PDB-8hfb: Evolved variant of quercetin 2,4-dioxygenase from Bacillus subtilis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8hfb

タイトル

Evolved variant of quercetin 2,4-dioxygenase from Bacillus subtilis

要素

Quercetin 2,3-dioxygenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / quercetinase

機能・相同性

quercetin 2,3-dioxygenase / quercetin 2,3-dioxygenase activity / Cupin 2, conserved barrel / Cupin domain / RmlC-like cupin domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold / metal ion binding / NICKEL (II) ION / Quercetin 2,3-dioxygenase

機能・相同性情報

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.24 Å

データ登録者

Eom, H. / Song, W.J.

資金援助

韓国, 2件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2023
タイトル: Underlying Role of Hydrophobic Environments in Tuning Metal Elements for Efficient Enzyme Catalysis.
著者: Eom, H. / Cao, Y. / Kim, H. / de Visser, S.P. / Song, W.J.

履歴

登録	2022年11月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年3月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年3月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8hfb.cif.gz	140.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8hfb.ent.gz	108 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8hfb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8hfb_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8hfb_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	8hfb_validation.xml.gz	24.9 KB	表示
CIF形式データ	8hfb_validation.cif.gz	34.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hf/8hfb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hf/8hfb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2h0vS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Quercetin 2,3-dioxygenase

B: Quercetin 2,3-dioxygenase

ヘテロ分子

75.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Homo 2-mer

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.299, 125.211, 119.008
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Quercetin 2,3-dioxygenase / Quercetinase / Flavonol 2 / 4-dioxygenase 分子量: 37571.469 Da / 分子数: 2 / 変異: V221L, I231V, H239C, V269A, M286F, L290V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P42106, quercetin 2,3-dioxygenase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.52 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.25 / 詳細: 18% PEG 3350, 0.1 M HEPES pH 7.25, 0.2 M CaCl2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: PAL/PLS

/ ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1.00003 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月26日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.00003 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.21→50 Å / Num. obs: 62098 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.108 / Χ²: 0.048 / Net I/σ(I): 4.7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.21-2.25	5.9	0.811	3133	0.449	1	99.3
2.25-2.29	6.1	0.724	3090	0.444	1	99.8
2.29-2.33	6.3	0.67	3107	0.458	1	99.8
2.33-2.38	6.5	0.612	3088	0.463	1	99.6
2.38-2.43	6.6	0.544	3154	0.481	1	99.7
2.43-2.49	6.7	0.471	3133	0.502	1	99.6
2.49-2.55	6.6	0.415	3079	0.521	1	99.6
2.55-2.62	6.6	0.347	3126	0.549	1	99.6
2.62-2.7	6.5	0.315	3106	0.581	1	99.3
2.7-2.78	6.4	0.252	3129	0.653	1	99.4
2.78-2.88	6.1	0.221	3107	0.727	1	99.4
2.88-3	5.6	0.188	3086	0.795	1	99.2
3-3.14	5.4	0.153	3084	0.96	1	98.4
3.14-3.3	6.2	0.13	3099	1.018	1	99.5
3.3-3.51	6.2	0.11	3074	1.102	1	98.9
3.51-3.78	6	0.091	3106	1.248	1	98.5
3.78-4.16	5.8	0.077	3068	1.355	1	98.3
4.16-4.76	5.6	0.063	3075	1.328	1	98.2
4.76-6	5.6	0.059	3104	1.13	1	99.6
6-50	7.3	0.066	3150	1.527	1	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
REFMAC	5.8.0258	精密化
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2H0V

2h0v

解像度: 2.24→47.19 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 7.427 / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.349 / ESU R Free: 0.237 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.251	1626	5 %	RANDOM
R_work	0.21332	-	-	-
obs	0.21517	30877	95.21 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.874 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.68 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.87 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.24→47.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4920	0	26	187	5133

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.013	5077
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	4577
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.173	1.647	6887
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.031	1.571	10634
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.935	5	629
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.061	22.293	266
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.908	15	800
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.91	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.035	0.2	631
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	5732
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1068
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.771	5.91	2522
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.771	5.91	2521
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.416	8.857	3149
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.416	8.858	3150
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.55	5.987	2554
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.55	5.987	2555
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.023	8.947	3739
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.071	110.482	19618
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.056	110.512	19542
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.241→2.3 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.304	52	-
R_work	0.274	1114	-
obs	-	-	46.98 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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