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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8hjz | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of a cupin protein (tm1459, H52A/H58Q mutant) in copper (Cu) substituted form | |||||||||
![]() | Cupin_2 domain-containing protein | |||||||||
![]() | METAL BINDING PROTEIN / Artificial metalloenzymes / Non-heme copper enzyme / Cupin | |||||||||
機能・相同性 | Cupin 2, conserved barrel / Cupin domain / RmlC-like cupin domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold / metal ion binding / COPPER (II) ION / Cupin type-2 domain-containing protein![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Matsumoto, R. / Kurisu, G. / Fujieda, N. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: An artificial metallolyase with pliable 2-His-1-carboxylate facial triad for stereoselective Michael addition. 著者: Matsumoto, R. / Yoshioka, S. / Yuasa, M. / Morita, Y. / Kurisu, G. / Fujieda, N. #1: ![]() タイトル: An artificial metallolyase with pliable 2-His-1-carboxylate facial triad for stereoselective Michael addition. 著者: Matsumoto, R. / Yoshioka, S. / Yuasa, M. / Morita, Y. / Kurisu, G. / Fujieda, N. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 155.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 126.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 432.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 433 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8hjxC ![]() 8hjyC ![]() 6l2eS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13382.281 Da / 分子数: 2 / 変異: H52A/H58Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: TM_1459 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.52 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 25% w/v Jeffamine ED-2001, 0.1M MES pH 6.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.22→99 Å / Num. obs: 127123 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.41 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 10.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.22→1.29 Å / 冗長度: 3.13 % / Rmerge(I) obs: 0.596 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 19670 / CC1/2: 0.718 / % possible all: 94.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6L2E 解像度: 1.22→99 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER 詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY ?
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.22→99 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.22→1.27 Å / Rfactor Rwork: 0.247 |