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万見
- PDB-8hik: The TPP-bound BRIL-SLC19A1/Fab/Nb ternary complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hik
タイトルThe TPP-bound BRIL-SLC19A1/Fab/Nb ternary complex
要素
  • Anti-BRIL Fab heavy chain
  • Anti-BRIL Fab light chain
  • Anti-Fab nanobody
  • BRIL-SLC19A1 chimera
キーワードTRANSPORT PROTEIN / SLC19A1 / RFC / transporter / folates / 5-MTHF / TPP
機能・相同性
機能・相同性情報


folic acid transmembrane transporter activity / folate:monoatomic anion antiporter activity / methotrexate transport / methotrexate transmembrane transporter activity / folic acid transport / folate transmembrane transport / folate import across plasma membrane / positive regulation of cGAS/STING signaling pathway / cyclic-GMP-AMP transmembrane transporter activity / cyclic-GMP-AMP transmembrane import across plasma membrane ...folic acid transmembrane transporter activity / folate:monoatomic anion antiporter activity / methotrexate transport / methotrexate transmembrane transporter activity / folic acid transport / folate transmembrane transport / folate import across plasma membrane / positive regulation of cGAS/STING signaling pathway / cyclic-GMP-AMP transmembrane transporter activity / cyclic-GMP-AMP transmembrane import across plasma membrane / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / organic anion transport / organic anion transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transport / Metabolism of folate and pterines / antiporter activity / folic acid binding / folic acid metabolic process / xenobiotic transmembrane transporter activity / transport across blood-brain barrier / female pregnancy / brush border membrane / electron transport chain / basolateral plasma membrane / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / apical plasma membrane / heme binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Reduced folate transporter SLC19A1 / Reduced folate carrier / Reduced folate carrier / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / MFS transporter superfamily / Cytochrome c/b562
類似検索 - ドメイン・相同性
THIAMINE DIPHOSPHATE / Soluble cytochrome b562 / Reduced folate transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
Lama glama (ラマ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.72 Å
データ登録者Zhang, Z. / Dang, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171201 中国
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2022
タイトル: Molecular mechanism of substrate recognition by folate transporter SLC19A1.
著者: Yu Dang / Dong Zhou / Xiaojuan Du / Hongtu Zhao / Chia-Hsueh Lee / Jing Yang / Yijie Wang / Changdong Qin / Zhenxi Guo / Zhe Zhang /
要旨: Folate (vitamin B) is the coenzyme involved in one-carbon transfer biochemical reactions essential for cell survival and proliferation, with its inadequacy causing developmental defects or severe ...Folate (vitamin B) is the coenzyme involved in one-carbon transfer biochemical reactions essential for cell survival and proliferation, with its inadequacy causing developmental defects or severe diseases. Notably, mammalian cells lack the ability to de novo synthesize folate but instead rely on its intake from extracellular sources via specific transporters or receptors, among which SLC19A1 is the ubiquitously expressed one in tissues. However, the mechanism of substrate recognition by SLC19A1 remains unclear. Here we report the cryo-EM structures of human SLC19A1 and its complex with 5-methyltetrahydrofolate at 3.5-3.6 Å resolution and elucidate the critical residues for substrate recognition. In particular, we reveal that two variant residues among SLC19 subfamily members designate the specificity for folate. Moreover, we identify intracellular thiamine pyrophosphate as the favorite coupled substrate for folate transport by SLC19A1. Together, this work establishes the molecular basis of substrate recognition by this central folate transporter.
履歴
登録2022年11月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BRIL-SLC19A1 chimera
H: Anti-BRIL Fab heavy chain
N: Anti-Fab nanobody
L: Anti-BRIL Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,5445
ポリマ－145,1194
非ポリマー4251
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 BRIL-SLC19A1 chimera


分子量: 75110.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: cybC, SLC19A1, FLOT1, RFC1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0ABE7, UniProt: P41440
#2: 抗体 Anti-BRIL Fab heavy chain


分子量: 27759.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Anti-Fab nanobody


分子量: 16673.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
#4: 抗体 Anti-BRIL Fab light chain


分子量: 25575.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#5: 化合物 ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / 3-[(4-アミノ-2-メチル-5-ピリミジニル)メチル]-4-メチル-5-[2-(ホスホノオキシホスフィナトオキシ)(以下略)


分子量: 425.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19N4O7P2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: The TPP-bound BRIL-SLC19A1/Fab/Nb ternary complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
7UCSF ChimeraXモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
11cryoSPARC最終オイラー角割当
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.72 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 229158 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0038445
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.77611494
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d8.5174948
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0471296
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0061437

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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