PDB-8hms: Crystal Structure of PKM2 mutant C474S

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8hms

タイトル

Crystal Structure of PKM2 mutant C474S

要素

Pyruvate kinase PKM

キーワード

TRANSFERASE / PKM2 / Hydroxylation / Kinase / Glycolysis / Tumour Promoting / Warburg Effect

機能・相同性

機能・相同性情報

pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / programmed cell death / Pyruvate metabolism / positive regulation of cytoplasmic translation / canonical glycolysis / Glycolysis / positive regulation of sprouting angiogenesis / potassium ion binding / rough endoplasmic reticulum ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Upadhyay, S. / Kumar, A. / Patel, A.K.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural and mechanistic insights into cancer patient-derived mutations in Pyruvate Kinase muscle isoform 2
著者: Upadhyay, S. / Kumar, A. / Patel, A.K.

履歴

登録	2022年12月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年1月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8hms.cif.gz	939.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8hms.ent.gz	648.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8hms.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hm/8hms ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hm/8hms	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8hmqC 8hmrC 8hmuC 3gr4S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (15) #102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (1) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Pyruvate kinase PKM

B: Pyruvate kinase PKM

C: Pyruvate kinase PKM

D: Pyruvate kinase PKM

ヘテロ分子

243 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.733, 134.584, 148.528
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 14 through 15 or (resid 16...
d_2	ens_1	(chain "B" and ((resid 14 and (name N or name...
d_3	ens_1	(chain "C" and ((resid 14 and (name N or name...
d_4	ens_1	(chain "D" and ((resid 14 and (name N or name...

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	GLN	LYS	A	1 - 122
d_1	2	ens_1	ASP	ASN	A	134 - 144
d_1	3	ens_1	GLU	GLN	A	150 - 168
d_1	4	ens_1	THR	CYS	A	176 - 404
d_1	5	ens_1	SER	PRO	A	406 - 512
d_2	1	ens_1	GLN	GLY	G	2 - 114
d_2	2	ens_1	GLU	LYS	G	121 - 129
d_2	3	ens_1	ASP	ASN	G	141 - 151
d_2	4	ens_1	GLU	GLN	G	157 - 175
d_2	5	ens_1	THR	CYS	G	183 - 411
d_2	6	ens_1	SER	PRO	G	413 - 519
d_3	1	ens_1	GLN	GLY	L	2 - 114
d_3	2	ens_1	GLU	LYS	L	121 - 129
d_3	3	ens_1	ASP	ASN	L	141 - 151
d_3	4	ens_1	GLU	GLN	L	157 - 175
d_3	5	ens_1	THR	CYS	L	183 - 411
d_3	6	ens_1	SER	PRO	L	413 - 519
d_4	1	ens_1	GLN	GLY	R	1 - 113
d_4	2	ens_1	GLU	CYS	R	118 - 385
d_4	3	ens_1	SER	PRO	R	387 - 493

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.765793884771, 0.524503019587, 0.372097176141), (0.473953813479, 0.0692375800219, 0.877823410602), (0.434657921516, 0.848588675365, -0.301611921692)	-82.3104772311, 46.2813417184, -9.09246612614
2	given	(-0.404198632869, -0.761893633974, 0.506104293301), (-0.690900381835, -0.108282457654, -0.714794775963), (0.599399806112, -0.638586720716, -0.482624981283)	-57.4157159742, -48.3367015277, -0.535467157687
3	given	(0.0824794816773, 0.189808316138, -0.978350621315), (0.2183760503, -0.961279817813, -0.16808632461), (-0.972372889255, -0.199784671561, -0.120735451512)	-67.9134821847, 12.774214729, -72.1332105035

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 7分子 ABCD

#1: タンパク質

Pyruvate kinase PKM / Cytosolic thyroid hormone-binding protein / CTHBP / Opa-interacting protein 3 / OIP-3 / Pyruvate ...

