[English] 日本語
Yorodumi- PDB-8hkb: TPA bound-form of Periplasmic terephthalate binding protein (TBP)... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8hkb | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | TPA bound-form of Periplasmic terephthalate binding protein (TBP) from Ideonella sakaiensis mutant K184D | ||||||
Components | Periplasmic terephthalate binding protein (TBP) | ||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / Periplasmic protein / Terephthalate binding protein / transportation protein / Ideonella sakaiensis | ||||||
Function / homology | Bordetella uptake gene / Bordetella uptake gene, domain 1 / Tripartite tricarboxylate transporter family receptor / terephthalic acid / Putative exported protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Ideonella sakaiensis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.4 Å | ||||||
Authors | Lee, S.H. / Seo, H. / Kim, K.-J. | ||||||
Funding support | Korea, Republic Of, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Int.J.Biol.Macromol. / Year: 2023 Title: Molecular mechanism underlying high-affinity terephthalate binding and conformational change of TBP from Ideonella sakaiensis. Authors: Lee, S.H. / Seo, H. / Hong, H. / Kim, M. / Kim, K.J. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8hkb.cif.gz | 79.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb8hkb.ent.gz | 55.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8hkb.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8hkb_validation.pdf.gz | 444.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 8hkb_full_validation.pdf.gz | 447.3 KB | Display | |
Data in XML | 8hkb_validation.xml.gz | 16.1 KB | Display | |
Data in CIF | 8hkb_validation.cif.gz | 24.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hk/8hkb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hk/8hkb | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8hk9C 8hkaC C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 32704.191 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: K184D Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Ideonella sakaiensis (bacteria) / Strain: NBRC 110686 / TISTR 2288 / 201-F6 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A0K8P8D2 |
---|---|
#2: Chemical | ChemComp-UB7 / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.93 Å3/Da / Density % sol: 36.18 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 25 % PEG3350 and 0.2 M Ammonium citrate pH 7.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PAL/PLS / Beamline: 7A (6B, 6C1) / Wavelength: 0.97934 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Mar 7, 2021 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97934 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.4→50 Å / Num. obs: 48172 / % possible obs: 99 % / Redundancy: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Χ2: 0.069 / Net I/σ(I): 15.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.4→28.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 0.881 / SU ML: 0.036 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.059 / ESU R Free: 0.061 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 13.329 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 1.4→28.12 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
|