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- PDB-8hov: Crystal structure of Hms1p from Saccharomyces cerevisiae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hov
タイトルCrystal structure of Hms1p from Saccharomyces cerevisiae
要素
  • DNA (5'-D(*AP*TP*GP*CP*GP*TP*GP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*CP*AP*CP*GP*CP*AP*T)-3')
  • Transcription factor HMS1
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / transcription factor / DNA binding domain / DNA binding protein / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


pseudohyphal growth / DNA-binding transcription activator activity / protein dimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Helix-loop-helix DNA-binding domain / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Probable transcription factor HMS1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.77 Å
データ登録者Khan, M.H. / Wang, C.C. / Xue, L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China) 中国
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2025
タイトル: Molecular recognition of the promoter DNA signature sequence by Hms1p DBD.
著者: Khan, M.H. / Chenchen, W. / Rahman, N. / Lu, X. / Zeng, F. / Zhu, Z. / Niu, L.
履歴
登録2022年12月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
改定 1.22025年1月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription factor HMS1
B: Transcription factor HMS1
C: Transcription factor HMS1
D: Transcription factor HMS1
E: Transcription factor HMS1
F: Transcription factor HMS1
G: DNA (5'-D(*TP*CP*AP*CP*GP*CP*AP*T)-3')
H: DNA (5'-D(*TP*CP*AP*CP*GP*CP*AP*T)-3')
I: DNA (5'-D(*AP*TP*GP*CP*GP*TP*GP*A)-3')
J: DNA (5'-D(*AP*TP*GP*CP*GP*TP*GP*A)-3')
K: DNA (5'-D(*TP*CP*AP*CP*GP*CP*AP*T)-3')
L: DNA (5'-D(*AP*TP*GP*CP*GP*TP*GP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,05412
ポリマ－90,05412
非ポリマー00
水95553
1
A: Transcription factor HMS1
C: Transcription factor HMS1
G: DNA (5'-D(*TP*CP*AP*CP*GP*CP*AP*T)-3')
J: DNA (5'-D(*AP*TP*GP*CP*GP*TP*GP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0184
ポリマ－30,0184
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4960 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area12270 Å2
手法PISA
2
B: Transcription factor HMS1
F: Transcription factor HMS1
K: DNA (5'-D(*TP*CP*AP*CP*GP*CP*AP*T)-3')
L: DNA (5'-D(*AP*TP*GP*CP*GP*TP*GP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0184
ポリマ－30,0184
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5000 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area12090 Å2
手法PISA
3
D: Transcription factor HMS1
E: Transcription factor HMS1
H: DNA (5'-D(*TP*CP*AP*CP*GP*CP*AP*T)-3')
I: DNA (5'-D(*AP*TP*GP*CP*GP*TP*GP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0184
ポリマ－30,0184
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5130 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area12240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.416, 99.175, 79.998
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.250, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質
Transcription factor HMS1 / High-copy MEP suppressor protein 1


分子量: 12582.369 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: HMS1, YOR032C, OR26.22 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12398
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*AP*CP*GP*CP*AP*T)-3')


分子量: 2386.593 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*TP*GP*CP*GP*TP*GP*A)-3')


分子量: 2466.641 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.28 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Sodium citrate, pH 5.0, 8 % w/v PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.979183 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979183 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.77→50 Å / Num. obs: 28197 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 63.76 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 16.47
反射 シェル解像度: 2.77→2.82 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.649 / Mean I/σ(I) obs: 1.74 / Num. unique obs: 1224 / Rpim(I) all: 0.371 / Rrim(I) all: 0.913 / % possible all: 91.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_4778精密化
PHENIXdev_4778モデル構築
HKL-2000データ削減
Cootモデル構築
PHASER位相決定
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.77→33.66 Å / SU ML: 0.4615 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 37.6316
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2736 1324 4.83 %
Rwork0.2336 26113 -
obs0.2355 27435 92.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 75.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.77→33.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4148 966 0 53 5167
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045274
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.69477301
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0679862
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003759
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.35462125
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.77-2.880.4141360.38092699X-RAY DIFFRACTION87.15
2.88-3.010.41470.35613064X-RAY DIFFRACTION98.26
3.01-3.170.38671360.32553045X-RAY DIFFRACTION97.88
3.17-3.370.34871340.29632950X-RAY DIFFRACTION94.43
3.37-3.610.32931600.27332770X-RAY DIFFRACTION96
3.65-3.990.35411180.28852173X-RAY DIFFRACTION74.82
3.99-4.570.21371680.18773096X-RAY DIFFRACTION99.91
4.57-5.750.22111690.20453133X-RAY DIFFRACTION99.91
5.75-33.660.22691560.17053183X-RAY DIFFRACTION99.76

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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