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万見
- PDB-8hhg: The bacterial divisome protein complex FtsB-FtsL-FtsQ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hhg
タイトルThe bacterial divisome protein complex FtsB-FtsL-FtsQ
要素
  • Cell division protein FtsB
  • Cell division protein FtsL
  • Cell division protein FtsQ
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Bacterial cell division / divisome / FtsB / FtsL / FtsQ / FtsBLQ / FtsQLB / membrane protein complex / heterotrimer
機能・相同性
機能・相同性情報


cell septum assembly / cell septum / FtsZ-dependent cytokinesis / cell division site / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cell division protein FtsL / Cell division protein FtsL / Septum formation initiator FtsL/DivIC / Cell division protein FtsB / Septum formation initiator / Cell division protein FtsQ, C-terminal / Cell division protein FtsQ / Cell division protein FtsQ/DivIB, C-terminal / POTRA domain, FtsQ-type / Cell division protein FtsQ/DivIB, C-terminal ...Cell division protein FtsL / Cell division protein FtsL / Septum formation initiator FtsL/DivIC / Cell division protein FtsB / Septum formation initiator / Cell division protein FtsQ, C-terminal / Cell division protein FtsQ / Cell division protein FtsQ/DivIB, C-terminal / POTRA domain, FtsQ-type / Cell division protein FtsQ/DivIB, C-terminal / POTRA domain, FtsQ-type / POTRA domain / POTRA domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell division protein FtsL / Cell division protein FtsQ / Cell division protein FtsB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Nguyen, V.H.T. / Chen, X.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
Academia Sinica (Taiwan) 台湾
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structure of the heterotrimeric membrane protein complex FtsB-FtsL-FtsQ of the bacterial divisome.
著者: Nguyen, H.T.V. / Chen, X. / Parada, C. / Luo, A.C. / Shih, O. / Jeng, U.S. / Huang, C.Y. / Shih, Y.L. / Ma, C.
履歴
登録2022年11月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene ..._entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.22023年11月29日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
Q: Cell division protein FtsQ
B: Cell division protein FtsB
L: Cell division protein FtsL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,5703
ポリマ－58,5703
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis, two bands of a potential hexamer and trimer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7090 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area24930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.090, 53.850, 177.418
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.930, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121

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要素

#1: タンパク質 Cell division protein FtsQ


分子量: 31467.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: ftsQ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: J7Q602
#2: タンパク質 Cell division protein FtsB


分子量: 13455.919 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: ftsB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1JQN6
#3: タンパク質 Cell division protein FtsL


分子量: 13646.827 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: ftsL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D6II44

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1M Tris pH 8.0, 20-35% PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2020年8月28日
放射モノクロメーター: liquid-nitrogen-cooling Si double-crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→88.5 Å / Num. obs: 17628 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.4 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 6.9 / Num. measured all: 131166 / Scaling rejects: 354
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Net I/σ(I) obs% possible all
3.1-3.317.51.2322376731610.8171.6100
8.77-88.56.50.06852828070.99616.296.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
iMOSFLMデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8HHF

8hhf


解像度: 3.1→34.452 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.4 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2858 843 4.8 %
Rwork0.2428 16703 -
obs0.2448 17546 99.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 216.55 Å2 / Biso mean: 109.3532 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.1→34.452 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3281 0 0 0 3281
残基数----409
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.1-3.29410.40831060.34512771100
3.2941-3.54820.36111240.28582788100
3.5482-3.90480.2831620.2472735100
3.9048-4.46880.2791710.21872757100
4.4688-5.62630.30791350.23022812100
5.6263-34.4520.2461450.2305284098
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -17.8763 Å / Origin y: -4.0685 Å / Origin z: -15.8832 Å
111213212223313233
T0.5503 Å20.0365 Å2-0.0269 Å2-0.6224 Å20.0952 Å2--0.593 Å2
L0.7939 °20.5257 °2-0.3662 °2-1.1221 °2-0.3337 °2--1.4782 °2
S-0.1307 Å °-0.2195 Å °0.0248 Å °0.0132 Å °-0.0778 Å °-0.0463 Å °-0.2562 Å °0.3953 Å °0.1965 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allQ22 - 260
2X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 89
3X-RAY DIFFRACTION1allL39 - 119

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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