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- PDB-8hfh: CENP-E motor domain in complex with AMPPNP and Mg2+ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hfh
タイトルCENP-E motor domain in complex with AMPPNP and Mg2+
要素Centromere-associated protein E
キーワードCELL CYCLE / kinesin / motor domain / AMPPNP / CENP-E / centromere-associated protein
機能・相同性
機能・相同性情報


lateral attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / microtubule plus-end directed mitotic chromosome migration / mitotic chromosome movement towards spindle pole / metaphase chromosome alignment / mitotic spindle midzone / kinetochore microtubule / kinetochore binding / kinetochore assembly / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / condensed chromosome, centromeric region ...lateral attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / microtubule plus-end directed mitotic chromosome migration / mitotic chromosome movement towards spindle pole / metaphase chromosome alignment / mitotic spindle midzone / kinetochore microtubule / kinetochore binding / kinetochore assembly / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / condensed chromosome, centromeric region / Kinesins / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / microtubule motor activity / mitotic metaphase chromosome alignment / intercellular bridge / microtubule-based movement / chromosome, centromeric region / positive regulation of protein kinase activity / spindle midzone / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / MHC class II antigen presentation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / mitotic spindle organization / chromosome segregation / RHO GTPases Activate Formins / mitotic spindle / kinetochore / Separation of Sister Chromatids / microtubule cytoskeleton / mitotic cell cycle / chromosome / midbody / microtubule binding / microtubule / cell division / intracellular membrane-bounded organelle / ATP binding / membrane / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Kinesin-like protein / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / IMIDAZOLE / Centromere-associated protein E
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Shibuya, A. / Yokoyama, H.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2023
タイトル: Crystal structure of the motor domain of centromere-associated protein E in complex with a non-hydrolysable ATP analogue.
著者: Shibuya, A. / Suzuki, A. / Ogo, N. / Sawada, J.I. / Asai, A. / Yokoyama, H.
履歴
登録2022年11月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Centromere-associated protein E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4687
ポリマ－39,7991
非ポリマー6696
水5,441302
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Gel filtration data suggests that CENP-E motor domain is monomeric.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)98.576, 46.215, 73.718
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-602-

NA

21A-605-

IMD

31A-710-

HOH

41A-735-

HOH

51A-976-

HOH

61A-986-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Centromere-associated protein E / Centromere protein E / CENP-E / Kinesin-7 / Kinesin-related protein CENPE


分子量: 39799.082 Da / 分子数: 1 / 変異: A300P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CENPE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q02224

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非ポリマー , 5種, 308分子

#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 302 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.81 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: MES, PEG3350, PIPES-NaOH, NaCl, MgCl2, EGTA, TCEP, sucrose, CENP-E, AMPPNP

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→73.718 Å / Num. obs: 31976 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 12.6 Å2 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.119 / Rsym value: 0.11 / Net I/av σ(I): 6.1 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
1.8-1.94.20.5011.545880.2730.5730.50199.8
1.9-2.016.60.374243630.1560.4060.374100
2.01-2.156.90.2772.640920.1130.30.277100
2.15-2.326.70.2043.538300.0840.2210.204100
2.32-2.556.50.1574.535400.0670.1710.157100
2.55-2.856.90.1225.832230.050.1320.122100
2.85-3.296.60.085828650.0360.0920.085100
3.29-4.026.40.05611.924260.0240.0610.056100
4.02-5.696.70.04813.119460.020.0520.048100
5.69-105.80.04314.311030.0190.0470.04397.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.572
最高解像度最低解像度
Rotation19.86 Å1.88 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6M4I

6m4i


解像度: 1.8→19.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 2.452 / SU ML: 0.076 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.124 / ESU R Free: 0.122 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2058 3149 9.9 %RANDOM
Rwork0.1611 ---
obs0.1654 28790 99.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 80.84 Å2 / Biso mean: 18.794 Å2 / Biso min: 3.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2--0 Å2-0 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→19.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2545 0 40 302 2887
Biso mean--17.05 29.67 -
残基数----321
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0132647
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0152532
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6831.6523575
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4441.5835820
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8215321
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.25821.972142
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.05815481
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.71520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2357
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022977
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02626
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.846 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 242 -
Rwork0.243 2079 -
all-2321 -
obs--99.66 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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