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- PDB-8hly: Crystal structure of SIRT3 in complex with H3K23la peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hly
タイトルCrystal structure of SIRT3 in complex with H3K23la peptide
要素
  • H3K23la peptide
  • NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
キーワードHYDROLASE / SIRT3 / Lysine lactylation eraser
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of superoxide dismutase activity / positive regulation of catalase activity / NAD-dependent protein lysine delactylase activity / positive regulation of ceramide biosynthetic process / peptidyl-lysine deacetylation / Maturation of TCA enzymes and regulation of TCA cycle / NAD-dependent protein lysine deacetylase activity / protein acetyllysine N-acetyltransferase / protein deacetylation / histone deacetylase activity, NAD-dependent ...positive regulation of superoxide dismutase activity / positive regulation of catalase activity / NAD-dependent protein lysine delactylase activity / positive regulation of ceramide biosynthetic process / peptidyl-lysine deacetylation / Maturation of TCA enzymes and regulation of TCA cycle / NAD-dependent protein lysine deacetylase activity / protein acetyllysine N-acetyltransferase / protein deacetylation / histone deacetylase activity, NAD-dependent / positive regulation of oxidative phosphorylation / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / protein lysine deacetylase activity / cellular response to stress / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / NAD+ binding / Mitochondrial unfolded protein response (UPRmt) / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / aerobic respiration / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of insulin secretion / sequence-specific DNA binding / mitochondrial matrix / enzyme binding / protein-containing complex / mitochondrion / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Sirtuin, catalytic core small domain superfamily / Sirtuin family / : / Sir2 family / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
(2S)-2-HYDROXYPROPANOIC ACID / NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Zhuming, F. / Hao, Q.
資金援助 香港, 1件
組織認可番号国
The University Grants Committee, Research Grants Council (RGC) 香港
引用ジャーナル: Iscience / 年: 2023
タイトル: Identification of SIRT3 as an eraser of H4K16la.
著者: Fan, Z. / Liu, Z. / Zhang, N. / Wei, W. / Cheng, K. / Sun, H. / Hao, Q.
履歴
登録2022年12月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
B: H3K23la peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3668
ポリマ－31,8722
非ポリマー4946
水3,045169
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1890 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area12440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.043, 84.763, 89.187
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial / hSIRT3 / Regulatory protein SIR2 homolog 3 / SIR2-like protein 3


分子量: 31253.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SIRT3, SIR2L3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9NTG7, protein acetyllysine N-acetyltransferase
#2: タンパク質・ペプチド H3K23la peptide


分子量: 618.726 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: residues 21-26 of histone H3, with lactylated Lys-23
由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 5種, 175分子

#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-2OP / (2S)-2-HYDROXYPROPANOIC ACID / L-乳酸


分子量: 90.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H6O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.44 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M BIS-TRIS pH at 6.5, 28% (w/v) Polyethylene glycol monomethyl ether 2000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97847 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97847 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.998→44.593 Å / Num. obs: 25433 / % possible obs: 95.93 % / 冗長度: 1.5 % / Biso Wilson estimate: 22.99 Å2 / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.03378 / Rpim(I) all: 0.03378 / Rrim(I) all: 0.04777 / Net I/σ(I): 15.12
反射 シェル解像度: 1.998→2.07 Å / 冗長度: 1 % / Rmerge(I) obs: 0.07989 / Mean I/σ(I) obs: 3.48 / Num. unique obs: 1294 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rpim(I) all: 0.07989 / Rrim(I) all: 0.113 / % possible all: 72.33

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→44.59 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2026 2561 10.07 %
Rwork0.1559 --
obs0.1605 25433 77.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→44.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2165 0 28 169 2362
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042254
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7143062
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.821311
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045346
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007398
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.040.2599660.2144575X-RAY DIFFRACTION35
2.04-2.080.2511820.2116689X-RAY DIFFRACTION42
2.08-2.120.2287760.1874755X-RAY DIFFRACTION46
2.12-2.170.22971010.1987843X-RAY DIFFRACTION51
2.17-2.230.2311000.1694929X-RAY DIFFRACTION56
2.23-2.290.22151000.1591988X-RAY DIFFRACTION60
2.29-2.350.21541270.15681097X-RAY DIFFRACTION66
2.35-2.430.2151330.14591161X-RAY DIFFRACTION72
2.43-2.520.18831570.14091352X-RAY DIFFRACTION82
2.52-2.620.19121580.14681437X-RAY DIFFRACTION88
2.62-2.740.2181660.14181606X-RAY DIFFRACTION96
2.74-2.880.20661840.15181596X-RAY DIFFRACTION99
2.88-3.060.18661790.14351664X-RAY DIFFRACTION100
3.06-3.30.19411950.1481636X-RAY DIFFRACTION100
3.3-3.630.18151850.13881640X-RAY DIFFRACTION100
3.63-4.150.17251730.13391647X-RAY DIFFRACTION100
4.15-5.230.18881860.14391619X-RAY DIFFRACTION100
5.24-44.590.23831930.20971638X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -4.8497 Å / Origin y: -18.3698 Å / Origin z: 19.6547 Å
111213212223313233
T0.1454 Å2-0.0012 Å20.0041 Å2-0.1528 Å2-0.0268 Å2--0.1846 Å2
L0.7805 °2-0.3428 °20.4894 °2-0.817 °2-0.7951 °2--2.3439 °2
S-0.0716 Å °-0.103 Å °0.0701 Å °0.1111 Å °0.0337 Å °0.0018 Å °-0.168 Å °0.0094 Å °0.0449 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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