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- PDB-8ho2: crystal structure of Norcoclaurine synthase from Chinese lotus (N... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ho2
タイトルcrystal structure of Norcoclaurine synthase from Chinese lotus (Nelumbo nucicera)
要素S-norcoclaurine synthase
キーワードPLANT PROTEIN / Benzylisoquinoline alkaloids biosynthesis / dimeric formation / enantioselectivity
機能・相同性
機能・相同性情報


(S)-norcoclaurine synthase / (S)-norcoclaurine synthase activity / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / defense response / signaling receptor activity / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Bet v I/Major latex protein / Pathogenesis-related protein Bet v 1 family / START-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
S-norcoclaurine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Nelumbo nucifera (ハス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.711 Å
データ登録者Liao, L.J. / Zhao, Y.C.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81703637 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31970596 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of Norcoclaurine synthase from Chinese lotus (Nelumbo nucicera) was investigated to determine its catalytic mechanism and enantioselectivity.
著者: Liao, L.J. / Zhao, Y.C.
履歴
登録2022年12月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S-norcoclaurine synthase
B: S-norcoclaurine synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9052
ポリマ－36,9052
非ポリマー00
水6,413356
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1670 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area14620 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)47.262, 58.104, 114.139
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 S-norcoclaurine synthase / S-norcoclaurine synthase 1-like


分子量: 18452.283 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nelumbo nucifera (ハス) / 遺伝子: LOC104590414, HUJ06_019302 / 発現宿主: Eschenbachia (植物) / 参照: UniProt: A0A191T7N6, (S)-norcoclaurine synthase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 356 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.07 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 12.8 mM (NH4)2SO4, 8% PEG-3350, 10 mM betaine hydrochloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月14日
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.711→19.379 Å / Num. obs: 64909 / % possible obs: 99.07 % / 冗長度: 12.5 % / Rmerge(I) obs: 0.121 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.126 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 1.711→1.7324 Å / Num. unique obs: 34476 / Rpim(I) all: 0.104

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER2.7.0位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5NON

5non


解像度: 1.711→19.379 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 16.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.179 3772 5.81 %
Rwork0.1566 --
obs0.1579 64909 99.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.711→19.379 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2490 0 0 356 2846
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067387
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005441
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7792-1.80460.22231410.15752295X-RAY DIFFRACTION100
1.8046-1.83150.19971400.16912272X-RAY DIFFRACTION100
1.8315-1.86010.20461410.16262252X-RAY DIFFRACTION100
1.8601-1.89060.18661440.162335X-RAY DIFFRACTION100
1.8906-1.92310.20931440.15422283X-RAY DIFFRACTION100
1.9231-1.95810.19131350.15782272X-RAY DIFFRACTION100
1.9581-1.99570.19661440.162284X-RAY DIFFRACTION100
1.9957-2.03640.15581480.15442306X-RAY DIFFRACTION100
2.0364-2.08060.21471400.15542276X-RAY DIFFRACTION100
2.0806-2.1290.19281420.15682281X-RAY DIFFRACTION100
2.129-2.18210.20281390.15542258X-RAY DIFFRACTION100
2.1821-2.24110.18331370.1582333X-RAY DIFFRACTION100
2.2411-2.30690.19761420.15742264X-RAY DIFFRACTION100
2.3069-2.38120.18641380.15842289X-RAY DIFFRACTION100
2.3812-2.46620.18951440.15872275X-RAY DIFFRACTION100
2.4662-2.56470.16721370.1622288X-RAY DIFFRACTION100
2.5647-2.68120.21361410.16472288X-RAY DIFFRACTION100
2.6812-2.82210.19471380.16342280X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -9.6346 Å / Origin y: -27.0161 Å / Origin z: 14.3683 Å
111213212223313233
T0.0907 Å2-0.0006 Å20.0192 Å2-0.0911 Å20.0023 Å2--0.0727 Å2
L0.1886 °20.0478 °20.0737 °2-0.4783 °2-0.0664 °2---0.0248 °2
S0.0008 Å °-0.0003 Å °0.0047 Å °0.0155 Å °0.0166 Å °0.0263 Å °-0.0174 Å °-0.0083 Å °0.0001 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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