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万見
- PDB-8hif: One asymmetric unit of Singapore grouper iridovirus capsid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hif
タイトルOne asymmetric unit of Singapore grouper iridovirus capsid
要素
  • Major capsid protein
  • Penton protein (VP14)
  • VP137
  • VP139
  • VP38
  • VP59
  • VP88
キーワードVIRAL PROTEIN / Singapore grouper iridovirus / capsid proteins
機能・相同性
機能・相同性情報


viral capsid / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF5850 / Family of unknown function (DUF5850) / Virion membrane protein, poxvirus L1-related / Lipid membrane protein of large eukaryotic DNA viruses / Major capsid protein, N-terminal / Major capsid protein N-terminus / Major capsid protein, C-terminal / Major capsid protein, C-terminal domain superfamily / Large eukaryotic DNA virus major capsid protein / Group II dsDNA virus coat/capsid protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Myristylated membrane protein / Major capsid protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Singapore grouper iridovirus (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Zhao, Z.N. / Liu, C.C. / Zhu, D.J. / Qi, J.X. / Zhang, X.Z. / Gao, G.F.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Chinese Academy of Sciences 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Near-atomic architecture of Singapore grouper iridovirus and implications for giant virus assembly.
著者: Zhennan Zhao / Youhua Huang / Congcong Liu / Dongjie Zhu / Shuaixin Gao / Sheng Liu / Ruchao Peng / Ya Zhang / Xiaohong Huang / Jianxun Qi / Catherine C L Wong / Xinzheng Zhang / Peiyi Wang / ...著者: Zhennan Zhao / Youhua Huang / Congcong Liu / Dongjie Zhu / Shuaixin Gao / Sheng Liu / Ruchao Peng / Ya Zhang / Xiaohong Huang / Jianxun Qi / Catherine C L Wong / Xinzheng Zhang / Peiyi Wang / Qiwei Qin / George F Gao /
要旨: Singapore grouper iridovirus (SGIV), one of the nucleocytoviricota viruses (NCVs), is a highly pathogenic iridovirid. SGIV infection results in massive economic losses to the aquaculture industry and ...Singapore grouper iridovirus (SGIV), one of the nucleocytoviricota viruses (NCVs), is a highly pathogenic iridovirid. SGIV infection results in massive economic losses to the aquaculture industry and significantly threatens global biodiversity. In recent years, high morbidity and mortality in aquatic animals have been caused by iridovirid infections worldwide. Effective control and prevention strategies are urgently needed. Here, we present a near-atomic architecture of the SGIV capsid and identify eight types of capsid proteins. The viral inner membrane-integrated anchor protein colocalizes with the endoplasmic reticulum (ER), supporting the hypothesis that the biogenesis of the inner membrane is associated with the ER. Additionally, immunofluorescence assays indicate minor capsid proteins (mCPs) could form various building blocks with major capsid proteins (MCPs) before the formation of a viral factory (VF). These results expand our understanding of the capsid assembly of NCVs and provide more targets for vaccine and drug design to fight iridovirid infections.
履歴
登録2022年11月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A1: Major capsid protein
A2: Major capsid protein
A3: Major capsid protein
B1: Major capsid protein
B2: Major capsid protein
B3: Major capsid protein
C1: Major capsid protein
C2: Major capsid protein
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s1: VP38
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y3: Penton protein (VP14)
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c2: Major capsid protein
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q1: Major capsid protein
q2: Major capsid protein
q3: Major capsid protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,703,736144
ポリマ－6,703,736144
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 7種, 144分子 A1A2A3B1B2B3C1C2C3D1D2D3E1E2E3F1F2F3G1G2G3H1H2H3I1I2I3J1J3K1...

#1: タンパク質 ...
Major capsid protein / VP72


分子量: 50573.141 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Singapore grouper iridovirus (ウイルス)
参照: UniProt: Q5YFJ3
#2: タンパク質
VP38


分子量: 19070.715 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Singapore grouper iridovirus (ウイルス)
参照: UniProt: Q5YFM7
#3: タンパク質 VP137


分子量: 49777.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Singapore grouper iridovirus (ウイルス)
参照: UniProt: Q5YFC8
#4: タンパク質 VP88


分子量: 54052.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Singapore grouper iridovirus (ウイルス)
参照: UniProt: Q5YFH7
#5: タンパク質 VP59


分子量: 16343.806 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Singapore grouper iridovirus (ウイルス)
参照: UniProt: Q5YFK6
#6: タンパク質 VP139


分子量: 11354.337 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Singapore grouper iridovirus (ウイルス)
参照: UniProt: Q5YFC6
#7: タンパク質 Penton protein (VP14)


分子量: 15872.862 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Singapore grouper iridovirus (ウイルス)
参照: UniProt: Q5YFQ1

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Singapore grouper iridovirus / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Singapore grouper iridovirus (ウイルス)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1300 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 37161 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 82.32 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0022461453
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5082630210
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04271938
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.003282093
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.8189163367

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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