PDB-8hp2: CtPDC

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8hp2

タイトル

CtPDC

要素

Pyruvate decarboxylase

キーワード

LYASE / carboxylation / fold / unit

機能・相同性

機能・相同性情報

carboxy-lyase activity / thiamine pyrophosphate binding / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Candida tropicalis (酵母)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 3.05 Å

データ登録者

Xu, H.H. / Song, W.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Protein engineering of pyruvate decarboxylase to remove the rate-limiting bottleneck in the cascade pathway of tyrosol synthesis
著者: Xu, H.H. / Song, W.

履歴

登録	2022年12月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年1月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8hp2.cif.gz	371.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8hp2.ent.gz	305 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8hp2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8hp2_validation.pdf.gz	441.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8hp2_full_validation.pdf.gz	450.5 KB	表示
XML形式データ	8hp2_validation.xml.gz	32.2 KB	表示
CIF形式データ	8hp2_validation.cif.gz	43.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hp/8hp2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hp/8hp2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8hp4C 2vjyS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (10) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Pyruvate decarboxylase

B: Pyruvate decarboxylase

125 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pyruvate decarboxylase

B: Pyruvate decarboxylase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
125 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	123.471, 85.295, 113.534
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 120.71, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Pyruvate decarboxylase 分子量: 62254.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida tropicalis (酵母) / 遺伝子: CTRG_03826 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C5MDS4

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.41 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M sodium malonate pH 5.5, 18% Polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER D8 QUEST / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: Bruker PHOTON II / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.05→47.2 Å / Num. obs: 17253 / % possible obs: 89.3 % / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.143 / Net I/σ(I): 8.9
反射シェル	解像度: 3.05→3.26 Å / R_merge(I) obs: 0.558 / Num. unique obs: 3217

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
Aimless	データスケーリング
REFMAC	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2VJY

2vjy

解像度: 3.05→47.2 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.913 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.876 / SU B: 62.539 / SU ML: 0.487 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.616 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28476	813	4.7 %	RANDOM
R_work	0.2325	-	-	-
obs	0.23502	16438	88.53 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 60.621 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.91 Å²	0 Å²	0.81 Å²
2-	-	1.34 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3.05→47.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7392	0	0	0	7392

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.013	7540
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	7220
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.226	1.637	10241
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.059	1.576	16642
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.02	5	943
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.729	23.788	359
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.614	15	1256
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.026	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.04	0.2	996
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	8516
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1656
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.863	2.85	3811
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.862	2.849	3810
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.628	4.26	4741
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.628	4.261	4742
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.356	2.83	3729
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.356	2.831	3730
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.798	4.247	5501
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	3.42	33.264	8244
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	3.42	33.269	8245
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 14811 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.06 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 3.05→3.129 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.329	75	-
R_work	0.308	1251	-
obs	-	-	91.76 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0922	-1.309	-0.5174	1.5072	0.3163	2.4666	0.0163	-0.0212	0.1045	0.1844	-0.0345	0.1163	0.2478	-0.2843	0.0182	0.3671	-0.0309	-0.0235	0.4725	-0.1039	0.231	-17.1702	12.9046	30.8175
2	1.6702	-0.7005	-0.4039	0.3428	0.0728	0.6155	0.0168	-0.1005	-0.0096	0.0523	-0.0701	0.0008	0.013	-0.0459	0.0533	0.5008	-0.0349	-0.0068	0.6093	-0.0469	0.1368	2.4456	7.314	45.3384
3	3.353	-0.0809	1.0535	0.0461	0.1527	1.1621	-0.0114	0.0327	0.0635	0.0774	-0.0461	-0.003	0.3104	0.0483	0.0575	0.4819	0.0352	0.007	0.4874	0.0597	0.0897	2.819	-0.1523	18.2431
4	2.5335	0.3875	-0.0512	4.0456	-2.6668	1.8319	-0.1515	-0.3025	-0.0429	0.3333	0.018	-0.3412	-0.1813	0.0328	0.1336	0.3968	-0.0365	-0.0305	0.5668	-0.0299	0.2167	33.8522	24.68	27.4428
5	1.3806	0.0466	-0.1371	0.3969	-0.08	0.0854	-0.0501	0.3796	-0.0969	0.217	0.0129	0.1028	-0.1617	-0.0406	0.0373	0.4254	0.0547	-0.0207	0.7381	0.083	0.0869	10.6896	35.3127	18.8804
6	3.7392	0.6148	-0.0484	0.3307	-0.5483	1.393	-0.1684	0.7364	0.318	0.0976	0.1576	0.025	-0.1149	-0.2745	0.0108	0.4186	-0.036	-0.0265	0.696	0.104	0.0563	32.828	37.9541	4.5764

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 138
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	139 - 342
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	343 - 546
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	2 - 146
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	147 - 391
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	392 - 546

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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