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万見
- PDB-8hjz: Crystal structure of a cupin protein (tm1459, H52A/H58Q mutant) i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hjz
タイトルCrystal structure of a cupin protein (tm1459, H52A/H58Q mutant) in copper (Cu) substituted form
要素Cupin_2 domain-containing protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Artificial metalloenzymes / Non-heme copper enzyme / Cupin
機能・相同性Cupin 2, conserved barrel / Cupin domain / RmlC-like cupin domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold / metal ion binding / COPPER (II) ION / Cupin type-2 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.22 Å
データ登録者Matsumoto, R. / Kurisu, G. / Fujieda, N.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)18H04270 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21H01954 日本
引用
ジャーナル: Chem Sci / 年: 2023
タイトル: An artificial metallolyase with pliable 2-His-1-carboxylate facial triad for stereoselective Michael addition.
著者: Matsumoto, R. / Yoshioka, S. / Yuasa, M. / Morita, Y. / Kurisu, G. / Fujieda, N.
#1: ジャーナル: Chem Sci / 年: 2023
タイトル: An artificial metallolyase with pliable 2-His-1-carboxylate facial triad for stereoselective Michael addition.
著者: Matsumoto, R. / Yoshioka, S. / Yuasa, M. / Morita, Y. / Kurisu, G. / Fujieda, N.
履歴
登録2022年11月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cupin_2 domain-containing protein
B: Cupin_2 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9555
ポリマ－26,7652
非ポリマー1913
水3,729207
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4240 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area10460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.100, 57.780, 74.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cupin_2 domain-containing protein


分子量: 13382.281 Da / 分子数: 2 / 変異: H52A/H58Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)
遺伝子: TM_1459 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X1H0
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 25% w/v Jeffamine ED-2001, 0.1M MES pH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.22→99 Å / Num. obs: 127123 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.41 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 1.22→1.29 Å / 冗長度: 3.13 % / Rmerge(I) obs: 0.596 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 19670 / CC1/2: 0.718 / % possible all: 94.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELXL2017/01精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6L2E

6l2e


解像度: 1.22→99 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY ?
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1878 6341 5 %RANDOM
Rwork0.15 ---
obs-127123 98.8 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.22→99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1921 0 3 207 2131
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.0112
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.0269
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.4031
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.0785
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.6998
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.0344
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.0568
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.1622
LS精密化 シェル解像度: 1.22→1.27 Å / Rfactor Rwork: 0.247

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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