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- PDB-8hoq: Crystal structure of the P450 BM3 heme domain mutant F87A in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hoq
タイトルCrystal structure of the P450 BM3 heme domain mutant F87A in complex with Im-C6-Phe(4CF3)-Tyr
要素
  • Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
  • Im-C6-Phe(4CF3)-Tyr
キーワードOXIDOREDUCTASE / Dual-functional small molecule / P450 heme domain / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


NADPH-hemoprotein reductase / NADPH-hemoprotein reductase activity / unspecific monooxygenase / aromatase activity / response to hormone / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / iron ion binding / heme binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bifunctional cytochrome P450/NADPH--cytochrome P450 reductase / Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component-like, FAD-binding / NADPH-cytochrome p450 reductase, FAD-binding, alpha-helical domain superfamily / FAD binding domain / Flavodoxin-like / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding ...Bifunctional cytochrome P450/NADPH--cytochrome P450 reductase / Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component-like, FAD-binding / NADPH-cytochrome p450 reductase, FAD-binding, alpha-helical domain superfamily / FAD binding domain / Flavodoxin-like / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Flavoprotein-like superfamily / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Priestia megaterium (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Jiang, Y. / Dong, S. / Feng, Y. / Cong, Z.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)22207112 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21977104 中国
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2023
タイトル: Anchoring a Structurally Editable Proximal Cofactor-like Module to Construct an Artificial Dual-center Peroxygenase.
著者: Qin, X. / Jiang, Y. / Yao, F. / Chen, J. / Kong, F. / Zhao, P. / Jin, L. / Cong, Z.
履歴
登録2022年12月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
B: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
C: Im-C6-Phe(4CF3)-Tyr
D: Im-C6-Phe(4CF3)-Tyr
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,0606
ポリマ－107,8274
非ポリマー1,2332
水12,989721
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6260 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area34660 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)58.639, 147.949, 64.725
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.16, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase


分子量: 53352.758 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Priestia megaterium (バクテリア)
遺伝子: BTA37_15100 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0A1Q8UP87, unspecific monooxygenase, NADPH-hemoprotein reductase
#2: タンパク質・ペプチド Im-C6-Phe(4CF3)-Tyr


分子量: 560.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 721 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.01 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.38M MgCl2, 0.1M Tris 8.5, 12-18% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→73.97 Å / Num. obs: 79417 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.067 / Χ2: 0.92 / Net I/σ(I): 13.8 / Num. measured all: 263714
反射 シェル解像度: 1.94→2.04 Å / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.559 / Num. measured all: 39684 / Num. unique obs: 11672 / CC1/2: 0.758 / Rpim(I) all: 0.354 / Rrim(I) all: 0.663 / Χ2: 0.83 / Net I/σ(I) obs: 2.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2精密化
Aimlessデータスケーリング
autoPROCデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.94→57.72 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2003 5997 7.56 %
Rwork0.1776 --
obs0.1793 79343 98.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.94→57.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7188 0 86 721 7995
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0087462
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.91710134
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.3242750
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0541086
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061312
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.94-1.960.32412000.29562445X-RAY DIFFRACTION99
1.96-1.980.33882000.26052444X-RAY DIFFRACTION100
1.98-2.010.27931990.2452446X-RAY DIFFRACTION99
2.01-2.030.2632030.23122496X-RAY DIFFRACTION100
2.03-2.060.24542000.20492431X-RAY DIFFRACTION100
2.06-2.090.23092040.21132501X-RAY DIFFRACTION100
2.09-2.120.22821970.20112414X-RAY DIFFRACTION100
2.12-2.150.23332050.20192513X-RAY DIFFRACTION100
2.15-2.180.22482000.20042434X-RAY DIFFRACTION99
2.18-2.220.21542000.1932442X-RAY DIFFRACTION100
2.22-2.260.21112030.19192483X-RAY DIFFRACTION100
2.26-2.30.24441980.19122434X-RAY DIFFRACTION99
2.3-2.340.23782040.17752484X-RAY DIFFRACTION100
2.34-2.390.21822000.18282447X-RAY DIFFRACTION100
2.39-2.440.20772030.18732479X-RAY DIFFRACTION100
2.44-2.50.22412000.18612443X-RAY DIFFRACTION99
2.5-2.560.25782020.19242466X-RAY DIFFRACTION99
2.56-2.630.23861980.19462428X-RAY DIFFRACTION99
2.63-2.710.24172010.19812463X-RAY DIFFRACTION98
2.71-2.790.19342010.18962447X-RAY DIFFRACTION99
2.79-2.890.23881920.19212357X-RAY DIFFRACTION96
2.89-3.010.21641970.19792415X-RAY DIFFRACTION98
3.01-3.150.22722010.18882452X-RAY DIFFRACTION99
3.15-3.310.20261990.17892441X-RAY DIFFRACTION98
3.31-3.520.19611980.17342422X-RAY DIFFRACTION98
3.52-3.790.17212000.16412448X-RAY DIFFRACTION98
3.79-4.170.15111980.14262407X-RAY DIFFRACTION97
4.17-4.780.13481960.13662401X-RAY DIFFRACTION97
4.78-6.020.15961980.16152415X-RAY DIFFRACTION96
6.02-57.720.18792000.15982448X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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