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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8hjd | ||||||
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タイトル | Solution structure of cysteine-rich peptide Bidentatide (Achyranthes bidentata peptide) with glycation | ||||||
要素 | Gly-bidentatide | ||||||
キーワード | PLANT PROTEIN / Cysteine rich peptides | ||||||
機能・相同性 | beta-D-fructopyranose 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Achyranthes bidentata (イノコズチ) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
データ登録者 | Feng, Y. / He, M. / Zhang, X. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Fitoterapia / 年: 2022 タイトル: Discovery of a cysteine-rich peptide with glycation modification from Achyranthes bidentata Blume. 著者: He, M. / Feng, Y. / Wang, Y. / Cheng, M. / Zhang, X. / Zhang, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8hjd.cif.gz | 186.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8hjd.ent.gz | 156.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8hjd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8hjd_validation.pdf.gz | 441.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8hjd_full_validation.pdf.gz | 490.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8hjd_validation.xml.gz | 12.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8hjd_validation.cif.gz | 20.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hj/8hjd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hj/8hjd | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8hjcC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3425.995 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Achyranthes bidentata (イノコズチ) |
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#2: 糖 | ChemComp-BDF / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 |
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 0 mM / Label: condition1 / pH: 7 Not defined / 圧: 1 atm / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 600 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | |||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | |||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |