PDB-8hgw: Crystal structure of MehpH in complex with MBP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8hgw

タイトル

Crystal structure of MehpH in complex with MBP

要素

Monoalkyl phthalate hydrolase

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

: / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold / hydrolase activity / membrane / 1-BUTANOL / PHTHALIC ACID / Monoethylhexylphthalate hydrolase

機能・相同性情報

生物種

Gordonia sp. P8219 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.80001173333 Å

データ登録者

Zhang, Z.M. / Wang, Y.J. / Chen, Y.B.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Commun Chem / 年: 2023
タイトル: Molecular insights into the catalytic mechanism of plasticizer degradation by a monoalkyl phthalate hydrolase.
著者: Chen, Y. / Wang, Y. / Xu, Y. / Sun, J. / Yang, L. / Feng, C. / Wang, J. / Zhou, Y. / Zhang, Z.M. / Wang, Y.

履歴

登録	2022年11月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年3月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity_src_gen / struct_ncs_dom_lim Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8hgw.cif.gz	520.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8hgw.ent.gz	358.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8hgw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hg/8hgw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hg/8hgw	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8hgvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Monoalkyl phthalate hydrolase

B: Monoalkyl phthalate hydrolase

C: Monoalkyl phthalate hydrolase

D: Monoalkyl phthalate hydrolase

ヘテロ分子

127 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Monoalkyl phthalate hydrolase

D: Monoalkyl phthalate hydrolase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
63.4 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Monoalkyl phthalate hydrolase

ヘテロ分子

C: Monoalkyl phthalate hydrolase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
63.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.95, 48.95, 306.325
Angle α, β, γ (deg.)	90.0, 93.7297, 90.0
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121
Space group name Hall	C2y(x,y,-x+z)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #4: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PHE	PHE	PRO	PRO	chain 'A'	A	A	24 - 174	2 - 152
1	2	SER	SER	LEU	LEU	chain 'A'	A	A	177 - 311	155 - 289
2	1	PHE	PHE	PRO	PRO	chain 'B'	B	B	24 - 174	2 - 152
2	2	SER	SER	LEU	LEU	chain 'B'	B	B	177 - 311	155 - 289
3	1	PHE	PHE	PRO	PRO	chain 'C'	C	C	24 - 174	2 - 152
3	2	SER	SER	LEU	LEU	chain 'C'	C	C	177 - 311	155 - 289
4	1	PHE	PHE	PRO	PRO	chain 'D'	D	D	24 - 174	2 - 152
4	2	SER	SER	LEU	LEU	chain 'D'	D	D	177 - 311	155 - 289

#1: タンパク質	Monoalkyl phthalate hydrolase 分子量: 31498.416 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gordonia sp. P8219 (バクテリア) / 遺伝子: mehpH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2MHH5
#2: 化合物	ChemComp-1BO / 1-BUTANOL / BUTAN-1-OL / ブタノ-ル分子量: 74.122 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PHT / PHTHALIC ACID / フタル酸分子量: 166.131 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₆O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.16 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 100 mM Bis-Tris, pH 6.2, 22% (w/v) PEG 3350 and 250 mM MgCl2.6H2O

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CAMD / ビームライン: GCPCC / 波長: 0.97914 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2022年10月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97914 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→46.38 Å / Num. obs: 32749 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.4 % / B_iso Wilson estimate: 43.9043707499 Å² / CC_1/2: 0.95 / Net I/σ(I): 8.2
反射シェル	解像度: 2.8→2.97 Å / Num. unique obs: 28590 / CC_1/2: 0.826

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692+SVN	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: AlphaFold2

解像度: 2.80001173333→44.1224888313 Å / SU ML: 0.422159411572 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34755448172 / 位相誤差: 28.8454925669

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.259565441725	1445	5.05421476041 %
R_work	0.227606451094	27145	-
obs	0.229228396146	28590	99.769681742 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.4561602992 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.80001173333→44.1224888313 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8669	0	5	0	8674

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0048370390908	8891
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.998287418456	12133
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0397638236996	1358
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00814684519168	1587
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.7329598335	3058

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.801-2.9001	0.411173155639	139	0.345849991093	2702	X-RAY DIFFRACTION	99.8594024605
2.9001-3.0162	0.355268831654	145	0.31304393607	2671	X-RAY DIFFRACTION	99.7520368402
3.0162-3.1534	0.324473966627	138	0.291481629221	2685	X-RAY DIFFRACTION	99.8938428875
3.1534-3.3196	0.323417513114	128	0.271680258569	2706	X-RAY DIFFRACTION	99.7536078845
3.3196-3.5275	0.297123764703	143	0.254869116632	2718	X-RAY DIFFRACTION	99.8603839442
3.5275-3.7997	0.255579617301	148	0.221755156965	2692	X-RAY DIFFRACTION	99.8944776644
3.7997-4.1818	0.228588188261	144	0.213455543556	2696	X-RAY DIFFRACTION	99.9648011264
4.1818-4.7863	0.214891389548	137	0.181024435601	2750	X-RAY DIFFRACTION	99.7581202488
4.7863-6.0278	0.216054050519	153	0.207522729836	2724	X-RAY DIFFRACTION	99.8265093685
6.0278-10	0.220390817851	170	0.180398370375	2801	X-RAY DIFFRACTION	99.1655540721

