PDB-8hmu: Crystal Structure of PKM2 mutant R516C

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8hmu

タイトル

Crystal Structure of PKM2 mutant R516C

要素

Pyruvate kinase PKM

キーワード

TRANSFERASE / PKM2 / Hydroxylation / Kinase / Glycolysis / Tumour Promoting / Warburg Effect

機能・相同性

機能・相同性情報

pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / programmed cell death / histone H3T11 kinase activity / Pyruvate metabolism / positive regulation of cytoplasmic translation / canonical glycolysis / Glycolysis / positive regulation of sprouting angiogenesis / potassium ion binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Upadhyay, S. / Kumar, A. / Patel, A.K.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural and mechanistic insights into cancer patient-derived mutations in Pyruvate Kinase muscle isoform 2
著者: Upadhyay, S. / Kumar, A. / Patel, A.K.

履歴

登録	2022年12月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年1月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8hmu.cif.gz	917 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8hmu.ent.gz	632.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8hmu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8hmu_validation.pdf.gz	6.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8hmu_full_validation.pdf.gz	6.7 MB	表示
XML形式データ	8hmu_validation.xml.gz	71.7 KB	表示
CIF形式データ	8hmu_validation.cif.gz	96.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hm/8hmu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hm/8hmu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8hmqC 8hmrC 8hmsC 3gr4S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (15) #102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (1) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Pyruvate kinase PKM

B: Pyruvate kinase PKM

C: Pyruvate kinase PKM

D: Pyruvate kinase PKM

ヘテロ分子

244 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Pyruvate kinase PKM

C: Pyruvate kinase PKM

D: Pyruvate kinase PKM

ヘテロ分子

A: Pyruvate kinase PKM

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
244 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.400, 138.512, 155.614
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and ((resid 14 and (name N or name...
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 14 through 65 or (resid 66...
d_3	ens_1	(chain "C" and ((resid 14 and (name N or name...
d_4	ens_1	(chain "D" and ((resid 14 and (name N or name...

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	GLN	THR	A	1 - 108
d_1	2	ens_1	ASN	VAL	A	150 - 172
d_1	3	ens_1	VAL	PRO	A	184 - 512
d_1	4	ens_1	FBP	FBP	B
d_1	5	ens_1	OXL	OXL	C
d_2	1	ens_1	GLN	GLY	E	1 - 449
d_2	2	ens_1	PHE	PRO	E	454 - 464
d_2	3	ens_1	FBP	FBP	F
d_2	4	ens_1	OXL	OXL	G
d_3	1	ens_1	GLN	THR	M	2 - 109
d_3	2	ens_1	ASN	VAL	M	151 - 173
d_3	3	ens_1	VAL	GLY	M	185 - 502
d_3	4	ens_1	PHE	PRO	M	507 - 517
d_3	5	ens_1	FBP	FBP	N
d_3	6	ens_1	OXL	OXL	O
d_4	1	ens_1	GLN	THR	S	1 - 108
d_4	2	ens_1	ASN	VAL	S	147 - 169
d_4	3	ens_1	VAL	GLY	S	181 - 498
d_4	4	ens_1	PHE	PRO	S	505 - 515
d_4	5	ens_1	FBP	FBP	T
d_4	6	ens_1	OXL	OXL	U

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.819495024043, 0.468655271472, 0.329833506622), (-0.456319726702, 0.185433397128, 0.870279703459), (0.346699023062, -0.863699422109, 0.365818391633)	-14.0626263673, 31.8912034946, 53.0552174878
2	given	(-0.225342360575, 0.177237290512, -0.958022840742), (-0.181000257138, -0.973811846078, -0.137584139181), (-0.957319031173, 0.142398845818, 0.251521055308)	-63.953115306, 54.2465541156, -19.1555653453
3	given	(0.40922149618, -0.645802802957, 0.644574671203), (0.707333734929, -0.221719595756, -0.67120742568), (0.576382472404, 0.730601916607, 0.366065683936)	76.785853166, -25.2510742123, -52.8278878106

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 9分子 ABCD

#1: タンパク質

Pyruvate kinase PKM / Cytosolic thyroid hormone-binding protein / CTHBP / Opa-interacting protein 3 / OIP-3 / Pyruvate ...