分子量: 60172.188 Da / 分子数: 4 / 変異: C474S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PKM, OIP3, PK2, PK3, PKM2 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P14618, pyruvate kinase, non-specific serine/threonine protein kinase, non-specific protein-tyrosine kinase

#2: 糖

ChemComp-FBP / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / BETA-FRUCTOSE-1,6-DIPHOSPHATE / FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATE / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-fructose / β-D-フルクトフラノ-ス1,6-ビスりん酸

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 340.116 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₁₂P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
非ポリマー , 5種, 439分子

#3: 化合物	ChemComp-OXL / OXALATE ION / しゅう酸ジアニオン分子量: 88.019 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂O₄
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 420 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.16 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M Sodium citrate tribasic dihydrate 0.1 M Bis-Tris propane pH8.5, 20% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.9778 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2022年2月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9778 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→46.85 Å / Num. obs: 115815 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.3 % / B_iso Wilson estimate: 41.74 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 18
反射シェル	解像度: 2.1→2.14 Å / Num. unique obs: 5659 / CC_1/2: 0.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
Coot		モデル構築
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3GR4

3gr4

解像度: 2.1→46.85 Å / SU ML: 0.2474 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.4681
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2382	5845	5.06 %
R_work	0.2037	109668	-
obs	0.2054	115513	99.76 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 55.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→46.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15216	0	135	420	15771

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	15582
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6594	21118
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0833	2466
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0076	2757
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.3075	2208

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	2.02942102481
ens_1	d_3	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	2.03905041259
ens_1	d_4	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.04688672874

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.12	0.3256	199	0.2758	3607	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.12-2.15	0.3005	172	0.2749	3679	X-RAY DIFFRACTION	100
2.15-2.18	0.3397	178	0.2774	3602	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.2	0.313	195	0.2625	3624	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.2-2.23	0.2884	206	0.2535	3604	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.23-2.26	0.2829	189	0.2515	3609	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.26-2.29	0.2759	202	0.255	3649	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.29-2.33	0.3006	191	0.2429	3621	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.33-2.37	0.2777	210	0.2448	3600	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.37-2.4	0.2692	192	0.2399	3658	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.4-2.45	0.2851	182	0.2473	3632	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.45-2.49	0.2983	164	0.2482	3659	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.49-2.54	0.2655	187	0.2432	3650	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.54-2.59	0.3097	191	0.2586	3608	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.59-2.65	0.2863	192	0.2482	3647	X-RAY DIFFRACTION	99.77
2.65-2.71	0.2866	214	0.2443	3616	X-RAY DIFFRACTION	99.58
2.71-2.77	0.2848	177	0.234	3625	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.78-2.85	0.296	188	0.2354	3654	X-RAY DIFFRACTION	99.74
2.85-2.93	0.289	195	0.2347	3666	X-RAY DIFFRACTION	99.61
2.93-3.03	0.2542	220	0.2254	3604	X-RAY DIFFRACTION	99.77
3.03-3.14	0.2636	221	0.2216	3618	X-RAY DIFFRACTION	99.61
3.14-3.26	0.2218	194	0.2148	3652	X-RAY DIFFRACTION	99.59
3.26-3.41	0.2423	191	0.204	3679	X-RAY DIFFRACTION	99.67
3.41-3.59	0.2209	201	0.1962	3647	X-RAY DIFFRACTION	99.56
3.59-3.82	0.2343	180	0.1836	3692	X-RAY DIFFRACTION	99.46
3.82-4.11	0.1999	207	0.1726	3667	X-RAY DIFFRACTION	99.44
4.11-4.52	0.195	192	0.1635	3710	X-RAY DIFFRACTION	99.69
4.52-5.18	0.199	210	0.1668	3716	X-RAY DIFFRACTION	99.8
5.18-6.52	0.2453	192	0.2087	3780	X-RAY DIFFRACTION	99.95
6.52-46.85	0.1906	213	0.1671	3893	X-RAY DIFFRACTION	99.11

