[日本語] English
万見
- PDB-8hej: Crystal structure of Transthyretin in complex with a covalent inh... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hej
タイトルCrystal structure of Transthyretin in complex with a covalent inhibitor trans-styrylpyrazole
要素Transthyretin
キーワードHORMONE / Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective visual phototransduction due to STRA6 loss of function / negative regulation of glomerular filtration / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / hormone binding / purine nucleobase metabolic process / molecular sequestering activity / Non-integrin membrane-ECM interactions / phototransduction, visible light / retinoid metabolic process / Retinoid metabolism and transport ...Defective visual phototransduction due to STRA6 loss of function / negative regulation of glomerular filtration / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / hormone binding / purine nucleobase metabolic process / molecular sequestering activity / Non-integrin membrane-ECM interactions / phototransduction, visible light / retinoid metabolic process / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / protein-containing complex / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Transthyretin, conserved site / Transthyretin signature 2. / Transthyretin, thyroxine binding site / Transthyretin signature 1. / Transthyretin / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain superfamily / HIUase/Transthyretin family
類似検索 - ドメイン・相同性
2,4,6-trifluorobenzaldehyde / Chem-XHF / Transthyretin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.54 Å
データ登録者Kim, H. / Choi, S. / Lee, C.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)NRF-2021M3A9G8022417 韓国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Transthyretin in complex with a covalent inhibitor trans-styrylpyrazole
著者: Lee, S. / Choi, S.
履歴
登録2022年11月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Transthyretin
B: Transthyretin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0706
ポリマ－25,0062
非ポリマー1,0644
水2,684149
1
A: Transthyretin
B: Transthyretin
ヘテロ分子

A: Transthyretin
B: Transthyretin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,14012
ポリマ－50,0124
非ポリマー2,1298
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.945, 42.685, 64.272
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

XHF

21A-201-

XHF

31A-201-

XHF

41B-201-

XHF

51B-201-

XHF

61B-201-

XHF

71B-357-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Transthyretin / ATTR / Prealbumin / TBPA


分子量: 12502.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTR, PALB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02766
#2: 化合物 ChemComp-XHF / 2,6-dibromo-4-[(E)-2-(3,5-dimethyl-1H-pyrazol-4-yl)ethenyl]phenol


分子量: 372.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H12Br2N2O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-XHB / 2,4,6-trifluorobenzaldehyde / 2,4,6-トリフルオロベンズアルデヒド


分子量: 160.093 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H3F3O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.36 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Sodium Citrate pH5.5, Glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2021年12月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 88572 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14.2 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 48.7
反射 シェル解像度: 1.4→1.45 Å / Num. unique obs: 88572 / CC1/2: 0.868

