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万見
- PDB-8hjd: Solution structure of cysteine-rich peptide Bidentatide (Achyrant... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hjd
タイトルSolution structure of cysteine-rich peptide Bidentatide (Achyranthes bidentata peptide) with glycation
要素Gly-bidentatide
キーワードPLANT PROTEIN / Cysteine rich peptides
機能・相同性beta-D-fructopyranose
機能・相同性情報
生物種Achyranthes bidentata (イノコズチ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Feng, Y. / He, M. / Zhang, X.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Fitoterapia / 年: 2022
タイトル: Discovery of a cysteine-rich peptide with glycation modification from Achyranthes bidentata Blume.
著者: He, M. / Feng, Y. / Wang, Y. / Cheng, M. / Zhang, X. / Zhang, L.
履歴
登録2022年11月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gly-bidentatide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,6062
ポリマ－3,4261
非ポリマー1801
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area160 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area2420 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Gly-bidentatide


分子量: 3425.995 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Achyranthes bidentata (イノコズチ)
#2: 糖 ChemComp-BDF / beta-D-fructopyranose / beta-D-fructose / D-fructose / fructose / β-D-フルクトピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DFrupbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-fructopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-FrupIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FruSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H NOESY
121isotropic12D 1H-1H TOCSY
131isotropic12D DQF-COSY
141isotropic12D 1H-13C HSQC
151isotropic12D 1H-15N HSQC
161isotropic12D 1H-13C HSQC-TOCSY
172isotropic12D 1H-1H NOESY
182isotropic12D 1H-1H TOCSY
192isotropic12D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution14 mg/mL Gly-bidentatide, 10 % v/v [U-2H] D2O, 60 % v/v H2O, 30 % v/v [U-2H] acetonitrile, 0.01 % w/v DSS, 60% H2O/10% D2O/30% ACNsample160% H2O/10% D2O/30% ACN
solution24 mg/mL Gly-bidentatide, 70 % v/v [U-2H] D2O, 30 % v/v [U-2H] acetonitrile, 0.01 % w/v DSS, 70% D2O/30% ACNsample270% D2O/30% ACN
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
4 mg/mLGly-bidentatidenatural abundance1
10 % v/vD2O[U-2H]1
60 % v/vH2Onatural abundance1
30 % v/vacetonitrile[U-2H]1
0.01 % w/vDSSnatural abundance1
4 mg/mLGly-bidentatidenatural abundance2
70 % v/vD2O[U-2H]2
30 % v/vacetonitrile[U-2H]2
0.01 % w/vDSSnatural abundance2
試料状態イオン強度: 0 mM / Label: condition1 / pH: 7 Not defined / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRViewJohnson, One Moon Scientificpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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