分子量: 60134.195 Da / 分子数: 4 / 変異: R516C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PKM, OIP3, PK2, PK3, PKM2 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P14618, pyruvate kinase, non-specific serine/threonine protein kinase, non-specific protein-tyrosine kinase

#2: 糖

ChemComp-FBP / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / BETA-FRUCTOSE-1,6-DIPHOSPHATE / FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATE / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-fructose / β-D-フルクトフラノ-ス1,6-ビスりん酸

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 340.116 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₁₂P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
非ポリマー , 6種, 289分子

#3: 化合物	ChemComp-OXL / OXALATE ION / しゅう酸ジアニオン分子量: 88.019 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 258 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.79 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.2 M Sodium chloride, 0.1 M Tris pH8.0, 20% w/v PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.9789 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2022年8月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→49.92 Å / Num. obs: 79439 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.1 % / B_iso Wilson estimate: 45.09 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 17.1
反射シェル	解像度: 2.5→2.55 Å / Num. unique obs: 4471 / CC_1/2: 0.934

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
Coot		モデル構築
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3GR4

3gr4

解像度: 2.5→49.92 Å / SU ML: 0.3678 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.7373
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2787	3937	5.05 %
R_work	0.2373	73973	-
obs	0.2394	77910	98.14 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→49.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15024	0	169	258	15451

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0029	15393
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5483	20851
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	2435
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2711
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.154	2165

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.640741029533
ens_1	d_3	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.720205721646
ens_1	d_4	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.653465639567

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.53	0.3754	137	0.3043	2632	X-RAY DIFFRACTION	99.46
2.53-2.56	0.3869	142	0.3016	2673	X-RAY DIFFRACTION	99.54
2.56-2.6	0.376	135	0.3151	2645	X-RAY DIFFRACTION	99.5
2.6-2.63	0.3878	138	0.3015	2644	X-RAY DIFFRACTION	99.61
2.63-2.67	0.3687	162	0.3043	2637	X-RAY DIFFRACTION	99.4
2.67-2.71	0.3754	137	0.3021	2622	X-RAY DIFFRACTION	99
2.71-2.75	0.352	141	0.2856	2640	X-RAY DIFFRACTION	99.29
2.75-2.8	0.3473	133	0.2929	2626	X-RAY DIFFRACTION	98.78
2.8-2.84	0.3595	140	0.3025	2662	X-RAY DIFFRACTION	98.87
2.84-2.9	0.3316	142	0.2982	2613	X-RAY DIFFRACTION	98.6
2.9-2.95	0.3898	133	0.3056	2624	X-RAY DIFFRACTION	98.25
2.95-3.01	0.3579	145	0.2971	2620	X-RAY DIFFRACTION	97.53
3.01-3.08	0.3787	134	0.311	2608	X-RAY DIFFRACTION	97.68
3.08-3.15	0.3763	137	0.2987	2596	X-RAY DIFFRACTION	97.23
3.15-3.23	0.358	140	0.2896	2576	X-RAY DIFFRACTION	96.83
3.23-3.32	0.2996	147	0.2701	2589	X-RAY DIFFRACTION	96.58
3.32-3.41	0.3313	130	0.2655	2625	X-RAY DIFFRACTION	96.84
3.41-3.52	0.3033	126	0.2538	2570	X-RAY DIFFRACTION	96.15
3.52-3.65	0.2984	144	0.2419	2612	X-RAY DIFFRACTION	97.28
3.65-3.8	0.2669	125	0.2271	2638	X-RAY DIFFRACTION	97.36
3.8-3.97	0.2414	142	0.2235	2607	X-RAY DIFFRACTION	97.07
3.97-4.18	0.2454	147	0.2101	2600	X-RAY DIFFRACTION	96.49
4.18-4.44	0.2311	138	0.2033	2644	X-RAY DIFFRACTION	97.37
4.44-4.78	0.2287	133	0.1743	2670	X-RAY DIFFRACTION	97.9
4.78-5.26	0.1992	157	0.1882	2638	X-RAY DIFFRACTION	97.93
5.26-6.02	0.2528	128	0.2278	2745	X-RAY DIFFRACTION	98.86
6.02-7.58	0.2431	164	0.2107	2750	X-RAY DIFFRACTION	99.59
7.59-49.92	0.2034	160	0.1809	2867	X-RAY DIFFRACTION	99.02

