PDB-8hgb: Crystal structure of the CYP199A4 mutant F182G in complex with 3-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8hgb

タイトル

Crystal structure of the CYP199A4 mutant F182G in complex with 3-hydroxy-4-methoxybenzoic acid

要素

Cytochrome P450

キーワード

OXIDOREDUCTASE / CYP199A4 / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodopseudomonas palustris HaA2 (光合成細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.54 Å

データ登録者

Jiang, Y. / Cong, Z.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the CYP199A4 mutant F182G in complex with 3-hydroxy-4-methoxybenzoic acid
著者: Jiang, Y. / Cong, Z.

履歴

登録	2022年11月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年11月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8hgb.cif.gz	179.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8hgb.ent.gz	136.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8hgb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8hgb_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8hgb_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	8hgb_validation.xml.gz	21.2 KB	表示
CIF形式データ	8hgb_validation.cif.gz	33.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hg/8hgb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hg/8hgb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6pqdS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cytochrome P450

ヘテロ分子

46.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.551, 51.708, 78.797
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.14, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Cytochrome P450 分子量: 45756.695 Da / 分子数: 1 / 変異: F182G / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris HaA2 (光合成細菌) 株: HaA2 / 遺伝子: RPB_3613 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2IU02
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-L6X / 4-methoxy-3-oxidanyl-benzoic acid / イソバニリン酸分子量: 168.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₈O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 528 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.9 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M MgAc, 0.1 M Bis-tris 5.5, 27% PEG3350 / PH範囲: 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→78.68 Å / Num. obs: 51643 / % possible obs: 89.3 % / 冗長度: 2.8 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.048 / R_pim(I) all: 0.035 / R_rim(I) all: 0.06 / Χ²: 0.46 / Net I/σ(I): 8.9 / Num. measured all: 142907
反射シェル	解像度: 1.5→1.58 Å / % possible obs: 49.7 % / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.474 / Num. measured all: 11517 / Num. unique obs: 4173 / CC_1/2: 0.815 / R_pim(I) all: 0.339 / R_rim(I) all: 0.585 / Χ²: 0.48 / Net I/σ(I) obs: 2.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHENIX	1.18.2	位相決定
PDB_EXTRACT	4	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6PQD

6pqd

解像度: 1.54→39.34 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.95 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1774	5138	10.06 %
R_work	0.1533	-	-
obs	0.1558	51073	96.18 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.54→39.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3000	0	61	528	3589

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	3151
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.848	4307
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	22.283	1152
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	469
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	571

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.54-1.56	0.2898	184	0.2444	1524	X-RAY DIFFRACTION	100
1.56-1.58	0.2416	176	0.237	1582	X-RAY DIFFRACTION	100
1.58-1.6	0.273	184	0.2266	1574	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6-1.62	0.2677	161	0.2038	1579	X-RAY DIFFRACTION	100
1.62-1.64	0.2422	185	0.2145	1571	X-RAY DIFFRACTION	100
1.64-1.66	0.2366	176	0.2014	1602	X-RAY DIFFRACTION	99
1.66-1.68	0.2108	180	0.1962	1566	X-RAY DIFFRACTION	100
1.68-1.71	0.2093	167	0.1896	1593	X-RAY DIFFRACTION	100
1.71-1.73	0.2241	165	0.1801	1580	X-RAY DIFFRACTION	100
1.73-1.76	0.2205	191	0.1722	1557	X-RAY DIFFRACTION	100
1.76-1.79	0.2006	177	0.1751	1595	X-RAY DIFFRACTION	100
1.79-1.83	0.1848	161	0.1708	1562	X-RAY DIFFRACTION	100
1.83-1.86	0.1966	183	0.1696	1613	X-RAY DIFFRACTION	100
1.86-1.9	0.2044	169	0.1784	1533	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9-1.94	0.1981	177	0.1738	1557	X-RAY DIFFRACTION	98
1.94-1.99	0.2181	173	0.1604	1534	X-RAY DIFFRACTION	99
1.99-2.03	0.2001	176	0.1497	1596	X-RAY DIFFRACTION	100
2.04-2.09	0.1546	174	0.1425	1572	X-RAY DIFFRACTION	99
2.09-2.15	0.1779	190	0.1455	1576	X-RAY DIFFRACTION	99
2.15-2.22	0.1826	169	0.1407	1581	X-RAY DIFFRACTION	99
2.22-2.3	0.1635	105	0.1327	950	X-RAY DIFFRACTION	60
2.3-2.39	0.1659	180	0.1425	1563	X-RAY DIFFRACTION	98
2.39-2.5	0.1635	167	0.1533	1571	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5-2.63	0.1726	178	0.1451	1582	X-RAY DIFFRACTION	98
2.63-2.8	0.1553	138	0.1522	1221	X-RAY DIFFRACTION	77
2.8-3.01	0.1699	181	0.1454	1558	X-RAY DIFFRACTION	97
3.01-3.32	0.1622	167	0.1433	1541	X-RAY DIFFRACTION	96
3.32-3.8	0.1461	160	0.129	1394	X-RAY DIFFRACTION	86
3.8-4.78	0.1393	165	0.1186	1542	X-RAY DIFFRACTION	96
4.78-39.34	0.1603	179	0.1513	1566	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 5.3029 Å / Origin y: -6.3995 Å / Origin z: 19.2623 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1351 Å²	-0.0008 Å²	0.0104 Å²	-	0.0965 Å²	-0.0019 Å²	-	-	0.0923 Å²
L	0.2672 °²	-0.05 °²	-0.0538 °²	-	0.9827 °²	0.1948 °²	-	-	0.4833 °²
S	-0.0106 Å °	-0.0061 Å °	0.0055 Å °	-0.1454 Å °	0.0233 Å °	-0.0359 Å °	0.0053 Å °	0.0071 Å °	-0.0083 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)