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万見
- PDB-8hod: ScRIPK MUTANT-S253A, T254A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hod
タイトルScRIPK MUTANT-S253A, T254A
要素Hypothetical protein
キーワードPLANT PROTEIN / Kinase / RLCK VII
機能・相同性
機能・相同性情報


protein kinase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
: / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Protein kinase domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharum hybrid cultivar (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Fang, J.L. / Zhang, M.Q.
資金援助2件
組織認可番号国
Other governmentGuikeAA22117007
Other governmentCARS-170109
引用ジャーナル: Front Plant Sci / 年: 2023
タイトル: Receptor-like cytoplasmic kinase ScRIPK in sugarcane regulates disease resistance and drought tolerance in Arabidopsis.
著者: Fang, J. / Chai, Z. / Huang, R. / Huang, C. / Ming, Z. / Chen, B. / Yao, W. / Zhang, M.
履歴
登録2022年12月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8345
ポリマ－36,1301
非ポリマー7034
水2,792155
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.820, 84.010, 98.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein


分子量: 36130.266 Da / 分子数: 1 / 変異: S252A, T253A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Saccharum hybrid cultivar (植物) / 遺伝子: NCGR_LOCUS5996
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A811MS43
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.13 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 4.3 M Sodium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→84.01 Å / Num. obs: 27393 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.478 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.109 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / Rmerge(I) obs: 0.97 / Num. unique obs: 2012 / CC1/2: 0.835

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15_3459精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
PDB_EXTRACT4データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5TOS

5tos


解像度: 1.95→64.004 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2283 1959 7.28 %
Rwork0.1982 --
obs0.2005 26901 98.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→64.004 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2192 0 45 155 2392
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072304
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9673115
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.7961366
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055347
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005385
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-1.99880.3231310.27351694X-RAY DIFFRACTION94
1.9988-2.05280.30861290.25151688X-RAY DIFFRACTION95
2.0528-2.11320.331360.22831722X-RAY DIFFRACTION97
2.1132-2.18140.25681370.20781734X-RAY DIFFRACTION98
2.1814-2.25940.2411370.20021773X-RAY DIFFRACTION99
2.2594-2.34990.21371410.1921771X-RAY DIFFRACTION99
2.3499-2.45680.25131370.19081764X-RAY DIFFRACTION99
2.4568-2.58640.22041410.20541778X-RAY DIFFRACTION99
2.5864-2.74840.22581420.22031796X-RAY DIFFRACTION100
2.7484-2.96060.29381410.22731797X-RAY DIFFRACTION100
2.9606-3.25850.25111440.2161816X-RAY DIFFRACTION100
3.2585-3.730.21431430.1781819X-RAY DIFFRACTION100
3.73-4.69920.16271460.16351861X-RAY DIFFRACTION100
4.6992-640.22051540.19751929X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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