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- PDB-8hlo: Crystal structure of ASAP1-SH3 and MICAL1-PRM complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hlo
タイトルCrystal structure of ASAP1-SH3 and MICAL1-PRM complex
要素
  • Arf-GAP with SH3 domain, ANK repeat and PH domain-containing protein 1
  • Proline rich motif from MICAL1
キーワードPROTEIN BINDING / SH3 / Proline-rich motif / high-affinity
機能・相同性
機能・相同性情報


VxPx cargo-targeting to cilium / hippocampal mossy fiber expansion / positive regulation of membrane tubulation / : / F-actin monooxygenase / F-actin monooxygenase activity / NAD(P)H oxidase (H2O2-forming) / sulfur oxidation / regulation of regulated secretory pathway / NAD(P)H oxidase H2O2-forming activity ...VxPx cargo-targeting to cilium / hippocampal mossy fiber expansion / positive regulation of membrane tubulation / : / F-actin monooxygenase / F-actin monooxygenase activity / NAD(P)H oxidase (H2O2-forming) / sulfur oxidation / regulation of regulated secretory pathway / NAD(P)H oxidase H2O2-forming activity / negative regulation of dendritic spine development / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, NAD(P)H as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / cell projection membrane / actin filament depolymerization / protein localization to cilium / positive regulation of podosome assembly / regulation of postsynapse organization / podosome / intermediate filament / phosphatidylserine binding / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / actin filament bundle assembly / cilium assembly / intercellular bridge / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / cytoskeleton organization / FAD binding / GTPase activator activity / trans-Golgi network membrane / actin filament / monooxygenase activity / small GTPase binding / SH3 domain binding / centriolar satellite / actin filament binding / actin cytoskeleton / actin binding / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / midbody / dendritic spine / endosome membrane / ciliary basal body / cilium / Golgi membrane / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / glutamatergic synapse / signal transduction / zinc ion binding / nucleoplasm / metal ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ASAP1, BAR domain / ASAP1, SH3 domain / ASAP, PH domain / Arf-GAP with SH3 domain, ANK repeat and PH domain-containing protein / bMERB domain / Bivalent Mical/EHBP Rab binding domain / bMERB domain profile. / DUF3585 / BAR domain of APPL family / : ...ASAP1, BAR domain / ASAP1, SH3 domain / ASAP, PH domain / Arf-GAP with SH3 domain, ANK repeat and PH domain-containing protein / bMERB domain / Bivalent Mical/EHBP Rab binding domain / bMERB domain profile. / DUF3585 / BAR domain of APPL family / : / Arf GTPase activating protein / ArfGAP domain superfamily / Putative GTPase activating protein for Arf / ARF GTPase-activating proteins domain profile. / Putative GTP-ase activating proteins for the small GTPase, ARF / ARFGAP/RecO-like zinc finger / BAR domain / LIM zinc-binding domain signature. / LIM domain / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. / Zinc finger, LIM-type / LIM domain profile. / FAD-binding domain / FAD binding domain / AH/BAR domain superfamily / Variant SH3 domain / Calponin homology domain / Calponin homology (CH) domain / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Src homology 3 domains / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
[F-actin]-monooxygenase MICAL1 / Arf-GAP with SH3 domain, ANK repeat and PH domain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.168 Å
データ登録者Niu, F. / Wei, Z. / Yu, C.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32170697 中国
引用
ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2023
タイトル: Crystal Structure of the SH3 Domain of ASAP1 in Complex with the Proline Rich Motif (PRM) of MICAL1 Reveals a Unique SH3/PRM Interaction Mode.
著者: Jia, X. / Lin, L. / Xu, S. / Li, L. / Wei, Z. / Yu, C. / Niu, F.
#1: ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2023
タイトル: Crystal Structure of the SH3 Domain of ASAP1 in Complex with the Proline Rich Motif (PRM) of MICAL1 Reveals a Unique SH3/PRM Interaction Mode.
著者: Jia, X. / Lin, L. / Xu, S. / Li, L. / Wei, Z. / Yu, C. / Niu, F.
履歴
登録2022年11月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Arf-GAP with SH3 domain, ANK repeat and PH domain-containing protein 1
C: Proline rich motif from MICAL1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,0423
ポリマ－8,9462
非ポリマー961
水2,054114
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.181, 45.181, 59.391
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number171
Space group name H-MP62
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1325-

HOH

21A-1330-

HOH

31A-1365-

HOH

41A-1394-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Arf-GAP with SH3 domain, ANK repeat and PH domain-containing protein 1 / 130 kDa phosphatidylinositol 4 / 5-bisphosphate-dependent ARF1 GTPase-activating protein / ADP- ...130 kDa phosphatidylinositol 4 / 5-bisphosphate-dependent ARF1 GTPase-activating protein / ADP-ribosylation factor-directed GTPase-activating protein 1 / ARF GTPase-activating protein 1 / Development and differentiation-enhancing factor 1 / DEF-1 / Differentiation-enhancing factor 1 / PIP2-dependent ARF1 GAP


分子量: 7641.383 Da / 分子数: 1 / 断片: SH3 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Asap1, Ddef1, Kiaa1249, Shag1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9QWY8
#2: タンパク質・ペプチド Proline rich motif from MICAL1 / Molecule interacting with CasL protein 1 / MICAL-1 / NEDD9-interacting protein with calponin ...Molecule interacting with CasL protein 1 / MICAL-1 / NEDD9-interacting protein with calponin homology and LIM domains


分子量: 1304.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MICAL1, MICAL, NICAL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8TDZ2
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.12 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 0.1M HEPES, pH 7.5, 1.4M Sodium citrate tribasic dihydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.168→39.128 Å / Num. obs: 21440 / % possible obs: 91.74 % / 冗長度: 4.9 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 11.32
反射 シェル解像度: 1.17→1.21 Å / Num. unique obs: 1130 / CC1/2: 0.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXv1.9精密化
Cootモデル構築
HKL-3000データスケーリング
PHASES位相決定
HKL-3000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.168→39.128 Å / SU ML: 0.08 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 14.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1424 1989 9.28 %
Rwork0.1114 --
obs0.1143 21440 91.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.168→39.128 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数632 0 5 114 751
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008683
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.317935
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.607267
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07195
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008128
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.168-1.19690.2163630.1576665X-RAY DIFFRACTION44
1.1969-1.22930.1568980.1379994X-RAY DIFFRACTION66
1.2293-1.26550.17621280.13051244X-RAY DIFFRACTION82
1.2655-1.30630.16411430.12131416X-RAY DIFFRACTION93
1.3063-1.3530.16461490.11591490X-RAY DIFFRACTION99
1.353-1.40720.13571560.10671524X-RAY DIFFRACTION100
1.4072-1.47120.14681540.10611480X-RAY DIFFRACTION100
1.4712-1.54880.1541580.10481516X-RAY DIFFRACTION100
1.5488-1.64580.13581560.10651508X-RAY DIFFRACTION100
1.6458-1.77290.14921530.11071523X-RAY DIFFRACTION100
1.7729-1.95130.14071530.10571515X-RAY DIFFRACTION100
1.9513-2.23370.12681610.09831512X-RAY DIFFRACTION100
2.2337-2.81410.13141630.11941514X-RAY DIFFRACTION100
2.8141-39.1280.14631540.11241550X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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