content_type
改定 1.22024年5月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年5月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.42024年6月12日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: U-box domain-containing protein 12
B: U-box domain-containing protein 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9612
ポリマ－17,9612
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1250 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area9910 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 U-box domain-containing protein 12 / Plant U-box protein 12 / OsPUB12 / RING-type E3 ubiquitin transferase PUB12


分子量: 8980.282 Da / 分子数: 2 / 変異: S237D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa Japonica Group (イネ)
遺伝子: PUB12, Os06g0102700, LOC_Os06g01304, OSJNBa0075G19.19-1
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5VRH9, RING-type E3 ubiquitin transferase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic22D 1H-15N HSQC
121isotropic22D 1H-13C HSQC aliphatic
131isotropic22D 1H-13C HSQC aromatic
141isotropic23D 1H-13C NOESY aliphatic
151isotropic23D 1H-13C NOESY aromatic
161isotropic23D CBCA(CO)NH
171isotropic23D HN(CA)CB
181isotropic23D HNCA
191isotropic23D 1H-15N TOCSY
1101isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1111isotropic13D 1H-15N NOESY
1121isotropic23D HNCO

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] SD-Ubox, 10 mM TRIS, 100 mM sodium chloride, 1 mM PMSF, 2 mM DTT, 90% H2O/10% D2O
Label: 13C_15N_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMSD-Ubox[U-100% 13C; U-100% 15N]1
10 mMTRISnatural abundance1
100 mMsodium chloridenatural abundance1
1 mMPMSFnatural abundance1
2 mMDTTnatural abundance1
試料状態イオン強度: 200 mM mM / Label: conditions_1 / pH: 7.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Agilent DD2AgilentDD28001
Agilent DD2AgilentDD26002

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解析

NMR software
名称開発者分類
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 4
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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