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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8hod | |||||||||
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タイトル | ScRIPK MUTANT-S253A, T254A | |||||||||
要素 | Hypothetical protein | |||||||||
キーワード | PLANT PROTEIN / Kinase / RLCK VII | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Saccharum hybrid cultivar (植物) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å | |||||||||
データ登録者 | Fang, J.L. / Zhang, M.Q. | |||||||||
資金援助 | 2件
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引用 | ジャーナル: Front Plant Sci / 年: 2023 タイトル: Receptor-like cytoplasmic kinase ScRIPK in sugarcane regulates disease resistance and drought tolerance in Arabidopsis. 著者: Fang, J. / Chai, Z. / Huang, R. / Huang, C. / Ming, Z. / Chen, B. / Yao, W. / Zhang, M. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8hod.cif.gz | 75.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8hod.ent.gz | 53 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8hod.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8hod_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8hod_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8hod_validation.xml.gz | 14 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8hod_validation.cif.gz | 19.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ho/8hod ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ho/8hod | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8ho6C 8hoaC 5tosS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36130.266 Da / 分子数: 1 / 変異: S252A, T253A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Saccharum hybrid cultivar (植物) / 遺伝子: NCGR_LOCUS5996 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A811MS43 | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-ADP / | ||||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.13 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 4.3 M Sodium chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→84.01 Å / Num. obs: 27393 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.478 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.109 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I): 15.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2 Å / Rmerge(I) obs: 0.97 / Num. unique obs: 2012 / CC1/2: 0.835 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5TOS 解像度: 1.95→64.004 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.33 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→64.004 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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