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Yorodumi- PDB-8hfb: Evolved variant of quercetin 2,4-dioxygenase from Bacillus subtilis -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8hfb | |||||||||
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Title | Evolved variant of quercetin 2,4-dioxygenase from Bacillus subtilis | |||||||||
Components | Quercetin 2,3-dioxygenase | |||||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / quercetinase | |||||||||
Function / homology | Function and homology information quercetin 2,3-dioxygenase / quercetin 2,3-dioxygenase activity / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Bacillus subtilis (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.24 Å | |||||||||
Authors | Eom, H. / Song, W.J. | |||||||||
Funding support | Korea, Republic Of, 2items
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Citation | Journal: J.Am.Chem.Soc. / Year: 2023 Title: Underlying Role of Hydrophobic Environments in Tuning Metal Elements for Efficient Enzyme Catalysis. Authors: Eom, H. / Cao, Y. / Kim, H. / de Visser, S.P. / Song, W.J. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8hfb.cif.gz | 140.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8hfb.ent.gz | 108 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8hfb.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8hfb_validation.pdf.gz | 1.8 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8hfb_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | Display | |
Data in XML | 8hfb_validation.xml.gz | 24.9 KB | Display | |
Data in CIF | 8hfb_validation.cif.gz | 34.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hf/8hfb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hf/8hfb | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 2h0vS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 37571.469 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: V221L, I231V, H239C, V269A, M286F, L290V Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus subtilis (bacteria) / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: P42106, quercetin 2,3-dioxygenase #2: Chemical | ChemComp-EDO / #3: Chemical | ChemComp-GOL / | #4: Chemical | ChemComp-NI / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.44 Å3/Da / Density % sol: 49.52 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.25 / Details: 18% PEG 3350, 0.1 M HEPES pH 7.25, 0.2 M CaCl2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PAL/PLS / Beamline: 5C (4A) / Wavelength: 1.00003 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: Sep 26, 2022 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.00003 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.21→50 Å / Num. obs: 62098 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.108 / Χ2: 0.048 / Net I/σ(I): 4.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2H0V Resolution: 2.24→47.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 7.427 / SU ML: 0.18 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.349 / ESU R Free: 0.237 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 54.874 Å2
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Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 2.24→47.19 Å
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Refine LS restraints |
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