PDB-8hgf: Human PKM2 mutant - C326S

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8hgf

タイトル

Human PKM2 mutant - C326S

要素

Pyruvate kinase PKM

キーワード

TRANSFERASE / mutation / S-sulfhydration / ONCOPROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / positive regulation of cytoplasmic translation / histone H3T11 kinase activity / programmed cell death / canonical glycolysis / Glycolysis / positive regulation of sprouting angiogenesis / potassium ion binding / rough endoplasmic reticulum ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Chen, Y.-C. / Lin, K.-T. / Cheng, H.-C.

資金援助

台湾, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Human PKM2 mutant - C326S
著者: Chen, Y.-C. / Lin, K.-T. / Cheng, H.-C.

履歴

登録	2022年11月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年11月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8hgf.cif.gz	1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8hgf.ent.gz	912.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8hgf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8hgf_validation.pdf.gz	483.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8hgf_full_validation.pdf.gz	532.1 KB	表示
XML形式データ	8hgf_validation.xml.gz	70.3 KB	表示
CIF形式データ	8hgf_validation.cif.gz	94.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hg/8hgf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hg/8hgf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4qg6S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (14) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Pyruvate kinase PKM

B: Pyruvate kinase PKM

D: Pyruvate kinase PKM

C: Pyruvate kinase PKM

241 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pyruvate kinase PKM

D: Pyruvate kinase PKM

A: Pyruvate kinase PKM

D: Pyruvate kinase PKM

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
241 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Pyruvate kinase PKM

C: Pyruvate kinase PKM

B: Pyruvate kinase PKM

C: Pyruvate kinase PKM

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
241 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	181.514, 156.373, 121.586
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 114.20, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Pyruvate kinase PKM / Cytosolic thyroid hormone-binding protein / CTHBP / Opa-interacting protein 3 / OIP-3 / Pyruvate ...Cytosolic thyroid hormone-binding protein / CTHBP / Opa-interacting protein 3 / OIP-3 / Pyruvate kinase 2/3 / Pyruvate kinase muscle isozyme / Threonine-protein kinase PKM2 / Thyroid hormone-binding protein 1 / THBP1 / Tumor M2-PK / Tyrosine-protein kinase PKM2 / p58 分子量: 60191.234 Da / 分子数: 4 / 変異: C326S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PKM, OIP3, PK2, PK3, PKM2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P14618, pyruvate kinase, non-specific serine/threonine protein kinase, non-specific protein-tyrosine kinase

#1: タンパク質

Pyruvate kinase PKM / Cytosolic thyroid hormone-binding protein / CTHBP / Opa-interacting protein 3 / OIP-3 / Pyruvate ...

分子量: 60191.234 Da / 分子数: 4 / 変異: C326S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PKM, OIP3, PK2, PK3, PKM2 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P14618, pyruvate kinase, non-specific serine/threonine protein kinase, non-specific protein-tyrosine kinase

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.36 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.4 M ammonium phosphate monobasic, 23% polyethylene glycerol 3350, Tris pH 7.0 PH範囲: 7-8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 07A / 波長: 0.97626 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.1→29.79 Å / Num. obs: 55273 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.6 % / R_rim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 20
反射シェル	解像度: 3.1→3.21 Å / Num. unique obs: 5394 / R_rim(I) all: 0.601

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4QG6

4qg6

解像度: 3.1→29.79 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.84 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2372	2827	4 %
R_work	0.182	-	-
obs	0.1842	49956	63.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.1→29.79 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14857	0	0	0	14857

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.022	15101
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.857	20401
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.824	2094
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	2347
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.017	2654

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.1-3.15	0.3605	64	0.3106	1551	X-RAY DIFFRACTION	29
3.15-3.21	0.3449	69	0.2779	1648	X-RAY DIFFRACTION	31
3.21-3.27	0.3717	75	0.2726	1813	X-RAY DIFFRACTION	34
3.27-3.34	0.2841	82	0.284	1964	X-RAY DIFFRACTION	37
3.34-3.41	0.3623	87	0.2834	2116	X-RAY DIFFRACTION	40
3.41-3.49	0.3192	96	0.2658	2269	X-RAY DIFFRACTION	43
3.49-3.58	0.3282	102	0.2355	2503	X-RAY DIFFRACTION	47
3.58-3.67	0.3073	114	0.2229	2754	X-RAY DIFFRACTION	52
3.67-3.78	0.2645	119	0.2075	2956	X-RAY DIFFRACTION	56
3.78-3.9	0.2383	133	0.2056	3167	X-RAY DIFFRACTION	59
3.9-4.04	0.2283	139	0.1897	3382	X-RAY DIFFRACTION	64
4.04-4.21	0.2599	159	0.1736	3697	X-RAY DIFFRACTION	70
4.21-4.4	0.221	170	0.1629	3963	X-RAY DIFFRACTION	75
4.4-4.63	0.2087	181	0.1392	4341	X-RAY DIFFRACTION	81
4.63-4.92	0.1823	196	0.1405	4534	X-RAY DIFFRACTION	86
4.92-5.29	0.2124	196	0.1574	4769	X-RAY DIFFRACTION	90
5.29-5.82	0.2122	214	0.1732	5198	X-RAY DIFFRACTION	98
5.82-6.66	0.2622	214	0.197	5198	X-RAY DIFFRACTION	98
6.66-8.35	0.2209	215	0.163	5162	X-RAY DIFFRACTION	97
8.36-29.79	0.205	202	0.1624	4828	X-RAY DIFFRACTION	91