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.458626150763	0.670070729383	-0.366564660049	2.15459859023	-0.923577122915	1.32169617735	0.138938364736	-0.171199768304	-0.0546311606723	0.119911394674	0.162268079886	0.131751137402	-0.0477477397517	-0.0618666624828	-0.299859267418	0.334585839793	-0.0422632599751	-0.0477617759655	0.423044139428	0.0582006574148	0.355946301705	14.0736886474	52.3023590823	-25.3532959685
2	5.13287271036	-0.978464713487	-0.964688879924	3.43908900471	-0.396986028822	1.40072019314	0.505084900243	-0.487965396382	-0.290358127471	-0.327683220396	-0.566761420521	-1.50588764858	-0.195839810552	0.74145537683	0.0972432409106	0.535305454952	-0.0272376453832	-0.0154274713059	0.688708372631	0.162364327007	0.94810253706	41.3445996164	42.8395379864	-35.451686397
3	0.720912811232	-0.0938786304049	-0.185980597272	3.22567589901	-0.984704459023	1.80218805981	0.0414579152947	0.00829145246981	-0.149090663297	-0.0924897711205	0.00964891978381	-0.359038124394	0.197361722768	0.141704899404	-0.0594060692753	0.318796661703	-0.0177008068368	-0.0561871565741	0.329555430825	0.0211227284569	0.413693029538	22.5670893133	44.7704559554	-37.7306860824
4	3.17063337458	0.192750205827	1.23494163366	1.1935037169	0.0966843531136	1.65657541688	0.0266493929687	-0.219556032558	-0.280455992675	0.114143183393	0.0922273408639	0.170561354837	0.101140726401	-0.141562719265	-0.083075353894	0.338264467505	0.00945110431615	0.0137777639543	0.43711460677	0.133225341061	0.473969579151	-2.13175872932	49.383687182	-31.6057049752
5	2.58306643974	-0.226071814203	-1.15964600056	2.32855949866	1.03107284887	4.26704810431	0.0998918977375	0.228144650112	0.397851363204	-0.0695271639228	-0.00941865569382	0.110272998475	-0.543836580976	-0.329339128533	-0.0893971165327	0.382792996564	0.0483294788615	0.0496655828387	0.421861140268	-0.0823917149916	0.444909855527	10.2609093413	12.1746788689	-17.682082281
6	1.89479581767	-0.000850830102774	-0.635409771813	1.0988300831	1.48525135755	2.23374402462	0.00803482990257	-0.834041423939	0.508963121527	0.235021277706	0.0733262504225	-0.147660552878	0.207750084117	0.207636645385	-0.0676306809142	0.524680321047	0.0123891468437	0.0492409072744	0.892304092617	-0.268865561893	0.487801294474	13.7618621125	15.189248805	15.4863876599
7	5.04430612335	-2.80088718453	0.930490026811	1.50927980707	-0.730881620728	1.83576987119	0.301747460086	-0.967058868661	-0.449672716294	-0.402449509469	-0.027488106807	-0.0291649987651	0.415518416063	0.557324574596	-0.187514912375	0.698852758217	0.0438459276609	-0.0267824840778	1.00348871094	0.10700969376	0.622026759768	25.9414264862	-12.564896738	13.7988591256
8	3.14406082716	-1.1337790152	-1.16193717323	0.621763555875	0.271996810593	1.49763568256	-0.450290866338	-0.99710235949	0.20573986257	0.658991031745	0.390859371696	-0.0651804156116	0.947416176341	0.494486889852	0.0644308647763	0.891489293173	0.145054915646	0.108657572619	1.11531608975	0.107432136568	0.410640687381	16.6737829188	-7.45739652825	20.2354510486
9	1.60956217902	-0.270296363347	-0.811673123143	1.39155238152	0.379651506523	2.13053189997	-0.111872437099	-0.705068173887	0.0129990196717	0.264574340466	0.0439438581913	0.077269221986	0.0974622405257	0.108051772637	0.0676992849779	0.370129158147	0.00560103389639	0.038783581879	0.56815279758	-0.0467107070847	0.306378187199	12.9834714843	-0.0322911638362	4.50805651312
10	2.64660567441	-1.24884054663	-0.732293684512	1.59491835763	0.998703362079	3.51763008269	0.0390241581835	0.0733370077929	-0.306779764274	0.0952883454975	-0.207524145222	0.0998557869135	0.0636357056781	-0.307171140341	0.244524409245	0.34518654707	-0.00737939147312	0.0830478905122	0.433857471686	-0.104980903613	0.454022341733	-4.31883916078	8.86328401742	-3.9788540441
11	1.30524382925	0.0554827571158	-2.0387677023	3.83778456689	0.012562696951	3.0486712627	0.335190530672	0.0389476755486	0.358216352281	0.170708730669	0.0457393199802	0.204463634922	-0.412163473668	-0.0888558878408	-0.401772847672	0.424578915964	-0.0102659640129	0.0787845431324	0.463000909329	-0.172442895005	0.458498113512	-6.49510471962	22.7539012318	5.09508135512
