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- PDB-8he8: Human ADP-ribosyltransferase 2 (PARP2) catalytic domain bound to ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8he8
タイトルHuman ADP-ribosyltransferase 2 (PARP2) catalytic domain bound to a quinazoline-2,4(1H,3H)-dione inhibitor
要素Poly [ADP-ribose] polymerase 2
キーワードTRANSFERASE / PARP-2 / DNA ADP-ribosyltransferase / Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


response to oxygen-glucose deprivation / hippocampal neuron apoptotic process / poly-ADP-D-ribose binding / positive regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / NAD+-protein-serine ADP-ribosyltransferase activity / NAD DNA ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein-aspartate ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein-glutamate ADP-ribosyltransferase activity / DNA ADP-ribosylation / poly-ADP-D-ribose modification-dependent protein binding ...response to oxygen-glucose deprivation / hippocampal neuron apoptotic process / poly-ADP-D-ribose binding / positive regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / NAD+-protein-serine ADP-ribosyltransferase activity / NAD DNA ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein-aspartate ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein-glutamate ADP-ribosyltransferase activity / DNA ADP-ribosylation / poly-ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / DNA repair-dependent chromatin remodeling / NAD+ ADP-ribosyltransferase / protein auto-ADP-ribosylation / protein poly-ADP-ribosylation / NAD+-protein ADP-ribosyltransferase activity / site of DNA damage / decidualization / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / NAD+-protein poly-ADP-ribosyltransferase activity / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / extrinsic apoptotic signaling pathway / nucleosome binding / nucleotidyltransferase activity / DNA Damage Recognition in GG-NER / base-excision repair / Dual Incision in GG-NER / Formation of Incision Complex in GG-NER / double-strand break repair / damaged DNA binding / DNA repair / DNA damage response / chromatin binding / nucleolus / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
WGR domain profile. / Poly(ADP-ribose) polymerase, regulatory domain / WGR domain / WGR domain superfamily / WGR domain / Proposed nucleic acid binding domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, regulatory domain superfamily / Poly(ADP-ribose) polymerase, regulatory domain / PARP alpha-helical domain profile. / Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain ...WGR domain profile. / Poly(ADP-ribose) polymerase, regulatory domain / WGR domain / WGR domain superfamily / WGR domain / Proposed nucleic acid binding domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, regulatory domain superfamily / Poly(ADP-ribose) polymerase, regulatory domain / PARP alpha-helical domain profile. / Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain / PARP catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1WI / Poly [ADP-ribose] polymerase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Wang, X.Y. / Xu, B.L. / Zhou, J.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81673300 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82173693 中国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Discovery of Quinazoline-2,4(1 H ,3 H )-dione Derivatives Containing a Piperizinone Moiety as Potent PARP-1/2 Inhibitors─Design, Synthesis, In Vivo Antitumor Activity, and X-ray ...タイトル: Discovery of Quinazoline-2,4(1 H ,3 H )-dione Derivatives Containing a Piperizinone Moiety as Potent PARP-1/2 Inhibitors─Design, Synthesis, In Vivo Antitumor Activity, and X-ray Crystal Structure Analysis.
著者: Zhou, J. / Du, T. / Wang, X. / Yao, H. / Deng, J. / Li, Y. / Chen, X. / Sheng, L. / Ji, M. / Xu, B.
履歴
登録2022年11月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02023年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Poly [ADP-ribose] polymerase 2
B: Poly [ADP-ribose] polymerase 2
C: Poly [ADP-ribose] polymerase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,0198
ポリマ－119,4353
非ポリマー1,5845
水34219
1
A: Poly [ADP-ribose] polymerase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3703
ポリマ－39,8121
非ポリマー5592
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Poly [ADP-ribose] polymerase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3703
ポリマ－39,8121
非ポリマー5592
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Poly [ADP-ribose] polymerase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,2782
ポリマ－39,8121
非ポリマー4671
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.113, 103.362, 134.925
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.040, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質 Poly [ADP-ribose] polymerase 2 / PARP-2 / hPARP-2 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 2 / ARTD2 / DNA ADP- ...PARP-2 / hPARP-2 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 2 / ARTD2 / DNA ADP-ribosyltransferase PARP2 / NAD(+) ADP-ribosyltransferase 2 / ADPRT-2 / Poly[ADP-ribose] synthase 2 / pADPRT-2 / Protein poly-ADP-ribosyltransferase PARP2


分子量: 39811.742 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PARP2, ADPRT2, ADPRTL2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9UGN5, NAD+ ADP-ribosyltransferase, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-1WI / 1-[[4-fluoranyl-3-(3-oxidanylidene-4-pentan-3-yl-piperazin-1-yl)carbonyl-phenyl]methyl]quinazoline-2,4-dione


分子量: 466.505 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H27FN4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.72 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 25% PEG-3350, 0.1 M Tris-HCl pH 8.3-8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.05→48.26 Å / Num. obs: 19445 / % possible obs: 90 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 56.6 Å2 / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.146 / Rpim(I) all: 0.071 / Rrim(I) all: 0.164 / Net I/σ(I): 10.18
反射 シェル解像度: 3.05→3.159 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.5886 / Mean I/σ(I) obs: 2.46 / Num. unique obs: 2013 / CC1/2: 0.785 / Rpim(I) all: 0.2847 / Rrim(I) all: 0.6574 / % possible all: 92.04

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
autoPROCdata processing
MOLREP位相決定
PHENIX1.20.1_4487精密化
REFMACv8精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4TVJ

4tvj


解像度: 3.05→41.09 Å / SU ML: 0.3284 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 25.7854
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2563 924 4.76 %
Rwork0.2074 18491 -
obs0.2098 19415 89.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 55.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.05→41.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8344 0 114 19 8477
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00318639
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.673111663
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0391259
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00451498
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.23051177
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.05-3.210.29951430.25562686X-RAY DIFFRACTION91.73
3.21-3.410.30381370.24182691X-RAY DIFFRACTION91.55
3.41-3.670.26791020.22212679X-RAY DIFFRACTION90.85
3.67-4.040.26621520.20752627X-RAY DIFFRACTION90.4
4.04-4.630.23251310.1952639X-RAY DIFFRACTION89.33
4.63-5.830.23511360.19792588X-RAY DIFFRACTION87.79
5.83-41.090.24051230.18562581X-RAY DIFFRACTION86.22

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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