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HJ0

3hj0


解像度: 1.54→30.107 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2233 1515 4.3 %
Rwork0.1858 --
obs0.1875 35271 99.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.54→30.107 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1766 0 58 149 1973
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0111905
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1622602
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.2022248
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082291
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009330
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.54-1.58970.25611350.23373026X-RAY DIFFRACTION100
1.5897-1.64650.26791360.22933031X-RAY DIFFRACTION100
1.6465-1.71240.26261370.23233030X-RAY DIFFRACTION100
1.7124-1.79040.271360.23313021X-RAY DIFFRACTION100
1.7904-1.88480.23441350.21483038X-RAY DIFFRACTION100
1.8848-2.00280.22711370.18093032X-RAY DIFFRACTION100
2.0028-2.15740.18761370.17583070X-RAY DIFFRACTION100
2.1574-2.37440.21851390.17873076X-RAY DIFFRACTION100
2.3744-2.71780.2091380.19153080X-RAY DIFFRACTION100
2.7178-3.42340.21041400.17733127X-RAY DIFFRACTION100
3.4234-30.1070.23091450.17163225X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.70864.3773-6.23894.0594-5.8098.1990.2184-0.4299-0.28050.5997-0.4657-0.22-0.19320.40330.2720.153-0.0058-0.00740.17170.03070.147-7.4291.437-2.67
25.0759-0.2307-6.02380.35470.25557.1288-0.0808-0.11260.51830.12540.06320.152-0.0935-0.0674-0.17290.1424-0.0068-0.01350.1484-0.03320.2052-4.65812.047-5.498
33.50984.87740.08997.7963-1.1272.9442-0.0830.29910.0235-0.51340.09750.47950.2548-0.399-0.11490.16610.0001-0.00970.24-0.04340.2949-24.485-4.929-7.901
45.58891.11732.14985.5883.59197.7580.062-0.30910.2648-0.0391-0.43910.57770.1204-0.46880.42660.1330.03230.03770.15230.01370.2011-22.596-0.704-3.933
53.74614.8666-3.38517.1477-4.76773.40280.237-0.660.05020.3901-0.36630.06-0.19790.32470.1750.1785-0.01660.01040.2441-0.01880.1469-9.3464.9492.474
68.33516.57895.36415.28264.45294.15170.0345-0.226-0.28140.3855-0.07750.17180.54370.0384-0.02320.2113-0.00180.06440.17070.02090.2297-19.628-10.6363.687
72.93543.1438-0.44456.7512-2.39682.7075-0.16370.0090.3676-0.05750.14990.6337-0.2329-0.20160.00430.17330.0486-0.00770.1575-0.010.1672-15.0185.356-10.023
83.72130.176-0.51587.53275.37616.7064-0.19660.29660.2230.5241-0.0045-0.7509-1.0817-0.08890.11150.3119-0.0172-0.1010.12510.07140.2039-12.28312.105-16.842
98.14712.8483-7.12793.4202-5.33579.8030.0668-0.027-0.05460.0523-0.04260.0046-0.3072-0.1143-0.2130.1484-0.0053-0.0110.14670.0020.1213-15.153-6.348-10.418
103.12682.1039-1.62357.5065-4.8865.70540.0142-0.1211-0.22690.1191-0.1338-0.04570.07310.13880.12750.09920.01050.00790.1357-0.01250.1055-7.859-5.033-7.16
113.3769-0.57522.57855.7578-6.4438.28380.16720.66440.1102-0.4649-0.32190.04840.02710.33210.23410.2098-0.0351-0.02720.1963-0.01940.1299-7.094-2.572-29.476
126.9550.66986.43260.29821.29088.70910.07270.3229-0.4079-0.21790.0704-0.00860.02060.1105-0.35570.1786-0.01310.00980.2093-0.04970.1959-2.267-12.43-26.5
136.0712-5.1235-2.86854.3142.60288.1284-0.17140.152-0.57220.4518-0.21531.1851-0.127-1.08770.27530.23280.00160.00850.3239-0.01850.3772-24.5850.602-24.087
143.1699-0.6718-4.48346.19284.65488.65-0.1190.1523-0.40410.286-0.34560.9396-0.1924-0.31940.61230.2378-0.0059-0.03260.1932-0.01120.2593-22.168-3.21-28.237
153.4209-2.772.92373.4465-3.59654.00970.16491.1120.1293-0.543-0.5187-0.0585-0.16210.5030.4120.29820.0038-0.02620.35850.00140.1816-8.329-6.287-34.68
164.8083-5.0367-5.77435.24096.0066.96060.13330.0797-0.0125-0.3447-0.1761-0.1667-0.5639-0.07610.1880.32430.0212-0.10790.28810.00220.3374-20.4147.527-35.849
177.105-5.48382.64734.8857-3.47574.12040.19330.0583-0.6012-0.1474-0.19421.0542-0.174-0.1315-0.05060.1727-0.0151-0.03150.2177-0.00250.2154-17.938-1.21-23.586
189.2234-1.8668-2.88836.71014.2733.1158-0.16360.2153-0.7405-0.03830.08710.24110.4236-0.0870.1870.2063-0.017-0.00050.14790.01830.2147-8.82-16.103-20.655
195.8945-0.3695-3.44255.13923.6284.30150.1041-0.0886-0.3131-0.2491-0.14520.15230.3211-0.12440.08760.19-0.0009-0.02620.18330.05320.2149-10.489-13.153-14.549
205.1645-1.283.85794.7963-3.41674.3002-0.0257-0.1504-0.0840.48090.17320.3204-0.21360.0736-0.27860.20160.01810.00580.17220.02420.1546-15.8193.551-21.706
210.2671-0.43160.15621.7780.89083.9603-0.0080.19990.96960.2077-1.4271-1.7343-0.75141.72691.45630.74270.1736-0.01510.76310.33110.862-13.62115.543-31.864
224.4379-2.15292.02512.0686-1.75434.345-0.08910.40230.153-0.0356-0.0590.009-0.3573-0.03220.14160.1814-0.026-0.02890.2147-0.00430.1449-7.1340.841-26.563
233.7077-0.40560.55987.5329-4.92257.553-0.08510.29650.1824-0.14760.0059-0.1181-0.1363-0.10830.08410.1477-0.03-0.00010.1815-0.02480.1196-5.6090.497-21.341
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 11:18 )A11 - 18
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 19:28 )A19 - 28
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 29:40 )A29 - 40
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 41:48 )A41 - 48
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 49:58 )A49 - 58
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 59:66 )A59 - 66
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 67:81 )A67 - 81
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN A AND RESID 82:90 )A82 - 90
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN A AND RESID 91:97 )A91 - 97
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN A AND RESID 98:124 )A98 - 124
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND RESID 11:18 )B11 - 18
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN B AND RESID 19:28 )B19 - 28
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN B AND RESID 29:40 )B29 - 40
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN B AND RESID 41:48 )B41 - 48
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN B AND RESID 49:58 )B49 - 58
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN B AND RESID 59:66 )B59 - 66
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN B AND RESID 67:74 )B67 - 74
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN B AND RESID 75:82 )B75 - 82
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN B AND RESID 83:90 )B83 - 90
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN B AND RESID 91:97 )B91 - 97
21X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN B AND RESID 98:103 )B98 - 103
22X-RAY DIFFRACTION22( CHAIN B AND RESID 104:112 )B104 - 112
23X-RAY DIFFRACTION23( CHAIN B AND RESID 113:124 )B113 - 124

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る