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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8hib | ||||||||||||||||||
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タイトル | The crystal structure of Pygo2-LDB1-SSBP2 triple complex | ||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / Protein binding (タンパク質) / Complex | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 histone acetyltransferase regulator activity / Expression and translocation of olfactory receptors / regulation of kinase activity / cellular component assembly / negative regulation of erythrocyte differentiation / spermatid nucleus differentiation / regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / positive regulation of hemoglobin biosynthetic process / cerebellar Purkinje cell differentiation / epithelial structure maintenance ...histone acetyltransferase regulator activity / Expression and translocation of olfactory receptors / regulation of kinase activity / cellular component assembly / negative regulation of erythrocyte differentiation / spermatid nucleus differentiation / regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / positive regulation of hemoglobin biosynthetic process / cerebellar Purkinje cell differentiation / epithelial structure maintenance / beta-catenin-TCF complex / transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / LIM domain binding / mammary gland development / gastrulation with mouth forming second / Cardiogenesis / lens development in camera-type eye / anterior/posterior axis specification / regulation of focal adhesion assembly / roof of mouth development / cell leading edge / somatic stem cell population maintenance / positive regulation of cell adhesion / developmental growth / hair follicle development / canonical Wnt signaling pathway / regulation of cell migration / kidney development / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / brain development / neuron differentiation / Wntシグナル経路 / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / : / nervous system development / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / single-stranded DNA binding / histone binding / DNA-binding transcription factor binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / transcription by RNA polymerase II / transcription coactivator activity / 細胞接着 / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / クロマチン / regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / 核質 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Wang, H.Y. / Yan, X.X. / Xu, W.Q. | ||||||||||||||||||
資金援助 | 中国, 5件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: The crystal structure of Pygo2-LDB1-SSBP2 triple complex 著者: Wang, H.Y. / Yan, X.X. / Xu, W.Q. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8hib.cif.gz | 182.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8hib.ent.gz | 145.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8hib.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hi/8hib ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hi/8hib | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6tydS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27294.443 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LDB1, CLIM2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q86U70 | ||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 10863.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SSBP2, SSDP2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P81877 #3: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 2966.210 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: mutant 58Y was generated for monitoring UV280 to know where proteins are during purification 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PYGO2, PP7910 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BRQ0 #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.84 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 100 mM Li2SO4, 100 mM sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 1% v/v PEG400, and 10 mM DTT |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.45→20 Å / Num. obs: 30828 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.7 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 44.86 |
反射 シェル | 解像度: 2.45→2.52 Å / Num. unique obs: 2491 / CC1/2: 0.614 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6TYD 解像度: 2.45→19.92 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.93 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.45→19.92 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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