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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8hjx | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of a cupin protein (tm1459, H52A/H58E mutant) in copper (Cu) substituted form | |||||||||
要素 | Cupin_2 domain-containing protein | |||||||||
キーワード | METAL BINDING PROTEIN / Artificial metalloenzymes / Non-heme copper enzyme / Cupin | |||||||||
機能・相同性 | Cupin 2, conserved barrel / Cupin domain / RmlC-like cupin domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold / metal ion binding / COPPER (II) ION / Cupin type-2 domain-containing protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.15 Å | |||||||||
データ登録者 | Matsumoto, R. / Kurisu, G. / Fujieda, N. | |||||||||
資金援助 | 日本, 2件
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引用 | ジャーナル: Chem Sci / 年: 2023 タイトル: An artificial metallolyase with pliable 2-His-1-carboxylate facial triad for stereoselective Michael addition. 著者: Matsumoto, R. / Yoshioka, S. / Yuasa, M. / Morita, Y. / Kurisu, G. / Fujieda, N. #1: ジャーナル: Chem Sci / 年: 2023 タイトル: An artificial metallolyase with pliable 2-His-1-carboxylate facial triad for stereoselective Michael addition. 著者: Matsumoto, R. / Yoshioka, S. / Yuasa, M. / Morita, Y. / Kurisu, G. / Fujieda, N. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8hjx.cif.gz | 159.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8hjx.ent.gz | 129.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8hjx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8hjx_validation.pdf.gz | 430.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8hjx_full_validation.pdf.gz | 431.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8hjx_validation.xml.gz | 14 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8hjx_validation.cif.gz | 20.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hj/8hjx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hj/8hjx | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8hjyC 8hjzC 6l2eS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13383.267 Da / 分子数: 2 / 変異: H52A/H58E / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア) 遺伝子: TM_1459 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X1H0 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.31 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 25% w/v Jeffamine ED-2001, 0.1M MES pH6.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.15→99 Å / Num. obs: 151672 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.41 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 11.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.15→1.22 Å / 冗長度: 3.39 % / Rmerge(I) obs: 0.585 / Mean I/σ(I) obs: 2.13 / Num. unique obs: 24551 / CC1/2: 0.726 / % possible all: 99.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6L2E 解像度: 1.15→99 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER 詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY ?
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.15→99 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.15→1.19 Å / Rfactor Rwork: 0.243 |