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- PDB-8hgj: Toxascaris leonina galectin (Tl-gal) and Human T-cell immunoglobu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hgj
タイトルToxascaris leonina galectin (Tl-gal) and Human T-cell immunoglobulin mucin-3 (Tim3) complex
要素
  • Galectin
  • Hepatitis A virus cellular receptor 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / Tl-gal / T-cell immunoglobulin mucin-3 / Tim3 / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of tolerance induction dependent upon immune response / negative regulation of interleukin-3 production / negative regulation of granulocyte colony-stimulating factor production / negative regulation of myeloid dendritic cell activation / Interleukin-2 family signaling / negative regulation of interferon-alpha production / negative regulation of T-helper 1 type immune response / negative regulation of defense response to bacterium / toll-like receptor 7 signaling pathway / natural killer cell tolerance induction ...regulation of tolerance induction dependent upon immune response / negative regulation of interleukin-3 production / negative regulation of granulocyte colony-stimulating factor production / negative regulation of myeloid dendritic cell activation / Interleukin-2 family signaling / negative regulation of interferon-alpha production / negative regulation of T-helper 1 type immune response / negative regulation of defense response to bacterium / toll-like receptor 7 signaling pathway / natural killer cell tolerance induction / negative regulation of natural killer cell activation / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / positive regulation of defense response to bacterium / galactoside binding / negative regulation of immunological synapse formation / toll-like receptor 3 signaling pathway / negative regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / positive regulation of interleukin-1 production / toll-like receptor 9 signaling pathway / mediator complex / macrophage activation involved in immune response / positive regulation of macrophage activation / anchoring junction / negative regulation of interleukin-2 production / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / positive regulation of interleukin-4 production / negative regulation of interleukin-6 production / negative regulation of type II interferon production / negative regulation of tumor necrosis factor production / immunological synapse / maternal process involved in female pregnancy / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of chemokine production / negative regulation of T cell proliferation / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of type II interferon production / positive regulation of tumor necrosis factor production / transmembrane signaling receptor activity / cellular response to lipopolysaccharide / carbohydrate binding / adaptive immune response / early endosome / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / defense response to Gram-positive bacterium / inflammatory response / innate immune response / negative regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / cell surface / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Galectin-like / Galactoside-binding lectin / Galectin / Galectin, carbohydrate recognition domain / Galactoside-binding lectin / Galactoside-binding lectin (galectin) domain profile. / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype ...: / Galectin-like / Galactoside-binding lectin / Galectin / Galectin, carbohydrate recognition domain / Galactoside-binding lectin / Galactoside-binding lectin (galectin) domain profile. / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Galectin / Hepatitis A virus cellular receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Toxascaris leonina (ゆうえんかいちゅう)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.82 Å
データ登録者Han, C.W. / Jang, S.B.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Toxascaris leonina galectin (Tl-gal) and Human T-cell immunoglobulin mucin-3 (Tim3) complex
著者: Han, C.W. / Jang, S.B.
履歴
登録2022年11月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Galectin
B: Hepatitis A virus cellular receptor 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5772
ポリマ－43,5772
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Galectin


分子量: 31495.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Toxascaris leonina (ゆうえんかいちゅう)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1L1QJZ7
#2: タンパク質 Hepatitis A virus cellular receptor 2 / HAVcr-2 / T-cell immunoglobulin and mucin domain-containing protein 3 / TIMD-3 / T-cell ...HAVcr-2 / T-cell immunoglobulin and mucin domain-containing protein 3 / TIMD-3 / T-cell immunoglobulin mucin receptor 3 / TIM-3 / T-cell membrane protein 3


分子量: 12081.810 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HAVCR2, TIM3, TIMD3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8TDQ0
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Toxascaris leonina galectin (Tl-gal) and Human T-cell immunoglobulin mucin-3 (Tim3) complexCOMPLEXall0RECOMBINANT
2GalectinCOMPLEX#11RECOMBINANT
3Hepatitis A virus cellular receptor 2COMPLEX#21RECOMBINANT
分子量値: 0.48 MDa / 実験値: YES
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
23Homo sapiens (ヒト)9606
12Toxascaris leonina (ゆうえんかいちゅう)59264
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Escherichia coli (大腸菌)562
23Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結凍結剤: NITROGEN

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: -1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: -3000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm
撮影電子線照射量: 39.99 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
phenix.real_space_refine1.14_3260精密化
PHENIX1.14_3260精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.82 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 946426 / 対称性のタイプ: POINT
精密化立体化学のターゲット値: CDL v1.2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.01333153
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.65824271
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0672449
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0084561
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d9.72281868

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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