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万見
- PDB-8hfd: Crystal structure of allantoinase from E. coli BL21 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hfd
タイトルCrystal structure of allantoinase from E. coli BL21
要素Allantoinase
キーワードHYDROLASE / allantoinase / allantoin
機能・相同性
機能・相同性情報


allantoinase / allantoin catabolic process / allantoinase activity / cobalt ion binding / purine nucleobase metabolic process / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Allantoinase / : / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Allantoinase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Lin, E.S. / Huang, H.Y. / Yang, P.C. / Liu, H.W. / Huang, C.Y.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Molecules / 年: 2023
タイトル: Crystal Structure of Allantoinase from Escherichia coli BL21: A Molecular Insight into a Role of the Active Site Loops in Catalysis.
著者: Huang, Y.H. / Yang, P.C. / Lin, E.S. / Ho, Y.Y. / Peng, W.F. / Lu, H.P. / Huang, C.C. / Huang, C.Y.
履歴
登録2022年11月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Allantoinase
B: Allantoinase
C: Allantoinase
D: Allantoinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)203,40118
ポリマ－202,2414
非ポリマー1,16014
水16,682926
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9520 Å2
ΔGint-328 kcal/mol
Surface area57550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)203.158, 77.142, 144.847
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.80, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Allantoinase / Allantoin-utilizing enzyme


分子量: 50560.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: allB, BMT91_19075, E2127_17875, E2128_18450, E2132_17365, E4T14_14655, E6D34_22765, ELT21_17110
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1V3VVF3, allantoinase
#2: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 926 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.3 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 / 詳細: 20% PEG8000, 100 mM CHES, pH9.5

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→30 Å / Num. obs: 132819 / % possible obs: 99.02 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 7.39
反射 シェル解像度: 2.07→2.19 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.14 / Num. unique obs: 12965 / CC1/2: 0.855 / % possible all: 97.21

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.19.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 開始モデル: 3.0E+74 / 解像度: 2.07→29.92 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 24.38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2487 1996 1.5 %
Rwork0.2051 --
obs0.2057 132805 99.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.07→29.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13783 0 50 926 14759
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00914139
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.97719091
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.8141952
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0592107
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0092525
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.07-2.120.25831370.21849009X-RAY DIFFRACTION96
2.12-2.180.28031440.21749384X-RAY DIFFRACTION100
2.18-2.240.2711430.21279320X-RAY DIFFRACTION100
2.24-2.320.26971430.21029399X-RAY DIFFRACTION100
2.32-2.40.26671430.21089386X-RAY DIFFRACTION100
2.4-2.50.2621430.20999368X-RAY DIFFRACTION100
2.5-2.610.29591420.20649377X-RAY DIFFRACTION100
2.61-2.750.23161440.20339361X-RAY DIFFRACTION100
2.75-2.920.25461440.21059348X-RAY DIFFRACTION100
2.92-3.140.25751410.2199357X-RAY DIFFRACTION99
3.14-3.460.23131420.21079264X-RAY DIFFRACTION98
3.46-3.960.2241400.19449321X-RAY DIFFRACTION98
3.96-4.980.23491440.18269356X-RAY DIFFRACTION98
4.98-29.920.25611460.21619559X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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