PDB-8hmg: The open state of RGLG2-VWA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8hmg

タイトル

The open state of RGLG2-VWA

要素

E3 ubiquitin-protein ligase RGLG2

キーワード

PLANT PROTEIN / E3 ubiquitin ligase / Allosteric regulation / Calcium ions binding

機能・相同性

機能・相同性情報

auxin metabolic process / negative regulation of response to water deprivation / cytokinin metabolic process / abscisic acid-activated signaling pathway / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / nucleus / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.81 Å

データ登録者

Wang, Q.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Ca2+-based Allosteric Switches and Shape Shifting in RGLG1 VWA domain
著者: Wang, Q.

履歴

登録	2022年12月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2023年12月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8hmg.cif.gz	530.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8hmg.ent.gz	432.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8hmg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8hmg_validation.pdf.gz	18.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8hmg_full_validation.pdf.gz	18.7 MB	表示
XML形式データ	8hmg_validation.xml.gz	91.4 KB	表示
CIF形式データ	8hmg_validation.cif.gz	126.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hm/8hmg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hm/8hmg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (3) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (3) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (2)

登録構造単位

A: E3 ubiquitin-protein ligase RGLG2

B: E3 ubiquitin-protein ligase RGLG2

C: E3 ubiquitin-protein ligase RGLG2

D: E3 ubiquitin-protein ligase RGLG2

E: E3 ubiquitin-protein ligase RGLG2

F: E3 ubiquitin-protein ligase RGLG2

G: E3 ubiquitin-protein ligase RGLG2

H: E3 ubiquitin-protein ligase RGLG2

I: E3 ubiquitin-protein ligase RGLG2

ヘテロ分子

310 kDa, 9 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: E3 ubiquitin-protein ligase RGLG2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
34.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: E3 ubiquitin-protein ligase RGLG2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.4 kDa, 1 ポリマー
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3

C: E3 ubiquitin-protein ligase RGLG2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.6 kDa, 1 ポリマー
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4

D: E3 ubiquitin-protein ligase RGLG2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.5 kDa, 1 ポリマー
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5

E: E3 ubiquitin-protein ligase RGLG2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.4 kDa, 1 ポリマー
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6

F: E3 ubiquitin-protein ligase RGLG2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.3 kDa, 1 ポリマー
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7

G: E3 ubiquitin-protein ligase RGLG2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.3 kDa, 1 ポリマー
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8

H: E3 ubiquitin-protein ligase RGLG2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.4 kDa, 1 ポリマー
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9

I: E3 ubiquitin-protein ligase RGLG2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	244.410, 244.410, 63.650
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	E3 ubiquitin-protein ligase RGLG2 / RING domain ligase 2 分子量: 34050.121 Da / 分子数: 9 / 断片: VWA domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: RGLG2, At5g14420, F18O22.210 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9LY87, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: 化合物	... ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 477 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.66 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 100 mM Tris-HCl, pH 7.5, 200 mM ammonium sulfate, 20% polyethylene glycol 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: AichiSR / ビームライン: BL2S1 / 波長: 0.9789 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2018年5月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.81→49.81 Å / Num. obs: 103535 / % possible obs: 99.91 % / 冗長度: 10.43 % / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 11
反射シェル	解像度: 2.81→2.86 Å / Num. unique obs: 5094 / CC_1/2: 0.734

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
PHENIX		モデル構築
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.81→49.81 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 13.232 / SU ML: 0.233 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.638 / ESU R Free: 0.275 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20816	5115	4.9 %	RANDOM
R_work	0.18343	-	-	-
obs	0.18468	98418	99.91 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 66.6 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.54 Å²	-1.27 Å²	0 Å²
2-	-	-2.54 Å²	0 Å²
3-	-	-	8.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.81→49.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20433	0	136	477	21046

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	21151
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	19611
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.479	1.643	28360
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.276	1.579	45220
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.476	5	2588
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.547	23.246	1146
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.211	15	3575
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.744	15	126
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.066	0.2	2752
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	23909
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	4823
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	6.021	6.742	10463
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.999	6.748	10408
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	8.964	10.126	12960
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	8.964	10.127	12961
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.416	7.326	10688
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.323	7.302	10592
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.727	10.71	15281
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	14.233	78.901	22900
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	14.217	78.901	22852
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	9507	0.05
1	2	B	9507	0.05
2	1	A	9456	0.05
2	2	C	9456	0.05
3	1	A	9477	0.05
3	2	D	9477	0.05
4	1	A	9391	0.05
4	2	E	9391	0.05
5	1	A	9449	0.05
5	2	F	9449	0.05
6	1	A	9492	0.05
6	2	G	9492	0.05
7	1	A	9525	0.04
7	2	H	9525	0.04
8	1	A	9503	0.05
8	2	I	9503	0.05
9	1	B	9502	0.05
9	2	C	9502	0.05
10	1	B	9558	0.05
10	2	D	9558	0.05
11	1	B	9521	0.05
11	2	E	9521	0.05
12	1	B	9517	0.05
12	2	F	9517	0.05
13	1	B	9473	0.05
13	2	G	9473	0.05
14	1	B	9560	0.04
14	2	H	9560	0.04
15	1	B	9624	0.05
15	2	I	9624	0.05
16	1	C	9446	0.06
16	2	D	9446	0.06
17	1	C	9488	0.05
17	2	E	9488	0.05
18	1	C	9472	0.05
18	2	F	9472	0.05
19	1	C	9401	0.06
19	2	G	9401	0.06
20	1	C	9549	0.05
20	2	H	9549	0.05
21	1	C	9495	0.05
21	2	I	9495	0.05
22	1	D	9441	0.05
22	2	E	9441	0.05
23	1	D	9445	0.05
23	2	F	9445	0.05
24	1	D	9426	0.05
24	2	G	9426	0.05
25	1	D	9512	0.05
25	2	H	9512	0.05
26	1	D	9538	0.05
26	2	I	9538	0.05
27	1	E	9464	0.05
27	2	F	9464	0.05
28	1	E	9436	0.04
28	2	G	9436	0.04
29	1	E	9466	0.05
29	2	H	9466	0.05
30	1	E	9528	0.05
30	2	I	9528	0.05
31	1	F	9371	0.06
31	2	G	9371	0.06
32	1	F	9428	0.06
32	2	H	9428	0.06
33	1	F	9514	0.05
33	2	I	9514	0.05
34	1	G	9463	0.04
34	2	H	9463	0.04
35	1	G	9504	0.05
35	2	I	9504	0.05
36	1	H	9544	0.05
36	2	I	9544	0.05

LS精密化シェル

解像度: 2.81→2.883 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.383	380	-
R_work	0.367	7334	-
obs	-	-	99.96 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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