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- PDB-8hg9: Cytochrome P450 steroid hydroxylase (BaCYP106A6) from Bacillus species -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hg9
タイトルCytochrome P450 steroid hydroxylase (BaCYP106A6) from Bacillus species
要素cytochrome P450 steroid hydroxylase
キーワードHORMONE / cytochrome P450 / steroid hydroxylase
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome P450(BM-1)
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.79 Å
データ登録者Do, H. / Lee, J.H.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
Other governmentKIMST 20200610 韓国
引用ジャーナル: J Microbiol Biotechnol. / 年: 2023
タイトル: Crystal Structure and Biochemical Analysis of a Cytochrome P450 Steroid Hydroxylase ( Ba CYP106A6) from Bacillus Species.
著者: Kim, K.H. / Do, H. / Lee, C.W. / Subedi, P. / Choi, M. / Nam, Y. / Lee, J.H. / Oh, T.J.
履歴
登録2022年11月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cytochrome P450 steroid hydroxylase
B: cytochrome P450 steroid hydroxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,6104
ポリマ－94,3772
非ポリマー1,2332
水1,04558
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3810 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area33860 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)54.634, 99.231, 94.424
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.490, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 5 through 71 or resid 86 through 176 or resid 184 through 410))
d_2ens_1chain "B"

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11VALVALTHRTHRAA5 - 715 - 71
d_12LEULEUPROPROAA86 - 17686 - 176
d_13ASPASPLYSLYSAA184 - 410184 - 410
d_21VALVALLYSLYSBB5 - 3905 - 390

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.823594358578, -0.00756553691591, -0.567128817086), (-0.00472883291139, -0.999967872924, 0.00647234567927), (-0.567159563666, -0.00264872997298, -0.82360367506) ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.823594358578, -0.00756553691591, -0.567128817086), (-0.00472883291139, -0.999967872924, 0.00647234567927), (-0.567159563666, -0.00264872997298, -0.82360367506)
ベクター: 14.0256668157, -48.083830815, 45.3488384496)

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要素

#1: タンパク質 cytochrome P450 steroid hydroxylase / Cytochrome P450(BM-1) / BaCYP106A6


分子量: 47188.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus sp. (in: Bacteria) (バクテリア)
遺伝子: HMPREF1013_04413 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: E5WPM6
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.7 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: 0.18 M Ammonium Citrate Dibasic, 22% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年11月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.79→50 Å / Num. obs: 22227 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 41.83 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 31
反射 シェル解像度: 2.8→2.94 Å / Num. unique obs: 3161 / CC1/2: 1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
Blu-Ice1.18.2_3874データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: modeling

解像度: 2.79→37.59 Å / SU ML: 0.3851 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.3598
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2692 1011 4.57 %
Rwork0.2237 21135 -
obs0.2259 22146 91.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 42.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.79→37.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6300 0 86 58 6444
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00236547
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.53398911
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0404965
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00381153
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.72672411
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.752308103054 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.79-2.940.37241220.28043161X-RAY DIFFRACTION96.02
2.94-3.120.32551500.27723276X-RAY DIFFRACTION99.91
3.12-3.360.32271590.25083275X-RAY DIFFRACTION99.83
3.36-3.70.31351140.26922456X-RAY DIFFRACTION74.49
3.7-4.230.26381160.20772608X-RAY DIFFRACTION79.09
4.23-5.330.21461900.18823219X-RAY DIFFRACTION98.67
5.33-37.590.23571600.18823140X-RAY DIFFRACTION93.78
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 15.7362270893 Å / Origin y: -23.9366767547 Å / Origin z: 19.6696944555 Å
111213212223313233
T0.223410586446 Å2-0.0104757569227 Å20.0179843559058 Å2-0.233447908238 Å2-0.0331969349709 Å2--0.173552761686 Å2
L0.274636574785 °2-0.213243907969 °20.0538768975108 °2-1.46948049397 °2-0.814712794677 °2--0.462836701181 °2
S-0.0207499178494 Å °-0.0337319343129 Å °0.00305078094062 Å °0.136987391461 Å °0.0319198283657 Å °0.0229053546591 Å °-0.0546993158341 Å °-0.0481639512346 Å °-0.0160586748493 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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