12	6.85446717848	-0.616538426279	0.220647098286	4.19480434375	-0.114061309178	1.52492853836	-0.0128174241956	-0.634786378024	0.740366478037	0.0267616952371	-0.248702652708	0.707048935425	0.0823308889807	-0.00956456934598	0.226731602373	0.490092725436	0.0683223552021	0.137194417407	0.441805972667	-0.115696243919	0.445264945146	-10.0592894131	20.6418297964	-4.36694196441
13	2.05637822482	-1.54537810313	-0.0489165142967	2.44178212176	0.0608427077911	0.941415424683	-0.146205855664	-0.0265043320643	-0.116703837122	0.296225077752	0.098716876171	0.491116652599	-0.0781894721198	-0.125484458272	0.00738312205277	0.325110990155	-0.00814139966384	-0.00943059501958	0.392350945221	-0.0803104783093	0.536196683848	-33.2174064255	3.89098082264	-31.4104850631
14	1.077983865	0.187374134384	-0.125450663125	0.940131879029	0.17808914867	6.11305138705	-0.177837180672	0.513036403592	0.0192621741485	-0.462292511789	0.00784935986449	0.182762255373	0.300372185797	-0.161187806872	0.125878722351	0.586485038894	0.00586688408903	-0.0865498143132	0.595102767472	-0.00699632720698	0.634141222613	-32.8787591016	10.2773540218	-59.8030289586
15	1.36823926719	-0.0252366366438	-0.358800668662	1.25792206433	0.942750958117	7.2691087199	0.243116098633	0.437430074576	-0.18980031	-0.368610023681	0.152955759587	-0.091474563233	0.626038336434	0.0568757145363	0.074578273644	0.838656911484	0.10768680119	-0.0538797979817	0.762366060227	-0.0134310989572	0.674693154516	-27.4808778848	9.35424163492	-63.2124690604
16	1.37030207104	-0.194556718811	-0.12606964353	1.44450407232	-0.0228540311753	1.05040807972	0.0186727756888	0.0779561114458	0.145670041426	-0.207442892763	-0.0481433655636	0.179445287043	-0.114955495612	-0.0133100773711	0.0271270285162	0.312126261209	0.00726384159478	-0.00799965563852	0.294852401153	-0.0363239379411	0.363240845497	-25.2331724866	10.0615033645	-40.9400748151
17	3.8481918427	-1.19727319542	0.0501341551894	3.06488111145	0.652931176894	2.17819522758	-0.15231699078	-0.357363095259	0.363775932958	0.168693083877	0.179606528947	-0.0342785266712	-0.156160417459	-0.0532485750103	-0.0473750902708	0.335341177967	-0.00818104677573	0.0194248759191	0.39451663869	-0.0881010807467	0.434970303625	-23.46189195	13.0034093714	-16.0477995308
18	2.30699844562	-1.32380231136	-1.15232034609	0.898104853337	0.000781493213235	2.24188507273	-0.055506124716	-0.162266659834	-0.341394603493	0.157506141701	-0.0623874045047	0.00353165182315	0.253497271892	0.185941536993	0.114985201823	0.339493418465	0.0266035034016	-0.022156994806	0.3534272859	-0.0929411993577	0.345564935492	32.5162868117	-9.96254766778	-15.7550146761
19	0.255835755389	0.125507480191	0.152862164671	3.49970859843	1.80881540243	0.827601739559	-0.0343449291075	-0.0549038929857	0.0905951761308	0.360068102428	0.0468482988339	-0.4946852613	0.0928922507846	0.191811826249	-0.0565875420814	0.358906991518	-0.0232418843636	-0.0781259986648	0.437532391103	-0.0082724391678	0.530064956685	41.9937016247	18.8579205798	-11.5944706378
20	1.74316161296	0.00369252946392	-0.67934518839	1.2333251685	-0.0307174614221	1.44136099609	0.0472613798232	-0.0940248957786	0.16848212173	0.0749422486577	0.000439503429717	-0.128628283787	-0.100641335493	0.257405047775	-0.0901882815046	0.240709600669	-0.0161356966934	0.00212134468347	0.326925674121	-0.0722094560907	0.357917799369	31.5116778627	3.03157797537	-20.0498754806
21	1.84887557744	-0.106546646107	-0.689711971851	1.58719424201	0.678936955828	1.869204306	-2.1535669269E-5	0.131380111183	-0.218916268728	-0.0983557564155	0.00678631716535	0.0749487244555	0.171858529596	-0.0593212917269	0.0915405689694	0.316120339282	-0.0224921100831	0.00213485682356	0.357074433662	-0.0853239067491	0.422235252137	23.6730448423	-15.550269066	-32.0472088578
22	5.70068793216	-0.62993948336	2.65748430664	2.83967838409	1.06641091633	9.50807803785	0.383527055356	0.383112316965	-0.326985649095	-0.184596064332	-0.374829133993	0.168543522039	0.426803435387	0.0974743621948	-0.0606234961817	0.320783054894	0.0132860904268	0.0062006709076	0.339077940222	-0.14055667555	0.592291635177	21.1163794566	-24.0522831701	-35.7383928215

