PDB-8hh0: Peroxiredoxin from Thermococcus kodakaraensis (TkPrx) F42C/C46S/C...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8hh0

タイトル

Peroxiredoxin from Thermococcus kodakaraensis (TkPrx) F42C/C46S/C205S/C211S mutant modified with 2-(bromoacetyl)naphthalene (Naph@TkPrx*F42C)

要素

Peroxiredoxin

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Peroxiredoxin

機能・相同性

機能・相同性情報

thioredoxin-dependent peroxiredoxin activity / thioredoxin-dependent peroxiredoxin / cell redox homeostasis / peroxidase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermococcus kodakarensis KOD1 (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Himiyama, T. / Hamaguchi, T. / Yonekura, K. / Nakamura, T.

資金援助

日本, 4件

組織	認可番号	国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	20K15403	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	20K05740	日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)	jp22ama121006	日本
Japan Science and Technology	JPMJMI20G5	日本

引用

ジャーナル: Bioconjug Chem / 年: 2023
タイトル: Unnaturally Distorted Hexagonal Protein Ring Alternatingly Reorganized from Two Distinct Chemically Modified Proteins.
著者: Tomoki Himiyama / Tasuku Hamaguchi / Koji Yonekura / Tsutomu Nakamura /

要旨: In this study, we constructed a semiartificial protein assembly of alternating ring type, which was modified from the natural assembly state via incorporation of a synthetic component at the protein ...

履歴

登録	2022年11月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年3月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8hh0.cif.gz	101.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8hh0.ent.gz	74.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8hh0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hh/8hh0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hh/8hh0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	34859C 8hlaC 6iu0S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Peroxiredoxin

B: Peroxiredoxin

ヘテロ分子

49.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Peroxiredoxin

B: Peroxiredoxin

ヘテロ分子

A: Peroxiredoxin

B: Peroxiredoxin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
99 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.090, 61.090, 236.919
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Peroxiredoxin / Thioredoxin peroxidase / Thioredoxin-dependent peroxiredoxin 分子量: 24585.143 Da / 分子数: 2 / 変異: F42C,C46S,C205S,C211S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis KOD1 (古細菌) 遺伝子: TK0537 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q5JF30, thioredoxin-dependent peroxiredoxin
#2: 化合物	ChemComp-FL3 / 1-naphthalen-2-ylethanone / 2-アセチルナフタレン分子量: 170.207 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₀O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.28 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M ammonium acetate 0.1 M sodium acetate (pH 4.6) 30% w/v polyethylene glycol 4,000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→48.367 Å / Num. obs: 19657 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6 % / CC_1/2: 0.985 / R_merge(I) obs: 0.166 / Net I/σ(I): 6.4
反射シェル	解像度: 2.35→2.43 Å / R_merge(I) obs: 0.603 / Num. unique obs: 1863 / CC_1/2: 0.816

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6IU0

6iu0

解像度: 2.35→48.367 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 9.275 / SU ML: 0.209 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.429 / ESU R Free: 0.263 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2529	1021	5.201 %
R_work	0.2049	18610	-
all	0.207	-	-
obs	-	19631	99.797 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 52.349 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.195 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.195 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.39 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→48.367 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3436	0	26	46	3508

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	3556
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3386
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.548	1.638	4828
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.227	1.583	7834
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.268	5	426
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.362	23.218	174
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.004	15	614
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.767	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	452
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3924
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	776
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.194	0.2	727
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.186	0.2	3203
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	1712
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	1680
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.163	0.2	96
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.096	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.256	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.194	0.2	70
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.738	5.269	1710
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.73	5.269	1709
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.038	7.904	2134
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.038	7.904	2135
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.326	5.722	1846
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.325	5.724	1847
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.408	8.398	2694
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.406	8.4	2695
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.678	61.014	3977
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.668	61.006	3976

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.35-2.411	0.334	63	0.302	1326	X-RAY DIFFRACTION	100
2.411-2.477	0.378	84	0.29	1307	X-RAY DIFFRACTION	100
2.477-2.549	0.363	68	0.268	1290	X-RAY DIFFRACTION	100
2.549-2.627	0.282	48	0.239	1248	X-RAY DIFFRACTION	99.7691
2.627-2.713	0.287	60	0.235	1185	X-RAY DIFFRACTION	99.9197
2.713-2.808	0.324	70	0.238	1171	X-RAY DIFFRACTION	100
2.808-2.914	0.279	78	0.22	1128	X-RAY DIFFRACTION	100
2.914-3.032	0.31	60	0.229	1075	X-RAY DIFFRACTION	99.912
3.032-3.167	0.362	65	0.231	1040	X-RAY DIFFRACTION	99.9096
3.167-3.321	0.253	64	0.231	993	X-RAY DIFFRACTION	99.9055
3.321-3.5	0.309	56	0.227	961	X-RAY DIFFRACTION	99.9018
3.5-3.711	0.256	54	0.221	906	X-RAY DIFFRACTION	99.7921
3.711-3.967	0.239	50	0.199	851	X-RAY DIFFRACTION	99.4481
3.967-4.283	0.189	34	0.171	821	X-RAY DIFFRACTION	99.3031
4.283-4.689	0.116	34	0.149	765	X-RAY DIFFRACTION	99.7503
4.689-5.238	0.26	41	0.175	682	X-RAY DIFFRACTION	99.8619
5.238-6.041	0.266	29	0.191	615	X-RAY DIFFRACTION	99.6904
6.041-7.379	0.158	24	0.151	540	X-RAY DIFFRACTION	99.4709
7.379-10.356	0.132	25	0.126	431	X-RAY DIFFRACTION	99.1304
10.356-48.367	0.19	14	0.188	275	X-RAY DIFFRACTION	97.6351

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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