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万見
- PDB-8hhe: Crystal structure of Cry5B from Bacillus thuringiensis at 4.5 A r... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hhe
タイトルCrystal structure of Cry5B from Bacillus thuringiensis at 4.5 A resolution
要素Crystaline entomocidal protoxin
キーワードTOXIN / Bacillus thuringiensis / Cry protein / nematicidal protein
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated killing of host cell / sporulation resulting in formation of a cellular spore / toxin activity
類似検索 - 分子機能
Pesticidal crystal protein Cry, domain V / Insecticidal delta-endotoxin CryIA(c) domain 5 / Pesticidal crystal protein, C-terminal / delta endotoxin / Pesticidal crystal protein / Pesticidal crystal protein, N-terminal / Pesticidal crystal protein, N-terminal domain superfamily / delta endotoxin, N-terminal domain / Galactose-binding-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Crystaline entomocidal protoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus thuringiensis YBT-1518 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Li, J. / Chan, M.K.
資金援助 香港, 1件
組織認可番号国
The University Grants Committee, Research Grants Council (RGC)GRF 14176017 香港
引用ジャーナル: Toxins / 年: 2022
タイトル: Insights from the Structure of an Active Form of Bacillus thuringiensis Cry5B.
著者: Li, J. / Wang, L. / Kotaka, M. / Lee, M.M. / Chan, M.K.
履歴
登録2022年11月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Crystaline entomocidal protoxin
B: Crystaline entomocidal protoxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,2222
ポリマ－181,2222
非ポリマー00
水00
1
A: Crystaline entomocidal protoxin

A: Crystaline entomocidal protoxin

A: Crystaline entomocidal protoxin

A: Crystaline entomocidal protoxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)362,4434
ポリマ－362,4434
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,-y,z1
crystal symmetry operation3_455-y-1/2,x+1/2,z1
crystal symmetry operation4_445y-1/2,-x-1/2,z1
2
B: Crystaline entomocidal protoxin

B: Crystaline entomocidal protoxin

B: Crystaline entomocidal protoxin

B: Crystaline entomocidal protoxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)362,4434
ポリマ－362,4434
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,-y,z1
crystal symmetry operation3_455-y-1/2,x+1/2,z1
crystal symmetry operation4_445y-1/2,-x-1/2,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)114.401, 114.401, 263.350
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21(chain B and (resid 27 through 82 or resid 88 through 698))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERGLNGLNchain AAA27 - 69863 - 734
21SERSERPHEPHE(chain B and (resid 27 through 82 or resid 88 through 698))BB27 - 8263 - 118
22ALAALAGLNGLN(chain B and (resid 27 through 82 or resid 88 through 698))BB88 - 698124 - 734

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要素

#1: タンパク質 Crystaline entomocidal protoxin


分子量: 90610.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus thuringiensis YBT-1518 (バクテリア)
遺伝子: YBT1518_04070 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B7SB31
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.26 %
結晶化温度: 305 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 2500 mM NaCl, 100 mM sodium cacodylate pH 6.5, and 200 mM Li2SO4
Temp details: 291K for two weeks then 305K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 0.99984 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.5→20 Å / Num. obs: 10954 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.274 / Net I/σ(I): 2.2
反射 シェル解像度: 4.5→4.74 Å / Rmerge(I) obs: 0.559 / Num. unique obs: 1560

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18_3861精密化
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4D8M

4d8m


解像度: 4.5→19.99 Å / SU ML: 0.59 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 30.94 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2885 590 5.44 %
Rwork0.2376 10246 -
obs0.2405 10836 99.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 197 Å2 / Biso mean: 107.0833 Å2 / Biso min: 55.57 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 4.5→19.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10254 0 0 0 10254
残基数----1293
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3858X-RAY DIFFRACTION3.158TORSIONAL
12B3858X-RAY DIFFRACTION3.158TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
4.5-4.950.3081590.243124742633100
4.95-5.650.30771430.254125172660100
5.65-7.060.32321480.271525602708100
7.07-19.990.24591400.20912695283599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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