PDB-8hm9: X-ray Crystal Structure of Pseudoazurin Met16His Variant at pH 4.0

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8hm9

タイトル

X-ray Crystal Structure of Pseudoazurin Met16His Variant at pH 4.0

要素

Pseudoazurin

キーワード

ELECTRON TRANSPORT / electron transfer protein

機能・相同性

機能・相同性情報

periplasmic space / electron transfer activity / copper ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Achromobacter cycloclastes (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.36 Å

データ登録者

Aoyama, Y. / Yamaguchi, T. / Kohzuma, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: X-ray Crystal Structure of Pseudoazurin Met16His Variant at pH 4.0
著者: Aoyama, Y. / Yamaguchi, T. / Kohzuma, T.

履歴

登録	2022年12月2日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年1月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8hm9.cif.gz	162.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8hm9.ent.gz	98.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8hm9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8hm9_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8hm9_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	8hm9_validation.xml.gz	15.6 KB	表示
CIF形式データ	8hm9_validation.cif.gz	24.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hm/8hm9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hm/8hm9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4yl4S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Pseudoazurin

B: Pseudoazurin

ヘテロ分子

26.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pseudoazurin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: wild type protein is monomer
13.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Pseudoazurin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
13.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.196, 60.476, 54.865
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.810, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Pseudoazurin / Blue copper protein 分子量: 13039.892 Da / 分子数: 2 / 変異: M16H / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Achromobacter cycloclastes (バクテリア) 遺伝子: bcp / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19567
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 403 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.9 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 31% PEG1500, 0.1 M potassium phosphate (pH 4.0)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.052 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.052 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.36→39.77 Å / Num. obs: 47237 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.3 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.042 / R_pim(I) all: 0.039 / R_rim(I) all: 0.058 / Net I/σ(I): 13.6
反射シェル	解像度: 1.36→1.38 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.267 / Num. unique obs: 2344 / CC_1/2: 0.884 / R_pim(I) all: 0.247 / R_rim(I) all: 0.365

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0403	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4YL4

4yl4

解像度: 1.36→39.77 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.979 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.97 / SU B: 2.37 / SU ML: 0.042 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.055 / ESU R Free: 0.051 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1603	2207	4.674 %
R_work	0.1279	45009	-
all	0.129	-	-
obs	-	47216	99.245 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.552 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.172 Å²	-0 Å²	1.725 Å²
2-	-	-2.427 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.101 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.36→39.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1830	0	2	403	2235

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	1978
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1918
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.65	1.654	2691
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.542	1.587	4464
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.948	5	270
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.637	5	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.383	10	339
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.084	10	74
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	295
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2332
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	392
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	326
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.197	0.2	1634
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	921
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	1024
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.216	0.2	233
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.129	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.343	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.243	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.191	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.261	1.536	1050
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.261	1.535	1050
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.613	2.768	1330
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.613	2.775	1331
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.458	1.799	928
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.459	1.804	929
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.859	3.16	1361
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.858	3.165	1362
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.639	24.824	2236
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.92	18.47	2085
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	5.014	3	3896

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.36-1.395	0.187	168	0.161	3343	X-RAY DIFFRACTION	99.8578
1.395-1.433	0.198	165	0.156	3246	X-RAY DIFFRACTION	99.9414
1.433-1.475	0.202	155	0.145	3173	X-RAY DIFFRACTION	99.88
1.475-1.52	0.177	144	0.122	3048	X-RAY DIFFRACTION	99.8436
1.52-1.57	0.161	149	0.117	2986	X-RAY DIFFRACTION	99.7455
1.57-1.625	0.145	123	0.12	2893	X-RAY DIFFRACTION	99.6695
1.625-1.686	0.161	130	0.111	2768	X-RAY DIFFRACTION	99.7247
1.686-1.755	0.17	139	0.115	2665	X-RAY DIFFRACTION	99.822
1.755-1.833	0.206	120	0.12	2548	X-RAY DIFFRACTION	99.3299
1.833-1.922	0.178	105	0.121	2451	X-RAY DIFFRACTION	99.3007
1.922-2.026	0.143	122	0.121	2308	X-RAY DIFFRACTION	98.7002
2.026-2.148	0.156	118	0.121	2168	X-RAY DIFFRACTION	98.7047
2.148-2.296	0.157	104	0.113	2061	X-RAY DIFFRACTION	98.7232
2.296-2.48	0.155	106	0.122	1898	X-RAY DIFFRACTION	98.4283
2.48-2.715	0.165	99	0.122	1767	X-RAY DIFFRACTION	98.2105
2.715-3.034	0.15	65	0.126	1602	X-RAY DIFFRACTION	98.2322
3.034-3.5	0.133	65	0.134	1417	X-RAY DIFFRACTION	97.5642
3.5-4.278	0.145	65	0.127	1173	X-RAY DIFFRACTION	97.6341
4.278-6.016	0.162	45	0.145	938	X-RAY DIFFRACTION	98.3984
6.016-39.77	0.179	20	0.179	556	X-RAY DIFFRACTION	98.9691

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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