PDB-8hgv: Crystal structure of monoalkyl phthalate hydrolase MehpH

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8hgv

タイトル

Crystal structure of monoalkyl phthalate hydrolase MehpH

要素

Monoethylhexylphthalate hydrolase

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

: / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold / hydrolase activity / membrane / Monoethylhexylphthalate hydrolase

機能・相同性情報

生物種

Gordonia sp. P8219 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.30006253403 Å

データ登録者

Zhang, Z.M. / Wang, Y.J. / Chen, Y.B.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Commun Chem / 年: 2023
タイトル: Molecular insights into the catalytic mechanism of plasticizer degradation by a monoalkyl phthalate hydrolase.
著者: Chen, Y. / Wang, Y. / Xu, Y. / Sun, J. / Yang, L. / Feng, C. / Wang, J. / Zhou, Y. / Zhang, Z.M. / Wang, Y.

履歴

登録	2022年11月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年3月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月6日	Group: Data collection / Source and taxonomy カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity_src_gen Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8hgv.cif.gz	270.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8hgv.ent.gz	183.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8hgv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hg/8hgv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hg/8hgv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8hgwC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Monoethylhexylphthalate hydrolase

B: Monoethylhexylphthalate hydrolase

62.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Monoethylhexylphthalate hydrolase

B: Monoethylhexylphthalate hydrolase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.69, 128.12, 54.46
Angle α, β, γ (deg.)	90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Monoethylhexylphthalate hydrolase 分子量: 31368.205 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gordonia sp. P8219 (バクテリア) / 遺伝子: mehpH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2MHH5
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.15 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 100 mM Tris-HCl pH 7.2, 17% (w/v) PEG 3350 and 200 mM Calcium Acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CAMD / ビームライン: GCPCC / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→106.69 Å / Num. obs: 74613 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 21.2 Å² / CC_1/2: 0.977 / Net I/σ(I): 12.6
反射シェル	解像度: 2→2.04 Å / Num. unique obs: 71121 / CC_1/2: 0.941

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692+SVN	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.30006253403→20.7461692413 Å / SU ML: 0.283873914551 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34355668287 / 位相誤差: 24.1517237536

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.236753120746	1214	4.89338546495 %
R_work	0.196497266182	23595	-
obs	0.198440728959	24809	99.8912868417 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 60.087419704 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.30006253403→20.7461692413 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4268	0	0	73	4341

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00309343267542	4371
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.708200909511	5957
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0255172312517	669
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0032860599542	774
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.0711162803	1506

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3001-2.392	0.356108360444	137	0.289632323959	2567	X-RAY DIFFRACTION	100
2.392-2.5007	0.314036851992	137	0.271558638216	2593	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5007-2.6323	0.296418910188	129	0.265571788076	2585	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6323-2.7969	0.294829270205	139	0.252190563618	2584	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7969-3.0122	0.301077189814	136	0.248163029191	2602	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0122-3.3143	0.236987826905	129	0.222464862799	2607	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3143-3.7913	0.247963270827	129	0.190287325536	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7913-4.7671	0.220697161641	143	0.150641008895	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7671-10	0.177216252417	135	0.170553473135	2766	X-RAY DIFFRACTION	99.0778688525

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8493827065	0.784410281123	0.552965345809	3.96376959795	0.301203354768	3.7363013105	-0.0131995684498	0.0319328429805	0.0972666924527	0.0694447580357	0.0186602410033	0.0324056449469	-0.223256262982	0.06469924123	0.00987089800159	0.294537273193	0.0255342327695	0.00989175178029	0.331805245854	0.0235220237995	0.342749860054	20.6933325114	56.2087107487	59.4368513306
2	3.74350074237	-0.578066358191	-1.04800723118	4.39770471122	-0.755196823997	6.10704103587	-0.0459372057907	0.353469646821	0.114544379995	-0.43643673518	-0.0196076154973	0.0523304180004	0.503384172071	0.276922028743	0.0773880084056	0.441799059618	0.046864787759	0.0724847154922	0.419964202095	0.0666977142953	0.37949799303	25.4315093037	42.9417204108	57.1073407184
3	2.66703770937	-3.38405267274	2.6610816265	4.81533768692	-1.96824380342	7.91325081385	0.513447218279	0.396352663264	-0.687905783621	-0.481975205216	0.552539911932	1.52927864741	0.0088596518302	0.176284617196	-1.16959173796	0.58199416119	-0.0765643065125	-0.118220433799	0.650867394	0.148205850365	0.968565879838	1.89112271301	43.2444405566	55.3650198151
4	6.87895259111	-1.81547131088	-5.44111073003	3.29074703449	0.785511599753	9.73570658577	0.296200353468	0.198736934507	0.387601049029	-0.218961740773	0.134549111326	0.0915896869785	-0.573686402695	-0.459372481778	-0.347565465948	0.416256426916	-0.0634065517514	-0.0540454649683	0.415390268223	0.057895020572	0.397658210803	9.48223558541	55.9523556932	47.6181448936
5	0.316581650299	0.24031951089	-0.0968355953448	3.55784161701	-1.82587956119	3.78289760175	0.106039855889	0.0709146332988	-0.143779079802	-0.408511152738	-0.162687670416	-0.125039940383	0.356195578896	0.322462885735	0.0614198148776	0.44007219028	0.125677694302	-0.00301186318173	0.441637075197	0.0261114075108	0.375760057226	23.6584138956	36.3987708787	57.5241695149
6	6.44926830118	-0.548111957131	0.515894032704	8.58384822318	-0.98056133789	8.29607772547	0.1206429381	-0.605450155638	0.0389405251701	0.964022912193	0.00225507823079	0.520233021532	0.388029322158	-0.0171647891743	-0.106408146066	0.486711496166	-0.0469022159156	0.0227283863635	0.352226629033	0.055251745523	0.389179717081	19.9290018439	41.2505284286	73.5063181799
7	4.67379541097	-1.87717294463	0.871129306996	4.2410585317	-1.02985050003	2.96337579794	-0.0540878429656	-0.775104346903	-0.839481952138	0.456060023846	0.22747555633	0.493925056061	0.112434879854	-0.561540988898	-0.147122944314	0.40827180133	-0.0526321449541	0.00673650427848	0.60964432135	0.17457271818	0.524037896452	22.3796456758	16.5071867976	32.6181771543
8	5.70661587474	-0.500770006275	1.0101494181	3.91527545826	-0.802188672969	5.05258797253	0.214305600574	-0.344464423118	-0.314924191398	0.0651007062909	-0.356386131428	-0.157078990061	0.174455471127	0.101940309838	0.189446514425	0.496093913294	0.0262755361737	0.0132998098862	0.426118934774	0.0459566095122	0.530940195649	38.8256290829	8.874649448	26.4373878929
9	2.75537619276	-1.66071265223	0.737470051454	4.26976760593	-0.942602933817	3.36415712598	0.37941569086	0.102088971606	-0.63249759958	-0.255485007697	-0.204245561245	0.484515898933	0.484597067653	-0.122237357453	-0.136679963431	0.409863209181	-0.0199534600972	-0.0720116525258	0.33789154465	0.0393762347332	0.446942579077	20.6414216633	21.3951135192	18.2897375736

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 24 through 118 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 119 through 164 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 165 through 196 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 197 through 226 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 227 through 297 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 298 through 311 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 24 through 164 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 165 through 226 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 227 through 311 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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