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- PDB-8hp3: Crystal structure of meso-diaminopimelate dehydrogenase from Prev... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hp3
タイトルCrystal structure of meso-diaminopimelate dehydrogenase from Prevotella timonensis
要素Meso-diaminopimelate D-dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / C2221 / fold
機能・相同性
機能・相同性情報


diaminopimelate dehydrogenase / diaminopimelate dehydrogenase activity / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Diaminopimelate dehydrogenase, Ddh / Meso-diaminopimelate D-dehydrogenase, C-terminal / Diaminopimelic acid dehydrogenase C-terminal domain / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, N-terminal / Oxidoreductase family, NAD-binding Rossmann fold / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NDP / Meso-diaminopimelate D-dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Prevotella timonensis (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.07 Å
データ登録者Tan, Y. / Song, W.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Appl.Environ.Microbiol. / 年: 2023
タイトル: Rational Design of Meso -Diaminopimelate Dehydrogenase with Enhanced Reductive Amination Activity for Efficient Production of d- p -Hydroxyphenylglycine.
著者: Tan, Y. / Gao, C. / Song, W. / Wei, W. / Liu, J. / Gao, C. / Guo, L. / Chen, X. / Liu, L. / Wu, J.
履歴
登録2022年12月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Meso-diaminopimelate D-dehydrogenase
B: Meso-diaminopimelate D-dehydrogenase
C: Meso-diaminopimelate D-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,31723
ポリマ－97,7533
非ポリマー3,56320
水54030
1
A: Meso-diaminopimelate D-dehydrogenase
B: Meso-diaminopimelate D-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,63717
ポリマ－65,1692
非ポリマー2,46815
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9850 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area25520 Å2
手法PISA
2
C: Meso-diaminopimelate D-dehydrogenase
ヘテロ分子

C: Meso-diaminopimelate D-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,36012
ポリマ－65,1692
非ポリマー2,19110
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area8830 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area25700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.730, 189.600, 101.820
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
33
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Meso-diaminopimelate D-dehydrogenase / DAPDH / Meso-DAP dehydrogenase


分子量: 32584.482 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Prevotella timonensis (バクテリア)
遺伝子: BFS16_11360 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2K0XCZ3, diaminopimelate dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.02 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.5, 0.1 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER D8 QUEST / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: Bruker PHOTON II / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.07→47.53 Å / Num. obs: 18754 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.173 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 3.07→3.28 Å / Rmerge(I) obs: 0.66 / Num. unique obs: 3351

-
解析

ソフトウェア
名称分類
Aimlessデータスケーリング
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.07→47.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.869 / SU B: 24.307 / SU ML: 0.399 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.511 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26051 870 4.6 %RANDOM
Rwork0.19786 ---
obs0.2007 17866 99.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 52.028 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.66 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.04 Å20 Å2
3---2.62 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.07→47.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6804 0 220 30 7054
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0137148
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0156850
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4851.6449686
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1571.5815825
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8275895
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.82122.795322
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.302151240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.0021539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0530.2953
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.027919
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021444
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.8855.3053577
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.8845.3053576
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.1347.9534467
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.1337.9534468
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.1575.8953571
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.1455.8933568
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.6778.7215212
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.71162.7527290
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.7162.7547291
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A90650.06
12B90650.06
21A90610.06
22C90610.06
31B90440.05
32C90440.05
LS精密化 シェル解像度: 3.07→3.149 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.401 67 -
Rwork0.327 1276 -
obs--99.33 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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