PDB-8hkd: Crystal structure of P450BSbeta-L78G/Q85F/F173S/G290I variant in ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8hkd

タイトル

Crystal structure of P450BSbeta-L78G/Q85F/F173S/G290I variant in complex with palmitoleic acid

要素

Fatty-acid peroxygenase

キーワード

HYDROLASE / P450 hydroxylase

機能・相同性

機能・相同性情報

fatty-acid peroxygenase / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

He, C. / Wang, X. / Li, F.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Synth / 年: 2023
タイトル: Biocatalytic enantioselective gamma-C-H lactonization of aliphatic carboxylic acids
著者: Ma, Q. / Shan, X. / Chu, X. / Xu, H. / Chen, Z. / Li, F. / Liao, J. / He, C. / Bai, W. / Wang, X.

履歴

登録	2022年11月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年11月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8hkd.cif.gz	351.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8hkd.ent.gz	287 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8hkd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8hkd_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8hkd_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	8hkd_validation.xml.gz	34.7 KB	表示
CIF形式データ	8hkd_validation.cif.gz	49.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hk/8hkd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hk/8hkd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Fatty-acid peroxygenase

B: Fatty-acid peroxygenase

ヘテロ分子

101 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Fatty-acid peroxygenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
50.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Fatty-acid peroxygenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	126.843, 126.843, 146.543
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	150
Space group name H-M	P321

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-506- PEG
2	1	B-787- HOH
3	1	B-856- HOH

#1: タンパク質	Fatty-acid peroxygenase / Cytochrome P450 152A1 / Cytochrome P450BsBeta / Fatty acid beta-hydroxylase 分子量: 49212.145 Da / 分子数: 2 / 変異: L78G, Q85F, F173S, G290I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: cypC, CYP152A1, BSU02100 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O31440, fatty-acid peroxygenase
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-PAM / PALMITOLEIC ACID / パルミトレイン酸分子量: 254.408 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₀O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 345 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.63 %
結晶化	温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Sodium HEPES pH 7.3, 28 % PEG 300

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5406 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5406 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→13.21 Å / Num. obs: 56832 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.9 % / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.133 / R_pim(I) all: 0.055 / R_rim(I) all: 0.144 / Χ²: 0.95 / Net I/σ(I): 13.1 / Num. measured all: 391198
反射シェル	解像度: 2.35→2.42 Å / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 1.201 / Num. measured all: 22593 / Num. unique obs: 4631 / CC_1/2: 0.516 / R_pim(I) all: 0.603 / R_rim(I) all: 1.348 / Χ²: 0.96 / Net I/σ(I) obs: 1.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.35→13.21 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.34 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2274	2919	5.14 %
R_work	0.1911	-	-
obs	0.193	56806	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→13.21 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6594	0	164	345	7103

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	6927
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.892	9344
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.334	2595
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	955
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1201

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.35-2.39	0.3337	123	0.2889	2544	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.43	0.3368	167	0.2791	2495	X-RAY DIFFRACTION	100
2.43-2.47	0.3109	137	0.2754	2545	X-RAY DIFFRACTION	100
2.47-2.52	0.2878	145	0.2554	2525	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.57	0.3053	156	0.2562	2533	X-RAY DIFFRACTION	100
2.57-2.63	0.2769	139	0.246	2547	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-2.69	0.2864	112	0.2433	2576	X-RAY DIFFRACTION	100
2.69-2.75	0.3035	139	0.2353	2552	X-RAY DIFFRACTION	100
2.75-2.83	0.2514	119	0.2218	2551	X-RAY DIFFRACTION	100
2.83-2.91	0.2426	137	0.2231	2565	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-3	0.2226	153	0.222	2540	X-RAY DIFFRACTION	100
3-3.11	0.2462	112	0.2151	2588	X-RAY DIFFRACTION	100
3.11-3.23	0.251	128	0.2051	2562	X-RAY DIFFRACTION	100
3.23-3.38	0.2565	133	0.1975	2553	X-RAY DIFFRACTION	100
3.38-3.55	0.2422	130	0.1881	2595	X-RAY DIFFRACTION	100
3.55-3.77	0.2052	134	0.1687	2570	X-RAY DIFFRACTION	100
3.77-4.05	0.1839	153	0.1589	2571	X-RAY DIFFRACTION	100
4.05-4.45	0.1782	153	0.146	2563	X-RAY DIFFRACTION	100
4.45-5.06	0.2051	149	0.1449	2592	X-RAY DIFFRACTION	100
5.06-6.25	0.2095	145	0.1707	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
6.26-13.21	0.1729	155	0.153	2683	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1033	-0.4223	0.2594	1.3931	-0.6332	1.564	0.0715	-0.5475	-0.3407	0.0679	-0.0143	0.1625	0.4156	-0.2171	-0.0481	0.7274	-0.1087	0.1011	0.7074	0.1633	0.3454	-17.8094	48.8111	51.7796
2	2.0256	-0.3836	-0.3852	1.624	0.3462	1.1379	-0.0885	-0.074	-0.3573	0.2207	-0.07	0.3441	0.1594	-0.1431	0.0885	0.1937	-0.0174	0.0599	0.1916	-0.0139	0.3867	8.4764	44.427	11.4078

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'A' and resid 13 through 416)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'B' and resid 11 through 416)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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