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万見
- PDB-8hiu: Crystal structure of O-carbamoyltransferase VtdB and the compound... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hiu
タイトルCrystal structure of O-carbamoyltransferase VtdB and the compound VtdB with carbamoyladenylate from Streptomyces sp. NO1W98
要素Carbamoyltransferase
キーワードTRANSFERASE / carboxyl- or carbamoyltransferase activity / catalytic activity / transferase activity / ligase activity / magnesium ion binding / metal ion binding
機能・相同性Carbamoyltransferase / Carbamoyltransferase, C-terminal / Carbamoyltransferase, C-terminal domain superfamily / Carbamoyltransferase N-terminus / Carbamoyltransferase C-terminus / biosynthetic process / ATPase, nucleotide binding domain / transferase activity / Carbamoyltransferase
機能・相同性情報
生物種Streptomyces (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.99 Å
データ登録者Rao, D. / Teng, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31700650 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of O-carbamoyltransferase VtdB and the compound VtdB with carbamoyladenylate from Streptomyces sp. NO1W98
著者: Rao, D. / Teng, Y.
履歴
登録2022年11月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbamoyltransferase
B: Carbamoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,7724
ポリマ－131,7232
非ポリマー492
水2,342130
1
A: Carbamoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,8862
ポリマ－65,8621
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Carbamoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,8862
ポリマ－65,8621
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.804, 216.678, 70.573
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.389, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Carbamoyltransferase


分子量: 65861.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Streptomyces (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7U3NFH8
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.37 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6 / 詳細: 30% w/v PEG 2000, 0.1 M MES pH 6.6

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 18-ID / 波長: 0.988 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.988 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 247145 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.9 % / Rpim(I) all: 0.045 / Net I/σ(I): 13.67
反射 シェル解像度: 3→3.05 Å / Num. unique obs: 35766 / Rpim(I) all: 0.164 / Rsym value: 0.406

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AlphaFold 2

解像度: 2.99→31.049 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.917 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.861 / SU B: 0.005 / SU ML: 0 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.344 / ESU R Free: 0.44 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2736 1830 5.129 %
Rwork0.2137 33848 -
all0.217 --
obs-35678 99.084 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 50.448 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.718 Å20 Å21.187 Å2
2---2.991 Å20 Å2
3----3.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.99→31.049 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9284 0 2 130 9416
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.99-3.0670.3921150.2912396X-RAY DIFFRACTION94.1507
3.067-3.1510.351240.2892411X-RAY DIFFRACTION99.4898
3.151-3.2430.3711250.2782435X-RAY DIFFRACTION99.5334
3.243-3.3420.3831160.272290X-RAY DIFFRACTION99.6273
3.342-3.4520.3061270.252234X-RAY DIFFRACTION99.6203
3.452-3.5730.3411120.2522161X-RAY DIFFRACTION99.2143
3.573-3.7080.2981210.2292104X-RAY DIFFRACTION99.6864
3.708-3.8590.2741340.2141961X-RAY DIFFRACTION99.8094
3.859-4.030.251180.1931925X-RAY DIFFRACTION99.7559
4.03-4.2270.217970.1861854X-RAY DIFFRACTION99.6425
4.227-4.4550.252870.1871777X-RAY DIFFRACTION99.7859
4.455-4.7250.274800.1751673X-RAY DIFFRACTION99.6023
4.725-5.050.224810.1711586X-RAY DIFFRACTION99.8204
5.05-5.4540.251690.1841467X-RAY DIFFRACTION99.5463
5.454-5.9730.239790.1951324X-RAY DIFFRACTION99.6449
5.973-6.6750.243920.2131186X-RAY DIFFRACTION99.7658
6.675-7.7030.279570.2041073X-RAY DIFFRACTION99.9116
7.703-9.4220.143430.168932X-RAY DIFFRACTION99.4898

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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