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- PDB-8hkh: Crystal structure of the LC/A1-DARPin18 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hkh
タイトルCrystal structure of the LC/A1-DARPin18 complex
要素
  • BoNT/A
  • Designed ankyrin repeat protein 18
キーワードTOXIN / Botulinum Neurotoxin / DARPin / Catalytic Domain
機能・相同性
機能・相同性情報


bontoxilysin / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / proteolysis / extracellular region / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding / Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Wu, Y. / Leka, O. / Kammerer, R.
資金援助 スイス, 2件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation31003A_163449 スイス
Swiss National Science Foundation31003A_170028 スイス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: A DARPin promotes faster onset of botulinum neurotoxin A1 action.
著者: Leka, O. / Wu, Y. / Zanetti, G. / Furler, S. / Reinberg, T. / Marinho, J. / Schaefer, J.V. / Pluckthun, A. / Li, X. / Pirazzini, M. / Kammerer, R.A.
履歴
登録2022年11月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月1日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BoNT/A
B: BoNT/A
C: Designed ankyrin repeat protein 18
D: Designed ankyrin repeat protein 18
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,7186
ポリマ－132,5874
非ポリマー1312
水46826
1
A: BoNT/A
C: Designed ankyrin repeat protein 18
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,3593
ポリマ－66,2942
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: BoNT/A
D: Designed ankyrin repeat protein 18
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,3593
ポリマ－66,2942
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.560, 59.630, 102.180
Angle α, β, γ (deg.)74.980, 89.900, 73.150
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
12chain C
22chain D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERTHRTHRchain AAA1 - 42016 - 435
21SERSERTHRTHRchain BBB1 - 42016 - 435
12HISHISLEULEUchain CCC7 - 1407 - 140
22HISHISLEULEUchain DDD7 - 1407 - 140

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 BoNT/A


分子量: 49952.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
遺伝子: a / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7B8V4
#2: タンパク質 Designed ankyrin repeat protein 18 / DARPin18


分子量: 16341.303 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5 28 % w/v Jeffamine ED-2003

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→49.19 Å / Num. obs: 39460 / % possible obs: 93.4 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 47.03 Å2 / CC1/2: 0.976 / Net I/σ(I): 4.49
反射 シェル解像度: 2.55→2.62 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.17 / Num. unique obs: 2962 / CC1/2: 0.452 / % possible all: 94.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→49.188 Å / SU ML: 0.53 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 36.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3061 1659 5 %
Rwork0.2617 31514 -
obs0.2639 33173 93.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 111.21 Å2 / Biso mean: 52.3634 Å2 / Biso min: 18.52 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→49.188 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8840 0 2 26 8868
Biso mean--42.38 31.97 -
残基数----1108
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4046X-RAY DIFFRACTION7.141TORSIONAL
12B4046X-RAY DIFFRACTION7.141TORSIONAL
21C1216X-RAY DIFFRACTION7.141TORSIONAL
22D1216X-RAY DIFFRACTION7.141TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.7-2.77950.41291400.3296267095
2.7795-2.86920.43811410.3313266295
2.8692-2.97170.38171420.3243270094
2.9717-3.09070.37871380.3349261893
3.0907-3.23130.37651370.352261293
3.2313-3.40160.45021360.3433257191
3.4016-3.61470.35351280.3088243787
3.6147-3.89370.32161330.2668252889
3.8937-4.28530.27121450.2147273997
4.2853-4.90490.21131420.2048271396
4.9049-6.17780.25691390.2249265294
6.1778-49.1880.22781380.2096261293

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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