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- PDB-8hlk: Structure of McyB-C1A1 complexed with L-Leu and AMP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hlk
タイトルStructure of McyB-C1A1 complexed with L-Leu and AMP
要素Microcystin synthetase B (Fragment)
キーワードTOXIN / NRPSs / microcystin synthase / condensation domain / adenylation doamin
機能・相同性ADENOSINE MONOPHOSPHATE / LEUCINE
機能・相同性情報
生物種Microcystis aeruginosa (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Peng, Y.J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Modular catalytic activity of nonribosomal peptide synthetases depends on the dynamic interaction between adenylation and condensation domains.
著者: Peng, Y.J. / Chen, Y. / Zhou, C.Z. / Miao, W. / Jiang, Y.L. / Zeng, X. / Zhang, C.C.
履歴
登録2022年11月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年7月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Microcystin synthetase B (Fragment)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,5123
ポリマ－110,0331
非ポリマー4782
水3,657203
1
A: Microcystin synthetase B (Fragment)
ヘテロ分子

A: Microcystin synthetase B (Fragment)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)221,0246
ポリマ－220,0672
非ポリマー9574
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation1
Buried area4720 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area76660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)152.534, 152.534, 135.738
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Microcystin synthetase B (Fragment)


分子量: 110033.461 Da / 分子数: 1 / 変異: R464T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Microcystis aeruginosa (バクテリア)
遺伝子: mcyB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-LEU / LEUCINE / ロイシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 131.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C6H13NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: AMP*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.35 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 3M sodium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→13.15 Å / Num. obs: 49972 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 17.5
反射 シェル解像度: 2.7→2.79 Å / Rmerge(I) obs: 1.274 / Num. unique obs: 4592

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0415精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
BLU-MAXデータ収集
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→13.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 14.107 / SU ML: 0.271 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.388 / ESU R Free: 0.296 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26941 2540 5.1 %RANDOM
Rwork0.21274 ---
obs0.21565 47370 98.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 67.376 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å2-0.02 Å2-0 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3---0.12 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.7→13.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7301 0 32 203 7536
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0127502
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0167177
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7011.65510214
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5721.5716531
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.3715904
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg9.375546
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.922101288
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.21161
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.028760
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021689
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it7.8436.6013637
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other7.8436.6013637
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it12.06911.8354534
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other12.06711.8344535
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.2487.3763865
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other8.2477.3763865
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other12.75513.2415681
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined17.66566.618551
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other17.66466.628552
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.767 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.386 201 -
Rwork0.344 3345 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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