[日本語] English
万見
- PDB-8hmm: Crystal structure of AoRhaA -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hmm
タイトルCrystal structure of AoRhaA
要素Bac_rhamnosid6H domain-containing protein
キーワードHYDROLASE
機能・相同性Alpha-L-rhamnosidase, six-hairpin glycosidase domain / Bacterial alpha-L-rhamnosidase 6 hairpin glycosidase domain / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / carbohydrate metabolic process / Alpha-L-rhamnosidase six-hairpin glycosidase domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Aspergillus oryzae RIB40 (米麹菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Makabe, K. / Koseki, T.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2024
タイトル: Aspergillus oryzae alpha-l-rhamnosidase: Crystal structure and insight into the substrate specificity.
著者: Makabe, K. / Ishida, N. / Kanezaki, N. / Shiono, Y. / Koseki, T.
履歴
登録2022年12月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Bac_rhamnosid6H domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,4836
ポリマ－69,3771
非ポリマー1,1065
水2,018112
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1360 Å2
ΔGint17 kcal/mol
Surface area22480 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)61.670, 95.868, 111.490
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 Bac_rhamnosid6H domain-containing protein


分子量: 69377.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus oryzae RIB40 (米麹菌) / 株: RIB 40 / 遺伝子: AO090003001291 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2UJB1
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.22 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 23% PEG3350 0.1M BisTris pH5.5 0.2M Ammonium Acetate 9 mg/mL protein

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.51→48.19 Å / Num. obs: 23315 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 28.16 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.215 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 2.51→2.61 Å / Rmerge(I) obs: 0.829 / Num. unique obs: 2595

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
PHENIX1.17.1_3660精密化
Aimlessデータスケーリング
Cootモデル構築
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→19.88 Å / SU ML: 0.2183 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.0985
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2655 961 5.14 %
Rwork0.2413 17732 -
obs0.2425 18693 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→19.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4884 0 70 112 5066
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00375080
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7196947
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0541788
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0047895
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.0345721
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.840.29871430.29032479X-RAY DIFFRACTION100
2.84-3.020.26481370.28862481X-RAY DIFFRACTION99.96
3.02-3.250.26781330.27682512X-RAY DIFFRACTION99.89
3.25-3.580.3011300.24712506X-RAY DIFFRACTION99.89
3.58-4.090.24361390.22052531X-RAY DIFFRACTION99.96
4.09-5.140.27261300.20382567X-RAY DIFFRACTION100
5.14-19.880.23961490.23152656X-RAY DIFFRACTION99.96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.48644123815-0.4187754787020.5388738164870.746262171417-0.4019417863911.03822999395-0.0927024461403-0.1796500713070.01916839753890.111756931489-0.0079221443242-0.132653160107-0.07864232786990.1625725261990.08603817493920.255186864157-0.0194631673047-0.01405624988830.2702052083790.007499987874790.2537700175548.329990430653.0074880547530.0016138882
21.275490216530.170079745620.2399389620760.711592922627-0.003282671920431.06584209436-0.04447190011990.0757427037429-0.238321916501-0.07902256507320.04404475540740.01243125499270.183931303717-0.179661399418-0.01229918341810.248534552392-0.03720567315980.01739753307760.25726219507-0.00261148143840.237764278237-14.7682312295-4.033347397878.95507911703
31.64020414891-0.6400449843050.6348349839641.47347056368-0.4482530413040.994031324447-0.038421703694-0.1892402141210.19415083370.15679593490.02054234458780.0484477289759-0.161599952651-0.1694555104510.02643283399760.2404070424170.012088575538-0.02173467830550.196751418636-0.01920874974290.214425539313-25.186526518421.53822550069.87199275134
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 166 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 167 through 526 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 527 through 639 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る