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.40352841906	-0.0879662863234	-0.497117390182	1.33511360928	0.539381898589	2.70934464783	0.0215271438826	-0.558696184254	0.0410804535885	0.290996942761	-0.0934024826995	-0.0973868352644	0.217175022672	0.4164408968	0.0678268686081	0.295614922834	-0.114606253452	-0.0625269399671	0.645724151793	0.0757966965209	0.311705373929	2.78581318115	1.94859614017	-45.6246318574
2	6.14174369494	-0.0873012023214	-0.151775104852	2.62351720109	-0.172423563313	4.59516195498	-0.0652111069601	0.64808108437	0.818897258028	0.143895697783	0.0751198482934	-0.771020603701	-0.0500428667702	0.519993130619	-0.0726237566031	0.300079279717	-0.0949866390432	-0.060069701045	0.536511040075	0.0214360487131	0.397444620514	7.19379892633	2.35840453828	-67.7861636043
3	3.05810842069	-1.07224849932	0.163328565763	0.439069969495	-0.0766732245699	2.06811087583	0.0381360427706	0.16402093104	-0.0901161863079	0.0473005098596	-0.116398118298	-0.048267261756	-0.0482012914737	0.222246088086	0.0873523147953	0.245358800407	-0.120152057419	0.00180272196473	0.315725994111	0.002674721766	0.310471194037	-3.57654465665	-0.23097094463	-54.0148953677
4	1.48023592161	0.107731892139	0.136287704679	1.30206186777	0.595437323169	1.7401047633	-0.000352943712168	-0.0513846005458	0.0162017412203	-0.0723357911444	0.0448751339836	-0.0238651750065	0.610764221674	-0.457562160109	-0.116598889808	0.471907871022	-0.322679655262	-0.0750227013024	1.24639543714	0.0486551940478	0.317281640119	13.9680753015	14.7741651882	-20.2041802295
5	1.13315192219	0.86580871107	-0.163770057245	0.679008687176	-0.0840284732479	0.153574448003	0.34188685424	0.591201299419	0.984039264902	-0.168402176631	0.36900278153	0.489837337823	-0.259639723291	-0.284970153048	-0.187076207377	0.275165184719	0.0039556880918	0.209476202061	1.81340400098	0.331264992539	0.707285170422	7.4057412459	30.9757945562	-9.18660195801
6	1.46416195227	0.647918727395	-0.779935886452	0.94757032641	0.129128312261	0.904262393192	-0.145891150057	-0.334969057377	-0.0148727599315	-0.0374220699986	0.284632789927	-0.0778553436184	0.276118083943	-0.406676648312	-0.0615026820487	0.304332490618	-0.207417149003	0.00638488814948	1.26609282284	0.0125569568428	0.35411477344	22.5789152616	19.218735798	-12.7029655039
7	3.36490581557	0.160686240104	-1.55513730455	2.49169688975	-0.945243404911	3.21482479431	0.35266333762	-0.0378371592945	0.110924933779	0.201903742973	-0.269008446566	-0.136031279179	-0.640757167752	0.0686369778447	-0.0557064985607	0.407275346419	-0.195136060941	0.0220892634286	0.780734381843	0.0355146936027	0.328323569535	-26.7494286765	-6.96145432279	-25.7493831182
8	0.332533257728	0.545739578504	0.803150512566	4.77977312385	-0.0087714697492	2.44071457382	-0.359865330776	-0.380458513604	-0.715402604441	-0.376885338737	-0.0727202797597	0.17250116223	0.313655425333	0.427716940804	0.307382654235	0.341422454469	-0.0496783224044	0.0228606936974	1.36843765647	0.273570835664	0.805292613478	-17.8050451253	-26.207241125	-20.0410465132
9	2.82240358466	0.37423555087	-0.00382594265615	1.59708071947	-1.24011890559	1.08058102179	0.0381173532849	-0.253934544142	-0.214993610403	0.195583111156	-0.230124366795	-0.132312640592	-0.12001689664	0.509829245612	0.109502550316	0.341963560953	-0.19779695363	0.0190993676919	0.987482562148	-0.0286288697472	0.361823980701	-29.2526760477	-14.6944656728	-18.0201205305
10	1.22461292747	-0.0421991705556	-0.292444681464	2.1701847576	-0.50714079083	2.90211562008	0.0313343939296	-0.0450334776228	0.458908606151	0.221771205711	0.183564549048	0.0741654308027	-0.863336398882	-0.27687914935	-0.235248688594	0.485658225657	0.0760909316004	0.046833626063	0.375670483389	-0.0325718437955	0.524030259158	-36.1764811032	26.0296882016	-59.6487040623
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12	2.86465519655	-0.259478760405	1.05893718639	1.84760654628	-0.693296425712	2.30706727081	0.041612758999	0.142900416568	0.09662406918	0.160317650705	-0.0146852255888	0.185545131248	-0.179374499652	-0.346840644828	0.0132309973311	0.272076112683	-0.0217389703902	0.00269513602817	0.34986262188	-0.0359998057495	0.287397454651	-31.5366458406	12.4626556831	-61.2733447617

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 24 through 163 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 164 through 196 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 197 through 311 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 24 through 163 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 164 through 207 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 208 through 311 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 24 through 161 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 162 through 196 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 197 through 311 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 24 through 118 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 119 through 196 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 197 through 311 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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