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万見
- PDB-8hkj: Crystal structure of the CYP102A5 haem Domain isolated from Bacil... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hkj
タイトルCrystal structure of the CYP102A5 haem Domain isolated from Bacillus cereus
要素Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Cytochrome P450 / Monooxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


NADPH-hemoprotein reductase / NADPH-hemoprotein reductase activity / unspecific monooxygenase / aromatase activity / FMN binding / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Bifunctional cytochrome P450/NADPH--cytochrome P450 reductase / Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component-like, FAD-binding / NADPH-cytochrome p450 reductase, FAD-binding, alpha-helical domain superfamily / FAD binding domain / Flavodoxin-like / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding ...Bifunctional cytochrome P450/NADPH--cytochrome P450 reductase / Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component-like, FAD-binding / NADPH-cytochrome p450 reductase, FAD-binding, alpha-helical domain superfamily / FAD binding domain / Flavodoxin-like / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Flavoprotein-like superfamily / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / PALMITIC ACID / Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus cereus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Stanfield, J.K. / Onoda, H. / Sugimoto, H. / Shoji, O.
資金援助 日本, 4件
組織認可番号国
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)21H04704 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)22H05129 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)22H05119 日本
Japan Science and TechnologyJPMJAX22B5 日本
引用ジャーナル: J.Inorg.Biochem. / 年: 2023
タイトル: Investigating the applicability of the CYP102A1-decoy-molecule system to other members of the CYP102A subfamily.
著者: Stanfield, J.K. / Onoda, H. / Ariyasu, S. / Kasai, C. / Burfoot, E.M. / Sugimoto, H. / Shoji, O.
履歴
登録2022年11月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月3日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
改定 1.22023年8月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
B: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
C: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
D: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
E: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
F: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
G: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
H: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
I: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
J: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
K: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
L: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)645,58236
ポリマ－635,10712
非ポリマー10,47524
水00
1
A: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7983
ポリマ－52,9261
非ポリマー8732
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7983
ポリマ－52,9261
非ポリマー8732
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7983
ポリマ－52,9261
非ポリマー8732
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,0554
ポリマ－52,9261
非ポリマー1,1293
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7983
ポリマ－52,9261
非ポリマー8732
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,5422
ポリマ－52,9261
非ポリマー6161
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7983
ポリマ－52,9261
非ポリマー8732
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7983
ポリマ－52,9261
非ポリマー8732
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
I: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7983
ポリマ－52,9261
非ポリマー8732
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
10
J: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7983
ポリマ－52,9261
非ポリマー8732
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
11
K: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7983
ポリマ－52,9261
非ポリマー8732
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
12
L: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7983
ポリマ－52,9261
非ポリマー8732
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)96.620, 126.060, 141.440
Angle α, β, γ (deg.)86.66, 79.47, 84.97
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase


分子量: 52925.570 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 遺伝子: BKK64_01385 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A853ZNE6
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.95 / 詳細: 70 mM MgCl2, 4.75% PEG8000, 50 mM Tris

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225-HS / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→91.18 Å / Num. obs: 157761 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 5 / Num. measured all: 312136
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.582 / Num. measured all: 15467 / Num. unique obs: 7830 / CC1/2: 0.52 / Rpim(I) all: 0.582 / Rrim(I) all: 0.823 / Net I/σ(I) obs: 1.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1-4487精密化
iMOSFLM7.2.0データ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MOLREP11.6.02位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2IJ2

2ij2


解像度: 2.8→19.96 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.24 / 位相誤差: 30.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2696 7974 5.05 %
Rwork0.2388 --
obs0.2404 157340 91.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数40330 0 732 0 41062
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00642074
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.93257073
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.02415874
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0576184
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0077311
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.830.37895240.35529049X-RAY DIFFRACTION89
2.83-2.860.34024880.34239121X-RAY DIFFRACTION89
2.86-2.90.36455060.34468986X-RAY DIFFRACTION89
2.9-2.940.36844410.33329249X-RAY DIFFRACTION90
2.94-2.970.3625080.34168891X-RAY DIFFRACTION89
2.97-3.020.34494850.32769169X-RAY DIFFRACTION89
3.02-3.060.33134890.31619117X-RAY DIFFRACTION90
3.06-3.10.35124480.30979131X-RAY DIFFRACTION90
3.1-3.150.33914770.30899237X-RAY DIFFRACTION90
3.15-3.20.34324720.31949149X-RAY DIFFRACTION90
3.2-3.260.34835140.30289071X-RAY DIFFRACTION90
3.26-3.320.32454570.29059365X-RAY DIFFRACTION91
3.32-3.380.3035110.27789113X-RAY DIFFRACTION91
3.38-3.450.30055040.26879307X-RAY DIFFRACTION91
3.45-3.520.28995270.26379180X-RAY DIFFRACTION91
3.52-3.610.27574900.25799283X-RAY DIFFRACTION91
3.61-3.70.30444710.2579306X-RAY DIFFRACTION91
3.7-3.790.28534710.24519311X-RAY DIFFRACTION92
3.79-3.910.27025090.23989281X-RAY DIFFRACTION92
3.91-4.030.26734960.23429448X-RAY DIFFRACTION92
4.03-4.170.25735280.22249252X-RAY DIFFRACTION92
4.17-4.340.26255160.22059399X-RAY DIFFRACTION92
4.34-4.530.21424520.20499399X-RAY DIFFRACTION93
4.53-4.770.24734580.20599512X-RAY DIFFRACTION93
4.77-5.060.23755190.21289492X-RAY DIFFRACTION93
5.06-5.450.26364950.22689542X-RAY DIFFRACTION94
5.45-5.980.2785260.23329505X-RAY DIFFRACTION94
5.98-6.820.26375650.2229505X-RAY DIFFRACTION94
6.82-8.480.21674650.18929691X-RAY DIFFRACTION95
8.48-19.960.18845050.17249769X-RAY DIFFRACTION96

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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