PDB-8hfw: The crystal structure of alpha/beta fold hydrolase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8hfw

タイトル

The crystal structure of alpha/beta fold hydrolase

要素

Alpha/beta fold hydrolase

キーワード

HYDROLASE / Ester synthetase / carboxylesterase / small molecule fatty acid esterase

機能・相同性

Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / :

機能・相同性情報

生物種

Burkholderia pyrrocinia (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.66 Å

データ登録者

Lu, H. / Xu, Y.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of alpha/beta fold hydrolase
著者: Lu, H. / Xu, Y.

履歴

登録	2022年11月12日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2023年5月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8hfw.cif.gz	420.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8hfw.ent.gz	261.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8hfw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8hfw_validation.pdf.gz	382.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8hfw_full_validation.pdf.gz	383.6 KB	表示
XML形式データ	8hfw_validation.xml.gz	15.7 KB	表示
CIF形式データ	8hfw_validation.cif.gz	27 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hf/8hfw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hf/8hfw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5y57S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha/beta fold hydrolase

B: Alpha/beta fold hydrolase

C: Alpha/beta fold hydrolase

97.2 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Alpha/beta fold hydrolase

B: Alpha/beta fold hydrolase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
64.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Alpha/beta fold hydrolase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
64.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	166.960, 68.410, 75.340
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.575, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Alpha/beta fold hydrolase 分子量: 32402.820 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia pyrrocinia (バクテリア) 遺伝子: EVG18_06755 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4V2WUI0
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 329 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.49 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 0.1 M Bis-Tris, pH7.2, 0.2 M Magnesium acetate, 17% PEG3350 PH範囲: 7.0-7.2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.66→57.64 Å / Num. obs: 98523 / % possible obs: 98.38 % / 冗長度: 6.37 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 19.8
反射シェル	解像度: 1.66→1.7 Å / R_merge(I) obs: 0.466 / Num. unique obs: 98523 / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.523

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5Y57

5y57

解像度: 1.66→57.638 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / WR_factor R_free: 0.239 / WR_factor R_work: 0.201 / SU B: 5.215 / SU ML: 0.078 / Average fsc free: 0.9583 / Average fsc work: 0.9733 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.101 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2287	4917	4.992 %
R_work	0.1936	93589	-
all	0.195	-	-
obs	-	98506	98.38 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.202 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.227 Å²	0 Å²	0.578 Å²
2-	-	-0.983 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.679 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.66→57.638 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5979	0	0	329	6308

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	6144
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	5350
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.478	1.643	8380
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.449	1.564	12361
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.379	5	846
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	3.461	5	31
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.84	10	701
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.472	10	225
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	920
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	7280
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1226
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.229	0.2	1407
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.191	0.2	4989
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	3084
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	3131
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.109	0.2	227
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.238	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.129	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.122	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.732	1.467	3375
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.732	1.467	3375
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.322	2.203	4206
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.322	2.203	4207
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.268	1.624	2769
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.268	1.624	2770
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.753	2.363	4169
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.753	2.363	4170
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.26	29.704	26615
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.25	29.281	26413
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	5.374	3	11494

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.66-1.703	0.288	350	0.208	6724	0.212	7427	0.951	0.975	95.2471	0.182
1.703-1.75	0.279	349	0.2	6718	0.204	7157	0.956	0.976	98.7425	0.171
1.75-1.8	0.244	403	0.169	6539	0.173	6974	0.963	0.983	99.5412	0.143
1.8-1.856	0.24	348	0.17	6373	0.173	6754	0.963	0.983	99.5114	0.143
1.856-1.917	0.34	331	0.271	6045	0.275	6606	0.91	0.939	96.5183	0.23
1.917-1.984	0.297	307	0.259	5795	0.262	6333	0.931	0.946	96.3524	0.218
1.984-2.059	0.23	297	0.178	5810	0.181	6138	0.968	0.98	99.4949	0.159
2.059-2.142	0.27	268	0.219	5531	0.221	5953	0.957	0.968	97.4131	0.195
2.142-2.238	0.218	299	0.185	5329	0.187	5660	0.971	0.979	99.4346	0.174
2.238-2.347	0.267	234	0.206	4950	0.209	5419	0.95	0.968	95.6634	0.189
2.347-2.473	0.222	239	0.172	4917	0.174	5165	0.967	0.982	99.8258	0.17
2.473-2.623	0.23	238	0.169	4654	0.172	4899	0.967	0.982	99.8571	0.173
2.623-2.804	0.216	231	0.186	4348	0.187	4609	0.97	0.978	99.3491	0.194
2.804-3.028	0.256	220	0.195	4055	0.198	4284	0.958	0.977	99.7899	0.209
3.028-3.316	0.247	197	0.202	3746	0.204	3955	0.964	0.976	99.6966	0.223
3.316-3.706	0.236	148	0.202	3385	0.203	3575	0.967	0.978	98.8252	0.226
3.706-4.276	0.186	164	0.162	2988	0.163	3200	0.98	0.984	98.5	0.195
4.276-5.23	0.17	144	0.162	2529	0.163	2693	0.984	0.985	99.2573	0.203
5.23-7.366	0.202	91	0.221	2014	0.22	2108	0.982	0.973	99.8577	0.282
7.366-57.638	0.176	59	0.224	1139	0.221	1216	0.979	0.965	98.5197	0.307

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1097	-0.1455	0.4669	1.4567	0.1449	1.0953	0.0167	-0.0145	-0.0685	0.0489	0.0304	0.0246	-0.0106	-0.0108	-0.0471	0.0037	0.0007	-0.0004	0.0445	0.003	0.0052	32.273	-0.3538	33.0472
2	1.5548	-0.3278	-0.9805	1.3685	0.2873	2.7571	0.1508	0.254	-0.079	-0.3838	-0.1009	0.0717	-0.1958	-0.0201	-0.0499	0.2118	0.038	-0.0493	0.1507	-0.0214	0.0208	26.9184	2.122	3.0456
3	1.6398	0.1201	-0.332	1.1887	-0.007	1.8353	0.0325	0.3239	0.3227	-0.2133	-0.0315	0.0505	-0.452	-0.133	-0.001	0.1858	0.0605	-0.0185	0.1817	0.0629	0.1855	-6.2193	25.7536	23.1714

精密化 TLSグループ

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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