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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8hes | |||||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of SARS-CoV-2 RBD and NIV-10 complex | |||||||||||||||||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / virus / SARS-CoV-2 / RBD / spike / antibody / IgG / neutralizing antibody / complex / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Moriyama, S. / Anraku, Y. / Taminishi, S. / Adachi, Y. / Kuroda, D. / Higuchi, Y. / Kotaki, R. / Tonouchi, K. / Yumoto, K. / Suzuki, T. ...Moriyama, S. / Anraku, Y. / Taminishi, S. / Adachi, Y. / Kuroda, D. / Higuchi, Y. / Kotaki, R. / Tonouchi, K. / Yumoto, K. / Suzuki, T. / Kita, S. / Someya, T. / Fukuhara, H. / Kuroda, Y. / Yamamoto, T. / Onodera, T. / Fukushi, S. / Maeda, K. / Nakamura-Uchiyama, F. / Hashiguchi, T. / Hoshino, A. / Maenaka, K. / Takahashi, Y. | |||||||||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 日本, 10件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Structural delineation and computational design of SARS-CoV-2-neutralizing antibodies against Omicron subvariants. 著者: Saya Moriyama / Yuki Anraku / Shunta Taminishi / Yu Adachi / Daisuke Kuroda / Shunsuke Kita / Yusuke Higuchi / Yuhei Kirita / Ryutaro Kotaki / Keisuke Tonouchi / Kohei Yumoto / Tateki Suzuki ...著者: Saya Moriyama / Yuki Anraku / Shunta Taminishi / Yu Adachi / Daisuke Kuroda / Shunsuke Kita / Yusuke Higuchi / Yuhei Kirita / Ryutaro Kotaki / Keisuke Tonouchi / Kohei Yumoto / Tateki Suzuki / Taiyou Someya / Hideo Fukuhara / Yudai Kuroda / Tsukasa Yamamoto / Taishi Onodera / Shuetsu Fukushi / Ken Maeda / Fukumi Nakamura-Uchiyama / Takao Hashiguchi / Atsushi Hoshino / Katsumi Maenaka / Yoshimasa Takahashi / 要旨: SARS-CoV-2 Omicron subvariants have evolved to evade receptor-binding site (RBS) antibodies that exist in diverse individuals as public antibody clones. We rationally selected RBS antibodies ...SARS-CoV-2 Omicron subvariants have evolved to evade receptor-binding site (RBS) antibodies that exist in diverse individuals as public antibody clones. We rationally selected RBS antibodies resilient to mutations in emerging Omicron subvariants. Y489 was identified as a site of virus vulnerability and a common footprint of broadly neutralizing antibodies against the subvariants. Multiple Y489-binding antibodies were encoded by public clonotypes and additionally recognized F486, potentially accounting for the emergence of Omicron subvariants harboring the F486V mutation. However, a subclass of antibodies broadly neutralized BA.4/BA.5 variants via hydrophobic binding sites of rare clonotypes along with high mutation-resilience under escape mutation screening. A computationally designed antibody based on one of the Y489-binding antibodies, NIV-10/FD03, was able to bind XBB with any 486 mutation and neutralized XBB.1.5. The structural basis for the mutation-resilience of this Y489-binding antibody group may provide important insights into the design of therapeutics resistant to viral escape. | |||||||||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8hes.cif.gz | 290.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8hes.ent.gz | 205.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8hes.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8hes_validation.pdf.gz | 466.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8hes_full_validation.pdf.gz | 473.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8hes_validation.xml.gz | 25.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8hes_validation.cif.gz | 36.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/he/8hes ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/he/8hes | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 26826.963 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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#2: タンパク質 | 分子量: 24145.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 発現宿主: Hekistocarpa minutiflora (植物) / 参照: UniProt: P0DTC2 |
#3: 抗体 | 分子量: 22954.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
#4: 糖 | ChemComp-NAG / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.16 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M Sodium nitrate, 20% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→47.31 Å / Num. obs: 36935 / % possible obs: 98.15 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 38.47 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.152 / Rpim(I) all: 0.062 / Rrim(I) all: 0.164 / Net I/σ(I): 7.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.27 Å / Num. unique obs: 3145 / CC1/2: 0.722 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7eam 解像度: 2.2→47.31 Å / SU ML: 0.2988 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.8505 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 43.27 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→47.31 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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