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.88670787411	-0.638977956357	-0.0142647876691	2.90367070169	-0.517461920196	1.44554347786	-0.317761748068	-0.464031136061	-0.436114520144	-0.125013871711	0.0258898589519	-0.629156814421	0.136567197255	0.450656850127	0.221032066956	0.352777537603	0.0521873212825	0.117464317966	0.499310375132	0.245574163014	0.604016265545	-18.0577559338	-4.58192967439	-32.8210778999
2	2.33715153112	-0.757760658817	-0.40690908382	2.69466882018	-0.994170846315	1.38942899221	-0.409241505407	0.62518942899	-0.15543360315	-1.65782850624	-0.527300709395	-0.469877553306	0.850707152833	-0.177402877616	0.395352332453	0.878820527788	0.0282981972408	0.391773572351	0.734317472574	-0.0150864975024	0.846476401371	-24.9139967172	-9.85389617333	-59.8428753616
3	2.4684652791	0.333491396463	-0.545404024906	2.29848896243	-0.173289039195	1.70385434889	-0.443894052625	-0.178719449575	-0.855169437852	-0.280611842259	0.00230021927973	-0.268505072224	0.372747694157	0.208120754187	0.28924063445	0.406126163098	0.0658303085529	0.20296466761	0.251437057423	0.0897646767215	0.554187084176	-28.716100291	-8.78430921424	-39.347648604
4	1.74713935716	0.0335581783262	-0.250808165426	2.60442447521	-0.214124977327	2.39091376142	0.118553857169	-0.0727082385988	-0.0378426184339	-0.0162880822933	-0.28554741426	-0.739123031242	0.0584204762305	0.18551177169	0.100776247087	0.314043486422	0.0974496080577	0.0893211733694	0.455714159547	0.233931014093	0.61822411378	-24.7439519435	-15.9305868001	-16.0213253877
5	2.3659946853	-0.916843902999	0.162890133442	4.45201401004	-2.2399784753	2.66998563962	-0.0315630333752	0.211776252083	0.177111699472	-0.506010784595	-0.0651656562747	-0.129975436863	0.197196766951	0.0848723154404	0.0871512268268	0.337996408039	0.0511067360766	0.0154738665122	0.276742498202	-0.0243516571003	0.249207070753	-37.8715014571	18.6050459137	-50.5020735043
6	5.27054550832	0.868099011572	1.05572702124	2.2886610697	0.0989804458247	1.18161576465	-0.269169638762	0.483368582166	0.68415237858	-0.283909162883	-0.0691617580014	-0.796174203939	-0.091197426094	0.502730464897	0.26586845999	0.447911410442	0.0368839546855	0.0834153674817	0.518470109375	0.214961294825	0.81848147933	-19.6353317991	29.6769804435	-45.7528285785
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10	2.64196746592	-1.50391357053	-0.570344457618	2.52629342926	0.682590879093	2.79391076304	0.00171168422095	-0.493548454299	0.268632472703	0.726133438541	-0.188698658702	0.503869613021	-0.44451227947	-0.737114733975	0.121106188	0.905127680649	-0.0294437029236	0.141138603991	0.87438498415	-0.133296218765	0.477821977433	-73.6646022865	6.29576222824	22.076207232
11	1.89538163137	0.0135640655255	0.671444183272	2.32945328866	-0.500478940862	1.82620524348	-0.0378816814061	-0.421173640438	0.218020806292	0.477131263321	-0.0782813224823	-0.180069788207	-0.162086664839	0.113559414548	0.110208459445	0.393894626764	0.0123145436579	-0.0522150695168	0.398860837562	-0.021225697572	0.193476121886	-59.2229036767	-1.11914530974	6.31453622056
12	2.14552247009	-0.563535958056	-0.545208367995	3.06493696872	0.238122276375	2.08913745269	-0.0285741823179	-0.391093155747	-0.19179451491	0.173262283315	-0.0259527589956	-0.392096207019	0.243106204682	0.33755640312	0.0390807601605	0.313843956686	0.0684852367643	-0.0375065713915	0.423901118391	0.142640679905	0.315795944543	-42.6830347458	-18.6747127337	0.276029641157
13	6.69393458605	-0.958302672264	1.95344323521	1.85800151151	-1.0405158151	2.49225261224	-0.00892949281439	-0.155371781233	0.733448714874	0.14161642739	0.186815395334	0.359143274654	-0.161979414399	-0.462098464862	-0.155970349868	0.435017266443	0.0905269704624	0.0739089888592	0.35946354568	0.0646692193999	0.433538043225	-81.465205206	11.5090347456	-10.618066345
14	2.19815073496	0.129131550836	-0.161965267769	2.77987759307	-2.23219911656	1.50476314484	-0.0801907612848	-0.260725384823	-0.11626391929	0.0462462946432	0.439605401362	0.577288892674	0.0794549344891	-0.432595288112	-0.365576600633	0.391203334326	-0.00394464561442	0.022801730719	0.554599569985	0.16687413196	0.457760885033	-95.2899756294	-13.2912159006	-4.57492313953
15	2.39147328083	0.147327445744	0.50675770917	2.13557690702	-0.680564230734	1.42605424543	-0.0489105368014	0.148682746556	0.124276442933	-0.19992756182	0.21595189052	0.407465220821	0.275023116835	-0.371201726138	-0.142581378883	0.276408579377	-0.0468633134311	-0.0317906851176	0.362485255161	0.0910011153944	0.283635983787	-82.7627521706	-2.73914729232	-15.4121689566
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17	2.12833132819	0.182904984528	-2.28481411979	5.26587494569	0.887874717327	2.68881100705	-0.231250337295	0.256912093425	0.540992865191	-0.257689538669	-0.0655531078252	0.890035120413	-0.883399069804	-0.472918936041	0.245343062526	0.415123254294	0.0417816984519	-0.0895660435479	0.475609384355	0.210690440692	0.674956179064	-71.9501861954	24.6436952435	-29.1425735043