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 14 through 98 )	A	A	14 - 98	1 - 85
2	2	chain 'A' and (resid 99 through 203 )	A	A	99 - 203	86 - 190
3	3	chain 'A' and (resid 204 through 370 )	A	A	204 - 370	191 - 357
4	4	chain 'A' and (resid 371 through 531 )	A	A	371 - 531	358 - 512
5	5	chain 'B' and (resid 14 through 45 )	B	E	14 - 45	1 - 32
6	6	chain 'B' and (resid 46 through 108 )	B	E	46 - 108	33 - 95
7	7	chain 'B' and (resid 109 through 200 )	B	E	109 - 200	96 - 135
8	8	chain 'B' and (resid 201 through 235 )	B	E	201 - 235	136 - 170
9	9	chain 'B' and (resid 236 through 387 )	B	E	236 - 387	171 - 322
10	10	chain 'B' and (resid 388 through 465 )	B	E	388 - 465	323 - 400
11	11	chain 'B' and (resid 466 through 500 )	B	E	466 - 500	401 - 435
12	12	chain 'B' and (resid 501 through 531 )	B	E	501 - 531	436 - 464
13	13	chain 'C' and (resid 13 through 98 )	C	M	13 - 98	1 - 86
14	14	chain 'C' and (resid 99 through 191 )	C	M	99 - 191	87 - 179
15	15	chain 'C' and (resid 192 through 222 )	C	M	192 - 222	180 - 210
16	16	chain 'C' and (resid 223 through 387 )	C	M	223 - 387	211 - 375
17	17	chain 'C' and (resid 388 through 531 )	C	M	388 - 531	376 - 517
18	18	chain 'D' and (resid 14 through 98 )	D	S	14 - 98	1 - 85
19	19	chain 'D' and (resid 99 through 222 )	D	S	99 - 222	86 - 206
20	20	chain 'D' and (resid 223 through 387 )	D	S	223 - 387	207 - 371
21	21	chain 'D' and (resid 388 through 500 )	D	S	388 - 500	372 - 484
22	22	chain 'D' and (resid 501 through 531 )	D	S	501 - 531	485 - 515

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 9分子 ABCD

-
非ポリマー , 6種, 289分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 / 糖 , 2種, 9分子 ABCD

-非ポリマー , 6種, 289分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 9分子 ABCD

-
非ポリマー , 6種, 289分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)