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3742	-0.236	-0.4746	1.406	-0.0389	3.0803	-0.0621	-0.2997	-0.2689	0.3862	0.055	-0.0344	0.0221	0.3367	-0.0941	0.3631	-0.131	-0.0248	0.2471	0.0486	0.292	-9.3946	1.3411	93.2084
2	6.0375	0.1331	-0.7069	2.6493	2.1967	5.5874	-0.1291	-0.6177	0.3143	0.1126	-0.5275	0.8975	-0.5479	-1.551	0.574	0.8061	0.0532	0.0086	0.9719	-0.2026	0.7171	-30.8846	23.3985	106.3934
3	4.0181	0.0591	1.18	2.7883	1.5633	5.3762	0.084	-0.3761	0.1992	0.1254	-0.0229	0.5593	-0.6819	-0.1443	0.2568	0.5097	-0.1406	-0.0089	0.2499	-0.0501	0.3978	-16.5832	12.5081	87.631
4	4.3377	-0.114	-0.578	2.2862	0.042	5.964	0.0617	-0.0683	-0.3554	-0.2418	-0.0318	0.1456	0.149	0.4783	-0.0279	0.3165	-0.0603	-0.0563	0.1986	-0.0668	0.3759	-1.7339	-2.7934	72.8275
5	0.8853	0.9013	-1.205	1.253	-0.4801	2.3942	-0.1647	0.0885	-0.0911	-0.267	0.2174	0.1213	0.2	-0.2013	-0.1328	0.4467	-0.0876	-0.129	0.7138	-0.0968	0.6053	39.4736	9.5061	23.8126
6	1.5448	-0.035	-0.4403	1.2979	-1.6808	3.4387	-0.2159	0.0542	-0.0136	-0.244	0.1393	-0.1393	-0.1704	-0.1478	-0.0224	0.5219	-0.191	-0.0702	0.2832	-0.0948	0.5633	50.4689	31.1517	7.6905
7	3.667	-0.6907	1.0151	3.2931	-1.0588	2.361	-0.0022	0.4215	0.0921	-0.5816	-0.2539	-0.2955	-0.2066	0.1494	0.1871	0.3342	-0.0463	0.0716	0.6365	0.0529	0.4613	50.2036	15.6918	26.4598
8	3.8354	1.1659	0.2593	5.9672	-2.3324	4.1775	-0.192	-0.5381	0.3115	0.6825	-0.035	-0.7788	-0.1835	0.1786	0.1451	0.3581	-0.0318	0.0593	0.7822	-0.0828	0.5348	38.6787	7.8063	49.1362
9	2.8806	-0.2219	1.3106	2.1544	0.0875	2.5105	-0.1403	-0.1061	0.4925	-0.1931	0.3466	-0.1815	-0.5018	0.77	-0.2553	0.3671	-0.0629	0.0221	0.2971	-0.0257	0.2984	1.0709	-1.129	26.6978
10	1.4634	0.8308	0.362	1.3848	2.7877	5.2105	-0.191	0.2153	-0.0475	-0.2868	0.2241	0.1663	0.1781	0.0459	0.0274	0.5063	-0.0114	-0.0165	0.1486	0.0632	0.5241	-10.6241	-18.7913	18.0882
11	3.9205	1.174	0.8177	2.8776	1.3005	6.1307	0.0651	-0.2561	-0.018	0.4915	0.0711	0.2689	-0.0596	0.2168	-0.1602	0.3598	0.0174	-0.0342	0.2527	-0.0908	0.4322	1.4127	-1.6597	46.2293
12	3.3932	0.6488	-1.4286	1.618	0.109	1.8472	0.3194	0.1299	0.7253	0.2354	-0.1569	0.0942	-0.3077	-0.6363	-0.1021	0.5121	0.0376	0.0054	0.8362	-0.108	0.489	55.234	13.4746	87.1554
13	3.345	-0.1383	-0.9623	2.9035	0.0116	2.9426	-0.1777	-0.6211	-0.4237	0.3511	0.0071	-0.3233	0.6525	0.0546	0.1341	0.5754	-0.0884	0.0231	0.7179	-0.0152	0.421	54.0937	-4.8536	91.1014
14	3.5747	-0.5984	0.1709	2.0214	-0.0588	4.2714	0.0402	-0.028	0.2261	-0.1349	0.0594	0.0133	0.0026	0.0403	-0.053	0.2571	-0.137	0.0273	0.6411	-0.0684	0.3821	43.1675	8.3718	73.5733

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 24 through 128 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 129 through 210 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 211 through 371 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 372 through 531 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 24 through 128 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 129 through 247 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 248 through 388 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 389 through 531 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'D' and (resid 24 through 108 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 109 through 371 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 372 through 531 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 24 through 67 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 68 through 370 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 371 through 531 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)