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'D' and (resid 14 through 98 )	D	R	14 - 98	1 - 85
2	2	chain 'D' and (resid 99 through 222 )	D	R	99 - 222	86 - 184
3	3	chain 'D' and (resid 223 through 407 )	D	R	223 - 407	185 - 369
4	4	chain 'D' and (resid 408 through 531 )	D	R	408 - 531	370 - 493
5	5	chain 'A' and (resid 14 through 98 )	A	A	14 - 98	1 - 85
6	6	chain 'A' and (resid 99 through 148 )	A	A	99 - 148	86 - 129
7	7	chain 'A' and (resid 149 through 222 )	A	A	149 - 222	130 - 203
8	8	chain 'A' and (resid 223 through 531 )	A	A	223 - 531	204 - 512
9	9	chain 'B' and (resid 13 through 98 )	B	G	13 - 98	1 - 86
10	10	chain 'B' and (resid 99 through 222 )	B	G	99 - 222	87 - 210
11	11	chain 'B' and (resid 223 through 407 )	B	G	223 - 407	211 - 395
12	12	chain 'B' and (resid 408 through 531 )	B	G	408 - 531	396 - 519
13	13	chain 'C' and (resid 13 through 98 )	C	L	13 - 98	1 - 86
14	14	chain 'C' and (resid 99 through 208 )	C	L	99 - 208	87 - 196
15	15	chain 'C' and (resid 209 through 387 )	C	L	209 - 387	197 - 375
16	16	chain 'C' and (resid 388 through 499 )	C	L	388 - 499	376 - 487
17	17	chain 'C' and (resid 500 through 531 )	C	L	500 - 531	488 - 519

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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