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- PDB-8hoi: Crystal structure of Bcl-2 D103Y in complex with sonrotoclax -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hoi
タイトルCrystal structure of Bcl-2 D103Y in complex with sonrotoclax
要素Apoptosis regulator Bcl-2
キーワードAPOPTOSIS / Inhibitor
機能・相同性Chem-98I / FORMIC ACID
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Liu, J. / Xu, M. / Feng, Y. / Hong, Y. / Liu, Y.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Blood / 年: 2024
タイトル: Sonrotoclax overcomes BCL2 G101V mutation-induced venetoclax resistance in preclinical models of hematologic malignancy.
著者: Liu, J. / Li, S. / Wang, Q. / Feng, Y. / Xing, H. / Yang, X. / Guo, Y. / Guo, Y. / Sun, H. / Liu, X. / Yang, S. / Mei, Z. / Zhu, Y. / Cheng, Z. / Chen, S. / Xu, M. / Zhang, W. / Wan, N. / ...著者: Liu, J. / Li, S. / Wang, Q. / Feng, Y. / Xing, H. / Yang, X. / Guo, Y. / Guo, Y. / Sun, H. / Liu, X. / Yang, S. / Mei, Z. / Zhu, Y. / Cheng, Z. / Chen, S. / Xu, M. / Zhang, W. / Wan, N. / Wang, J. / Ma, Y. / Zhang, S. / Luan, X. / Xu, A. / Li, L. / Wang, H. / Yang, X. / Hong, Y. / Xue, H. / Yuan, X. / Hu, N. / Song, X. / Wang, Z. / Liu, X. / Wang, L. / Liu, Y.
履歴
登録2022年12月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apoptosis regulator Bcl-2
B: Apoptosis regulator Bcl-2
C: Apoptosis regulator Bcl-2
D: Apoptosis regulator Bcl-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,7039
ポリマ－76,0974
非ポリマー3,6065
水3,693205
1
A: Apoptosis regulator Bcl-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9142
ポリマ－19,0241
非ポリマー8901
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Apoptosis regulator Bcl-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9603
ポリマ－19,0241
非ポリマー9362
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Apoptosis regulator Bcl-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9142
ポリマ－19,0241
非ポリマー8901
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Apoptosis regulator Bcl-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9142
ポリマ－19,0241
非ポリマー8901
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.367, 86.737, 73.395
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.020, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質
Apoptosis regulator Bcl-2


分子量: 19024.170 Da / 分子数: 4 / 変異: D103Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物
ChemComp-98I / ~{N}-[4-[(4-methyl-4-oxidanyl-cyclohexyl)methylamino]-3-nitro-phenyl]sulfonyl-4-[2-[(2~{S})-2-(2-propan-2-ylphenyl)pyrrolidin-1-yl]-7-azaspiro[3.5]nonan-7-yl]-2-(1~{H}-pyrrolo[2,3-b]pyridin-5-yloxy)benzamide


分子量: 890.100 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C49H59N7O7S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.5 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Sodium Acetate pH 5.1, 3.6 M Sodium Formate, 0.1 M Lithium chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→48.34 Å / Num. obs: 40244 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.136 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.147 / Net I/σ(I): 9.8 / Num. measured all: 281401 / Scaling rejects: 7
反射 シェル解像度: 2.25→2.32 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.714 / Num. unique obs: 3751 / CC1/2: 0.823 / Rpim(I) all: 0.288 / Rrim(I) all: 0.771 / % possible all: 96.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5VAU

