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万見
- PDB-8hn2: Selenomethionine-labelled soluble domain of Rieske iron-sulfur pr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hn2
タイトルSelenomethionine-labelled soluble domain of Rieske iron-sulfur protein from chlorobaculum tepidum
要素Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit
キーワードELECTRON TRANSPORT / Rieske iron-sulfur protein / photosynthesis / green sulfur bacteria / cytochrome bc complex
機能・相同性
機能・相同性情報


plastoquinol-plastocyanin reductase / plastoquinol--plastocyanin reductase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Rieske iron-sulphur protein / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Chlorobaculum tepidum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kishimoto, H. / Mutoh, R. / Tanaka, H. / Kurisu, G. / Oh-oka, H.
資金援助 日本, 4件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19H04724 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)15K21122 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)T18K061530 日本
Japan Science and TechnologyJPMJCR20E1 日本
引用ジャーナル: Curr Res Struct Biol / 年: 2023
タイトル: Soluble domains of cytochrome c-556 and Rieske iron-sulfur protein from Chlorobaculum tepidum: Crystal structures and interaction analysis.
著者: Kishimoto, H. / Azai, C. / Yamamoto, T. / Mutoh, R. / Nakaniwa, T. / Tanaka, H. / Miyanoiri, Y. / Kurisu, G. / Oh-Oka, H.
履歴
登録2022年12月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年11月15日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_sites ...atom_site / atom_sites / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / pdbx_contact_author / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / software / struct_asym / struct_conn / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _refine.B_iso_mean / _refine.aniso_B[1][1] / _refine.aniso_B[1][2] / _refine.aniso_B[1][3] / _refine.aniso_B[2][2] / _refine.aniso_B[2][3] / _refine.aniso_B[3][3] / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free / _refine.details / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_d_res_low / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.ls_percent_reflns_R_free / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.overall_SU_B / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_ls_sigma_F / _refine.pdbx_overall_ESU_R / _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii / _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii / _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii / _refine.pdbx_stereochemistry_target_values / _refine.solvent_model_details / _refine_hist.cycle_id / _refine_hist.d_res_low / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _software.name / _software.version / _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.beg_label_comp_id / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_comp_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_comp_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id / _struct_sheet_range.id / _struct_sheet_range.sheet_id
解説: Atoms with unrealistic or zero occupancies / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit
B: Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6914
ポリマ－23,3392
非ポリマー3522
水1,29772
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)130.640, 58.695, 49.680
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.04, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit / Plastohydroquinone:plastocyanin oxidoreductase iron-sulfur protein / Rieske iron-sulfur protein / ISP / RISP


分子量: 11669.433 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlorobaculum tepidum (バクテリア)
遺伝子: petC, CT0302 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3)
参照: UniProt: Q9F722, plastoquinol-plastocyanin reductase
#2: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.2M ammonium sulfate, 0.1M ammonium citrate pH 5.0, 22% (w/v) Polyethylene Glycol 2000, 10%(v/v) ethanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Cryostream / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.97919 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.13→60.55 Å / Num. obs: 15654 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 2.13→2.24 Å / Rmerge(I) obs: 0.604 / Num. unique obs: 1581

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.18.2_3874)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→46.05 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2315 859 5.49 %RANDOM
Rwork0.206 ---
obs0.2074 15647 99.87 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→46.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1623 0 8 72 1703
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0111661
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3222250
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.972232
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081266
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008283
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.440.17781280.15752478X-RAY DIFFRACTION100
2.44-2.630.25161490.20422433X-RAY DIFFRACTION100
2.63-2.90.27591560.23532432X-RAY DIFFRACTION100
2.9-3.320.29911570.25142451X-RAY DIFFRACTION100
3.32-4.180.23271460.21232473X-RAY DIFFRACTION100
4.18-46.050.18581230.18482521X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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