PDB-8hk9: Apo-form of Periplasmic terephthalate binding protein (TBP) from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8hk9

タイトル

Apo-form of Periplasmic terephthalate binding protein (TBP) from Ideonella sakaiensis

要素

Periplasmic terephthalate binding protein (TBP)

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Periplasmic protein / Terephthalate binding protein / transportation protein / Ideonella sakaiensis

機能・相同性

Bordetella uptake gene / Bordetella uptake gene, domain 1 / Tripartite tricarboxylate transporter family receptor / Putative exported protein

機能・相同性情報

生物種

Ideonella sakaiensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Lee, S.H. / Seo, H. / Kim, K.-J.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2023
タイトル: Molecular mechanism underlying high-affinity terephthalate binding and conformational change of TBP from Ideonella sakaiensis.
著者: Lee, S.H. / Seo, H. / Hong, H. / Kim, M. / Kim, K.J.

履歴

登録	2022年11月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年6月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.2	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8hk9.cif.gz	130 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8hk9.ent.gz	98.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8hk9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8hk9_validation.pdf.gz	453.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8hk9_full_validation.pdf.gz	459.2 KB	表示
XML形式データ	8hk9_validation.xml.gz	26.2 KB	表示
CIF形式データ	8hk9_validation.cif.gz	37.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hk/8hk9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hk/8hk9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8hkaC 8hkbC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

D: Periplasmic terephthalate binding protein (TBP)

A: Periplasmic terephthalate binding protein (TBP)

ヘテロ分子

65.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

D: Periplasmic terephthalate binding protein (TBP)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Size-exclusive liquid chromatography
32.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Periplasmic terephthalate binding protein (TBP)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	131.883, 131.883, 75.577
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	79
Space group name H-M	I4

#1: タンパク質	Periplasmic terephthalate binding protein (TBP) 分子量: 32617.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Ideonella sakaiensis (バクテリア) 株: NBRC 110686 / TISTR 2288 / 201-F6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0K8P8D2
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 349 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.17 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20 % PEG3350 and 0.2 M Magnesium nitrate hexahydrate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: PAL/PLS

/ ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97934 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2020年11月13日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97934 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→50 Å / Num. obs: 43351 / % possible obs: 90.4 % / 冗長度: 1.8 % / R_merge(I) obs: 0.062 / Χ²: 0.051 / Net I/σ(I): 14.5

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2-2.03	1.6	0.259	3635	1.483	1	83.8
2.03-2.07	1.7	0.231	3696	1.607	1	85.5
2.07-2.11	1.7	0.207	3687	1.708	1	86
2.11-2.15	1.7	0.194	3787	1.78	1	87.5
2.15-2.2	1.7	0.163	3838	1.858	1	88.2
2.2-2.25	1.7	0.158	3753	2.018	1	87.6
2.25-2.31	1.7	0.145	3884	2.14	1	88.3
2.31-2.37	1.7	0.133	3790	2.145	1	88.3
2.37-2.44	1.7	0.116	3833	2.336	1	88.9
2.44-2.52	1.7	0.114	3905	2.431	1	89.4
2.52-2.61	1.8	0.102	3869	2.676	1	90.4
2.61-2.71	1.8	0.093	3933	2.796	1	90.8
2.71-2.84	1.8	0.09	3918	3.188	1	91.3
2.84-2.99	1.8	0.081	4022	3.644	1	92.4
2.99-3.17	1.8	0.072	4056	3.907	1	93.5
3.17-3.42	1.9	0.071	4091	4.492	1	94.9
3.42-3.76	1.9	0.062	4162	5.359	1	95.8
3.76-4.31	1.9	0.058	4107	5.213	1	95.8
4.31-5.43	1.9	0.059	4190	4.729	1	96.2
5.43-50	1.8	0.04	4027	3.447	1	93.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
REFMAC	8	精密化
HKL-2000		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→32.99 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 4.638 / SU ML: 0.126 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.171 / ESU R Free: 0.165 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23749	2220	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18099	-	-	-
obs	0.18399	41131	98.27 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.164 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.14 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.14 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2→32.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4392	0	0	349	4741

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	4494
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	4187
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.412	1.646	6135
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.439	1.552	9755
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.785	5	581
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.681	5	27
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.216	10	669
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.064	0.2	695
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	5152
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	848
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.945	3.505	2327
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.938	3.505	2327
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.042	5.245	2907
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.042	5.245	2908
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.482	3.898	2167
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.481	3.899	2168
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.235	5.662	3229
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.822	44.498	4911
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.761	43.655	4843
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.048 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.305	157	-
R_work	0.244	2970	-
obs	-	-	96.13 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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