+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8hls | ||||||
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Title | Crystal structure of the sialidase Am1547 from A.muciniphila | ||||||
Components | Sialidase domain-containing protein | ||||||
Keywords | HYDROLASE / sialidase | ||||||
Function / homology | BNR repeat-like domain / Sialidase / Sialidase superfamily / metal ion binding / Sialidase domain-containing protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.04 Å | ||||||
Authors | Rui, B. / Xinyue, T. | ||||||
Funding support | China, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Structural analysis of a novel sialidase from Akkermansia muciniphila reveals a distinct catalytic motif in GH33 family Authors: Xinyue, T. / Rui, B. #1: Journal: To Be Published Title: Crystal Structure of the NanB Sialidase from Streptococcus pneumoniae Authors: Guogang, X. / Garry, L.T. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8hls.cif.gz | 511.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8hls.ent.gz | 372.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8hls.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8hls_validation.pdf.gz | 431.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8hls_full_validation.pdf.gz | 436.7 KB | Display | |
Data in XML | 8hls_validation.xml.gz | 40.2 KB | Display | |
Data in CIF | 8hls_validation.cif.gz | 56.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hl/8hls ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hl/8hls | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: ens_1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Auth seq-ID: 25 - 596 / Label seq-ID: 25 - 596
NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.989891044618, -0.0113878520303, 0.141371979583), (-0.0107746647455, -0.999928934895, -0.00510213277944), (0.141420035301, 0.00352731986242, -0.989943398195)Vector: - ...NCS oper: (Code: given Matrix: (0.989891044618, -0.0113878520303, 0.141371979583), Vector: |
-Components
#1: Protein | Mass: 67307.703 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835 (bacteria) Gene: Amuc_1547 Production host: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (bacteria) References: UniProt: B2ULI1 #2: Chemical | ChemComp-CL / #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.33 Å3/Da / Density % sol: 47.16 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: Magnesium chloride,Bis-Tris , PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 83 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U1 / Wavelength: 0.979 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Mar 20, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.04→21.64 Å / Num. obs: 140126 / % possible obs: 97.01 % / Redundancy: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 30.08 Å2 / Rpim(I) all: 0.05556 / Rrim(I) all: 0.07858 / Net I/σ(I): 12.75 |
Reflection shell | Resolution: 2.042→2.115 Å / Num. unique obs: 6090 / CC1/2: 0.59 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.04→21.64 Å / SU ML: 0.2465 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 24.4116 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 36.05 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.04→21.64 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Type: Torsion NCS / Rms dev position: 0.597117125519 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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