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万見
- PDB-8hi1: Streptococcus thermophilus Cas1-Cas2- prespacer ternary complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hi1
タイトルStreptococcus thermophilus Cas1-Cas2- prespacer ternary complex
要素
  • CRISPR-associated endonuclease Cas1
  • DNA (26-MER)
  • DNA (31-MER)
  • Type I-E CRISPR-associated endoribonuclease Cas2
キーワードIMMUNE SYSTEM / CRISPR / cas / adaptation
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Streptococcus thermophilus DGCC 7710 (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
Phage #D (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.09 Å
データ登録者Chen, Q. / Luo, Y.
資金援助 中国, 8件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32270761 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31741027 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81672722 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2022YFC2303700 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2021YFA301900 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32222040 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32070049 中国
Other government2022M712272 中国
引用ジャーナル: Innovation (Camb) / 年: 2023
タイトル: DnaQ mediates directional spacer acquisition in the CRISPR-Cas system by a time-dependent mechanism.
著者: Dongmei Tang / Tingting Jia / Yongbo Luo / Biqin Mou / Jie Cheng / Shiqian Qi / Shaohua Yao / Zhaoming Su / Yamei Yu / Qiang Chen /
要旨: In the spacer acquisition stage of CRISPR-Cas immunity, spacer orientation and protospacer adjacent motif (PAM) removal are two prerequisites for functional spacer integration. Cas4 has been ...In the spacer acquisition stage of CRISPR-Cas immunity, spacer orientation and protospacer adjacent motif (PAM) removal are two prerequisites for functional spacer integration. Cas4 has been implicated in both processing the prespacer and determining the spacer orientation. In Cas4-lacking systems, host 3'-5' DnaQ family exonucleases were recently reported to play a Cas4-like role. However, the molecular details of DnaQ functions remain elusive. Here, we characterized the spacer acquisition of the adaptation module of the type I-E system, in which a DnaQ domain naturally fuses with Cas2. We presented X-ray crystal structures and cryo-electron microscopy structures of this adaptation module. Our biochemical data showed that DnaQ trimmed PAM-containing and PAM-deficient overhangs with different efficiencies. Based on these results, we proposed a time-dependent model for DnaQ-mediated spacer acquisition to elucidate PAM removal and spacer orientation determination in Cas4-lacking CRISPR-Cas systems.
履歴
登録2022年11月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRISPR-associated endonuclease Cas1
B: CRISPR-associated endonuclease Cas1
C: CRISPR-associated endonuclease Cas1
D: CRISPR-associated endonuclease Cas1
E: Type I-E CRISPR-associated endoribonuclease Cas2
F: Type I-E CRISPR-associated endoribonuclease Cas2
G: DNA (26-MER)
H: DNA (31-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,5308
ポリマ－193,5308
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
CRISPR-associated endonuclease Cas1


分子量: 35549.570 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: WP_024704118.1
由来: (組換発現) Streptococcus thermophilus DGCC 7710 (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
遺伝子: cas1e, cas1, DXC09_04770 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: タンパク質 Type I-E CRISPR-associated endoribonuclease Cas2


分子量: 13940.860 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: WP_024704117.1
由来: (組換発現) Streptococcus thermophilus DGCC 7710 (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
遺伝子: cas2e, DXC09_04765 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#3: DNA鎖 DNA (26-MER)


分子量: 11741.589 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Phage #D (ファージ)
#4: DNA鎖 DNA (31-MER)


分子量: 11708.511 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Phage #D (ファージ)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Streptococcus thermophilus Cas1-Cas2- prespacer ternary complex
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Streptococcus thermophilus DGCC 7710 (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 0.741 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: FEI TITAN
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2465 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1213 nm
撮影電子線照射量: 49 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
画像スキャン動画フレーム数/画像: 5

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.15.2_3472: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.09 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 188628 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00421306
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.71938378
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d16.6298394
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0431751
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0032942

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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