PDB-8he6: Crystal structure of a fosfomycin and bleomycin resistant protein...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8he6

タイトル

Crystal structure of a fosfomycin and bleomycin resistant protein (ALL3014) from Anabaena/Nostoc cyanobacterium at 1.70 A resolution

要素

All3014 protein

キーワード

TRANSFERASE / All3014 protein

機能・相同性

: / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase / All3014 protein

機能・相同性情報

生物種

Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Chatterjee, A. / Singh, P.K. / Singh, T.P. / Marina, A. / Sharma, S. / Rai, L.C.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a fosfomycin and bleomycin resistant protein (ALL3014) from Anabaena/Nostoc cyanobacterium at 1.70 A resolution
著者: Chatterjee, A. / Singh, P.K. / Singh, T.P. / Marina, A. / Sharma, S. / Rai, L.C.

履歴

登録	2022年11月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え	2022年11月30日	ID: 6IPT
改定 1.0	2022年11月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8he6.cif.gz	73 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8he6.ent.gz	50.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8he6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8he6_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8he6_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	8he6_validation.xml.gz	14 KB	表示
CIF形式データ	8he6_validation.cif.gz	20.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/he/8he6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/he/8he6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6a4xS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: All3014 protein

B: All3014 protein

ヘテロ分子

27.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.462, 109.462, 46.668
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	90
Space group name H-M	P42₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン: (詳細: Chains A B)

#1: タンパク質	All3014 protein 分子量: 13658.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア) 株: PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576 / 遺伝子: all3014 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8YSS0
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.9 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 0.2M lithium sulphate, 0.1M sodium acetate, 50 % PEG 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 1.0718 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月21日 / 詳細: mirror
放射	モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0718 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→77.41 Å / Num. obs: 31802 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 9.1 % / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.068 / R_sym value: 0.072 / Net I/σ(I): 17.4
反射シェル	解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 1753 / CC_1/2: 0.62 / % possible all: 85

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
Auto-Rickshaw		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6A4X

6a4x

解像度: 1.7→48.953 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 2.183 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.107 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2173	1466	4.863 %
R_work	0.1715	28679	-
all	0.174	-	-
obs	-	30145	94.793 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.792 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.005 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.005 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→48.953 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1934	0	2	250	2186

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	2075
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1752
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.568	1.636	2822
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.504	1.574	4074
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.486	5	258
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.438	22.5	136
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.298	15	320
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.015	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	260
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2434
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	494
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	345
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.188	0.2	1533
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	952
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	880
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.202	0.2	187
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.092	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.156	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.205	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.234	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.156	2.63	985
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.143	2.622	984
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.851	3.901	1234
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.855	3.909	1235
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.937	3.065	1090
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.928	3.059	1089
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.073	4.411	1580
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.069	4.41	1580
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.294	53.683	10238
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.247	53.443	10130
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.088	0.05	3895

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.7-1.744	0.278	92	0.285	1753	0.285	2305	0.851	0.821	80.0434	0.273
1.744-1.792	0.248	91	0.274	1882	0.273	2241	0.901	0.865	88.0411	0.251
1.792-1.844	0.272	102	0.231	1949	0.234	2194	0.897	0.906	93.4822	0.204
1.844-1.9	0.226	91	0.202	2010	0.203	2120	0.919	0.932	99.1038	0.173
1.9-1.963	0.216	81	0.196	1714	0.197	2067	0.922	0.939	86.8408	0.167
1.963-2.031	0.212	112	0.185	1896	0.187	2008	0.945	0.949	100	0.164
2.031-2.108	0.218	83	0.186	1637	0.188	1929	0.939	0.947	89.1654	0.165
2.108-2.194	0.213	92	0.165	1772	0.167	1870	0.945	0.958	99.6791	0.147
2.194-2.291	0.264	91	0.163	1551	0.167	1784	0.925	0.957	92.0404	0.145
2.291-2.403	0.226	84	0.164	1625	0.167	1712	0.951	0.956	99.8248	0.146
2.403-2.532	0.215	69	0.162	1574	0.164	1646	0.94	0.959	99.8177	0.146
2.532-2.686	0.195	84	0.161	1473	0.163	1561	0.956	0.961	99.7438	0.149
2.686-2.87	0.203	76	0.162	1395	0.164	1471	0.949	0.961	100	0.153
2.87-3.099	0.219	66	0.163	1300	0.166	1371	0.947	0.963	99.6353	0.159
3.099-3.394	0.238	57	0.172	1203	0.174	1270	0.94	0.959	99.2126	0.172
3.394-3.792	0.276	44	0.166	1065	0.17	1166	0.935	0.963	95.1115	0.167
3.792-4.375	0.156	52	0.135	977	0.136	1034	0.976	0.976	99.5164	0.144
4.375-5.347	0.201	45	0.145	828	0.148	889	0.963	0.975	98.2002	0.159
5.347-7.517	0.285	37	0.194	666	0.199	713	0.928	0.958	98.5975	0.203
7.517-48.953	0.146	17	0.2	408	0.198	447	0.984	0.964	95.0783	0.219

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