5vau


解像度: 2.25→39.71 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 38.73 / 位相誤差: 34.89 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2643 2001 5.2 %
Rwork0.2359 38226 -
obs0.2416 40227 95.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 76.72 Å2 / Biso mean: 30.6553 Å2 / Biso min: 15.98 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.25→39.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4592 0 259 205 5056
Biso mean--26.13 33.47 -
残基数----547
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.25-2.310.32091460.30742757290391
2.31-2.370.34561450.29192775292091
2.37-2.440.30171410.29052718285992
2.44-2.520.35671450.29152712285790
2.52-2.610.33471370.28942606274387
2.61-2.710.2961480.27782823297192
2.71-2.830.28171400.26992758289892
2.83-2.980.27671450.25562765291092
2.98-3.170.25391370.24592594273187
3.17-3.420.24311440.23772795293993
3.42-3.760.24171460.21472790293692
3.76-4.30.21241370.19772635277287
4.3-5.420.25141500.19222799294992
5.42-39.710.27321400.24332699283987
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.356-1.76050.42073.0688-1.48381.2367-0.3777-0.51630.3320.5538-0.04050.2482-0.1163-0.0980.21090.38790.00690.03070.4833-0.13070.307938.5894-17.197266.5733
21.69730.45370.04390.663-0.21690.3725-0.09980.09880.31990.15150.0605-0.2166-0.1190.0650.01330.2510.037-0.09890.2643-0.02940.302946.0872-26.131452.8814
31.72820.0335-0.36011.12520.15880.77840.1458-0.0645-0.12110.2113-0.068-0.05490.17680.1599-0.04490.24670.0168-0.11210.3022-0.00810.259947.38-30.682160.9169
42.07881.15170.27863.11250.52250.6084-0.00360.42560.1183-0.4485-0.11130.1883-0.00820.22730.10670.29720.0264-0.04220.44980.05030.212411.0641-21.076647.2178
51.10350.01440.65770.6082-0.01221.4394-0.03430.08590.3885-0.0342-0.1530.2088-0.0715-0.08110.12380.23040.04-0.17640.2473-0.01390.4571.6057-21.590658.6025
61.7859-0.37470.82180.44050.2490.99690.2453-0.3571-0.2043-0.2044-0.21730.2160.0146-0.2413-0.02680.1889-0.0189-0.090.27430.00390.221912.2362-34.242161.4081
71.4197-0.1062-0.3791.0521-0.17540.42690.09840.0322-0.0987-0.1463-0.06520.06780.0208-0.0545-0.02220.25950.0069-0.04830.27860.00560.20619.888-30.545852.6015
81.91920.2547-0.78471.86961.01751.19440.14180.28880.4909-0.5529-0.05390.1725-0.1743-0.39160.07980.201-0-0.18730.6181-0.07340.2501-6.7679-27.805845.8624
90.4296-0.2192-0.30732.28050.94242.4105-0.05560.26450.1096-0.0373-0.3146-0.30640.37240.32980.21980.2640.0292-0.03290.63750.14070.27232.2041-5.963433.6324
101.88521.53640.93491.32780.99541.25050.28920.1301-0.24180.2870.0948-0.38440.57790.1644-0.34210.69370.1586-0.11010.42180.07310.662933.8679-10.988330.2071
110.85750.03540.71081.3417-0.19412.89060.1806-0.1699-0.234-0.0093-0.1047-0.1680.381-0.1142-0.03880.2184-0.05580.00060.24060.02220.247218.832-6.871637.6957
121.20120.5917-0.11860.7746-0.67671.8874-0.0484-0.4108-0.2757-0.28330.01750.0584-0.068-0.2740.02450.151-0.0171-0.06540.29370.03530.246919.50844.225523.0501
131.1498-0.2829-0.64171.34030.22321.7467-0.10030.0848-0.0001-0.059-0.068-0.06020.04160.12250.05860.22330.0029-0.04110.34240.02160.168625.52921.462329.7475
141.68-0.10531.5152-0.0002-0.09171.35550.0381-0.05850.35360.24610.0885-0.4261-0.25480.43730.01750.4619-0.2044-0.2310.69630.10150.011930.519810.383944.2163
151.50550.8003-0.02111.78570.63530.3419-0.2944-0.21930.05350.2507-0.2592-0.51990.06940.36730.1531-0.3345-0.101-0.4040.85890.02160.058229.2128-0.768349.1264
160.66990.7089-0.13934.5881-2.12854.2201-0.0064-0.17690.206-0.134-0.14990.36810.3754-0.54680.10430.2312-0.05970.03180.5086-0.12490.32053.2918-7.043966.9571
173.0357-0.2247-0.49971.30260.13111.2977-0.1934-0.2093-0.07720.1665-0.02480.17770.1996-0.370.14110.2872-0.0216-0.03550.3536-0.02670.191912.6506-7.31156.7648
181.1919-0.2973-0.80120.78640.39912.626-0.04850.1082-0.13250.0692-0.0748-0.08090.07060.49680.10680.166-0.0107-0.05040.323-0.01770.234619.71950.51672.8188
190.88290.0923-0.76380.81780.36991.6684-0.03610.11650.0277-0.0526-0.15760.1332-0.167-0.21020.09170.18510.0195-0.05740.3471-0.01220.21029.91562.725563.8607
202.8885-1.2650.82984.9259-0.66661.02970.0653-0.43850.29330.3679-0.06630.02270.0293-0.2959-0.00880.28450.01-0.03810.3994-0.10320.310444.3054-21.958365.3964
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'C' and (resid 27 through 91 )C27 - 91
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'C' and (resid 92 through 137 )C92 - 137
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 138 through 204 )C138 - 204
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid 10 through 91 )D10 - 91
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'D' and (resid 92 through 117 )D92 - 117
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'D' and (resid 118 through 143 )D118 - 143
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and (resid 144 through 193 )D144 - 193
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 194 through 204 )D194 - 204
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 9 through 26 )A9 - 26
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 27 through 91 )A27 - 91
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 92 through 117 )A92 - 117
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 118 through 137 )A118 - 137
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 138 through 184 )A138 - 184
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resid 185 through 193 )A185 - 193
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 194 through 204 )A194 - 204
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 10 through 91 )B10 - 91
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 92 through 107 )B92 - 107
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 108 through 137 )B108 - 137
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 138 through 204 )B138 - 204
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 10 through 26 )C10 - 26

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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