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- PDB-8hlg: Crystal structure of MoaE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hlg
タイトルCrystal structure of MoaE
要素Molybdenum cofactor biosynthesis protein D/E
キーワードTRANSFERASE / cofactor / biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


Mo-molybdopterin cofactor biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Molybdopterin biosynthesis MoaE / Molybdopterin biosynthesis MoaE subunit superfamily / MoaE protein / Sulfur carrier ThiS/MoaD-like / ThiS family / Molybdopterin synthase/thiamin biosynthesis sulphur carrier, beta-grasp / Beta-grasp domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Molybdenum cofactor biosynthesis protein D/E
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Cai, J. / Zhao, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Basic Research Program of China (973 Program)2017YFA0503900 中国
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2023
タイトル: MoaE Is Involved in Response to Oxidative Stress in Deinococcus radiodurans.
著者: Cai, J. / Zhang, M. / Chen, Z. / Zhao, Y. / Xu, H. / Tian, B. / Wang, L. / Hua, Y.
履歴
登録2022年11月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Molybdenum cofactor biosynthesis protein D/E
B: Molybdenum cofactor biosynthesis protein D/E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4114
ポリマ－38,2192
非ポリマー1922
水1,38777
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3340 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area11660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.020, 94.950, 101.110
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-303-

HOH

21A-334-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Molybdenum cofactor biosynthesis protein D/E


分子量: 19109.467 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
遺伝子: DR_2607 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RR88
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: Lithium Sulfate, Tris-HCl, PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 20539 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rrim(I) all: 0.062 / Net I/σ(I): 16.56
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
2-2.050.5614770.9090.6081
2.05-2.110.44314780.930.4791
2.11-2.170.38314130.940.4151
2.17-2.240.2913750.9670.3151
2.24-2.310.26113400.9690.2851
2.31-2.390.21113040.980.2291
2.39-2.480.16912460.9860.1831
2.48-2.580.13512230.990.1461
2.58-2.70.10711690.9940.1171
2.7-2.830.09211070.9950.11
2.83-2.980.06910620.9970.0751
2.98-3.160.06110060.9970.0661
3.16-3.380.0559400.9970.0611
3.38-3.650.0468810.9980.0511
3.65-40.0478280.9980.0511
4-4.470.0437420.9980.0461
4.47-5.160.046680.9980.0441
5.16-6.320.045710.9980.0431
6.32-8.940.0364450.9990.0391
8.94-300.0282640.9990.0311

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
XDSデータ削減
BALBES位相決定
PHENIX1.19.2_4158精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→29.65 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 24.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2356 1011 4.93 %
Rwork0.1944 --
obs0.1965 20510 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→29.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2121 0 10 77 2208
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052185
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7222973
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.73783
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054321
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009387
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.110.28161440.25452745X-RAY DIFFRACTION100
2.11-2.240.26171240.22692748X-RAY DIFFRACTION100
2.24-2.410.25921420.22222751X-RAY DIFFRACTION100
2.41-2.650.27541330.22252783X-RAY DIFFRACTION100
2.65-3.040.27161670.23212752X-RAY DIFFRACTION100
3.04-3.820.2371500.19952810X-RAY DIFFRACTION100
3.82-29.650.19931510.15882910X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 12.5328 Å / Origin y: 63.1665 Å / Origin z: 35.8742 Å
111213212223313233
T0.3106 Å2-0.0446 Å20.005 Å2-0.3391 Å2-0.0396 Å2--0.2976 Å2
L1.0401 °2-0.087 °2-0.0577 °2-0.9056 °2-0.2817 °2--1.359 °2
S0.0884 Å °-0.0948 Å °0.0122 Å °-0.0518 Å °-0.0163 Å °0.0491 Å °-0.0799 Å °0.2674 Å °0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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